Tình huống: chủ đầu tư hạ tầng chào thuê với lập luận “khu của chúng tôi đang được miễn tiền thuê đất, vào đây là anh được hưởng ưu đãi”. Khi doanh nghiệp yêu cầu ghi cam kết vào hợp đồng, phía chào thuê lảng tránh. Bài viết bóc tách ba lớp ưu đãi thường bị trộn lẫn — tiền thuê đất của Nhà nước, thuế thu nhập doanh nghiệp của dự án, và giá thuê lại thị trường — để thấy lớp nào kế thừa được, lớp nào chỉ là lời chào hàng.
Lớp một: ưu đãi tiền thuê đất của Nhà nước gắn với chủ thể được cho thuê
Miễn, giảm tiền thuê đất theo Điều 157 Luật Đất đai 31/2024/QH15 và Điều 39, 40 Nghị định 103/2024/ND-CP được cơ quan thuế xác định cho người sử dụng đất đứng tên trong quyết định cho thuê đất của Nhà nước. Trong mô hình khu công nghiệp điển hình theo Điều 202 Luật Đất đai 31/2024/QH15, chủ thể đó là chủ đầu tư hạ tầng — người thuê toàn bộ đất từ Nhà nước, được miễn trong thời gian xây dựng cơ bản (tối đa 3 năm) và miễn thêm 3/7/11/15 năm tùy địa bàn, lĩnh vực. Nhà đầu tư thứ cấp không đứng trong quan hệ thuê đất với Nhà nước nên không có tư cách “kế thừa” quyết định miễn, giảm đó. Về kinh tế, lợi ích chỉ truyền xuống được qua cơ chế giá: nếu chủ đầu tư được miễn tiền thuê đất nhưng vẫn thu giá thuê lại đầy đủ theo thị trường, phần ưu đãi nằm lại hoàn toàn ở tầng hạ tầng. Đây là lý do các khu công nghiệp có chính sách giá khác nhau dù cùng một khung ưu đãi nhà nước.
Lớp hai: ưu đãi thuế của dự án là của chính doanh nghiệp
Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (thuế suất ưu đãi, miễn, giảm có thời hạn) được xác định theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025/QH15 và Nghị định 320/2025/ND-CP dựa trên dự án đầu tư của doanh nghiệp: lĩnh vực, địa bàn, quy mô và điều kiện kèm theo, thể hiện trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Lớp ưu đãi này không liên quan việc doanh nghiệp thuê lại đất từ chủ đầu tư hạ tầng hay thuê thẳng từ Nhà nước, và cũng không “đi theo” khu đất khi chuyển nhượng nhà xưởng cho chủ mới — chủ mới phải tự xác định ưu đãi cho dự án của mình. Đặc biệt cần đính chính một ngộ nhận dai dẳng: nằm trong khu công nghiệp thông thường không tự động sinh ưu đãi thuế; ưu đãi đến từ địa bàn khó khăn/đặc biệt khó khăn, lĩnh vực ưu tiên, hoặc cơ chế của khu kinh tế, khu công nghệ cao — không đến từ ba chữ “khu công nghiệp”.
Lớp ba: biến ưu đãi của chủ đầu tư thành quyền của mình bằng hợp đồng
Vì luật không cho kế thừa tự động, công cụ duy nhất là hợp đồng thuê lại đất. Bốn nội dung cần chốt: công khai tình trạng ưu đãi của khu (chủ đầu tư đang trong giai đoạn miễn, giảm nào, đến khi nào, có văn bản xác nhận của cơ quan thuế không) và đính kèm làm phụ lục; neo giá thuê lại trong suốt giai đoạn chủ đầu tư còn ưu đãi, kèm cơ chế điều chỉnh khi ưu đãi kết thúc để tránh cú sốc tăng giá kép; điều khoản xử lý khi chính sách thay đổi giữa chừng (Nhà nước thu hồi hoặc điều chỉnh ưu đãi của chủ đầu tư thì giá thuê lại xử lý ra sao); và quyền của bên thuê lại được đối chiếu chứng từ khi có tranh chấp về cấu thành giá. Doanh nghiệp cũng nên tự kiểm chứng qua Ban quản lý khu công nghiệp về thời hạn dự án hạ tầng và tình trạng nghĩa vụ đất đai của khu trước khi ký — một khu đang nợ tiền thuê đất với Nhà nước không thể là đối tác cho cam kết giá dài hạn ổn định.
Câu hỏi thường gặp
Thuê lại đất trong khu công nghiệp có được kế thừa ưu đãi tiền thuê đất của chủ đầu tư hạ tầng không?
Không tự động. Ưu đãi miễn, giảm tiền thuê đất của Nhà nước (Điều 157 Luật Đất đai 31/2024/QH15, Điều 39, 40 Nghị định 103/2024/ND-CP) được xác định cho người sử dụng đất theo quyết định cho thuê đất — tức chủ đầu tư hạ tầng hoặc nhà đầu tư được Nhà nước cho thuê trực tiếp. Bên thuê lại đất trong khu công nghiệp trả tiền thuê lại cho chủ đầu tư theo hợp đồng thị trường; phần lợi ích từ ưu đãi của chủ đầu tư chỉ đến được với bên thuê lại nếu hợp đồng thuê lại chuyển hóa nó thành mức giá thuê lại thấp hơn. Muốn hưởng, phải đàm phán vào giá, không viện dẫn quyền kế thừa pháp lý.
Ưu đãi gắn với dự án hay gắn với nhà đầu tư, chuyển nhượng thì xử lý thế nào?
Phải tách hai hệ ưu đãi vì chúng gắn khác nhau. Ưu đãi về đất (miễn, giảm tiền thuê đất) gắn với người sử dụng đất được ghi trong quyết định cho thuê đất và trường hợp ưu đãi của thửa đất, dự án theo Điều 157 Luật Đất đai 31/2024/QH15 và Điều 39, 40 Nghị định 103/2024/ND-CP — nó không phải tài sản của hợp đồng thuê lại và không chạy theo khi đất được thuê lại cho bên thứ ba. Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp lại gắn với dự án đầu tư: điều kiện ưu đãi được xác định theo lĩnh vực, địa bàn của dự án trên giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, nên khi chuyển nhượng dự án đúng thủ tục theo Luật Đầu tư 143/2025/QH15, nhà đầu tư nhận chuyển nhượng tiếp tục hưởng ưu đãi của dự án cho thời gian còn lại nếu duy trì đủ điều kiện — nguyên tắc kế thừa ưu đãi khi thay đổi chủ thể dự án cũng được Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025/QH15 ghi nhận cho các trường hợp chuyển đổi, sáp nhập. Hệ quả thực hành: mua lại dự án thì ưu đãi thuế đi theo dự án, nhưng ưu đãi tiền thuê đất của bên bán thì không tự đi theo hợp đồng thuê lại.
Tôi phải làm thủ tục gì để được công nhận tiếp ưu đãi miễn giảm?
Câu trả lời chia theo vị thế của bạn. Nếu bạn thuê lại đất trong khu công nghiệp: không tồn tại thủ tục xin công nhận hưởng tiếp ưu đãi tiền thuê đất của chủ đầu tư, vì bạn không phải người nộp tiền thuê đất cho Nhà nước — việc khả thi duy nhất là đàm phán điều khoản chia sẻ lợi ích ưu đãi vào giá thuê lại. Nếu bạn nhận chuyển nhượng dự án hoặc nhận chuyển nhượng quyền thuê đất trực tiếp từ Nhà nước: trình tự gồm điều chỉnh giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ghi nhận nhà đầu tư mới, đăng ký biến động đất đai sang tên người sử dụng đất mới, sau đó làm thủ tục xác định miễn, giảm tiền thuê đất theo Điều 48 Nghị định 103/2024/ND-CP cho thời gian ưu đãi còn lại — quyết định xác nhận mới là căn cứ để cơ quan thuế áp ưu đãi cho chủ thể mới. Bỏ qua bước xác nhận này là lý do phổ biến nhất khiến dự án sau chuyển nhượng bị tính đủ tiền thuê đất dù ưu đãi của dự án còn thời hạn.
Nếu không được kế thừa thì chi phí tăng bao nhiêu, có nên đàm phán lại giá thuê không?
Chi phí tăng đúng bằng giá trị ưu đãi tiền thuê đất mà chủ đầu tư đang hưởng trên chính diện tích đó cho số năm ưu đãi còn lại — vì giá thuê lại thị trường được xây dựng trên nền chi phí đất, khi ưu đãi của chủ đầu tư chấm dứt, động cơ truyền chi phí vào giá thuê lại ở lần điều chỉnh giá hoặc gia hạn tiếp theo là rất thật. Cách lượng hóa khi thẩm định: lấy tiền thuê đất một năm của chủ đầu tư cho diện tích thuê (đơn giá nhân diện tích) nhân số năm miễn/giảm còn lại để ra giá trị ưu đãi đang ‘đỡ’ cho giá thuê hiện tại — đó là khoảng đệm sẽ biến mất. Có nên đàm phán lại: có, và đàm phán ở ba điểm — giảm giá thuê lại tương ứng giá trị ưu đãi còn lại mà bên thuê không được hưởng; điều khoản giữ nguyên giá hoặc trần tăng giá cho giai đoạn sau khi ưu đãi của chủ đầu tư kết thúc; và điều khoản chia sẻ rủi ro nếu ưu đãi của chủ đầu tư bị truy thu do lỗi của chính chủ đầu tư. Nếu chủ đầu tư từ chối cả ba điểm, giá thuê phải được chiết khấu ngay từ đầu theo kịch bản không ưu đãi thì thương vụ mới cân bằng rủi ro.
