Ấn định thuế là tình huống doanh nghiệp FDI sợ nhất trong thanh tra: khi cơ quan thuế không chấp nhận số liệu tự khai, toàn bộ nghĩa vụ thuế được xác định lại theo căn cứ của cơ quan thuế, kèm truy thu, tiền chậm nộp 0,03%/ngày và phạt khai sai. Bài viết chỉ ra các trường hợp pháp luật cho phép ấn định, mức độ hồ sơ cần chuẩn bị để giữ quyền tự khai, và lộ trình khiếu nại khi quyết định ấn định đã ban hành.
Khi nào cơ quan thuế được quyền ấn định thuế
Theo Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 (kế thừa cơ chế ấn định của Luật Quản lý thuế 38/2019), cơ quan thuế ấn định số thuế phải nộp hoặc từng yếu tố cấu thành khi người nộp thuế thuộc các trường hợp như: không nộp hồ sơ khai thuế hoặc nộp không đầy đủ; không xuất trình được sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ khi được yêu cầu; vi phạm chế độ hóa đơn, chứng từ làm mất căn cứ xác định nghĩa vụ; hoặc xác định sai các yếu tố tính thuế. Với giao dịch liên kết, nếu doanh nghiệp không tuân thủ nguyên tắc giá thị trường độc lập hoặc không cung cấp được hồ sơ giao dịch liên kết, cơ quan thuế có căn cứ ấn định lại thu nhập chịu thuế theo dữ liệu so sánh của mình.
Về bản chất, ấn định đảo ngược gánh nặng chứng minh: thay vì cơ quan thuế phải chứng minh số khai sai ở đâu, doanh nghiệp phải chứng minh con số của mình đúng bằng hồ sơ. Đây là lý do ấn định thường đi kèm biên độ điều chỉnh lớn — cơ quan thuế dùng doanh thu ấn định theo ngành, tỷ suất lợi nhuận của doanh nghiệp tương đồng, hoặc loại bỏ toàn bộ chi phí thiếu chứng từ — và tổng nghĩa vụ sau ấn định thường cao hơn đáng kể so với phương án quyết toán thông thường.
Hồ sơ FDI cần chuẩn bị để không rơi vào diện ấn định
Ba cụm hồ sơ quyết định là: hồ sơ giao dịch liên kết ba cấp độ theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP (hồ sơ quốc gia, hồ sơ toàn cầu và tờ khai giao dịch liên kết đúng hạn); hồ sơ chứng minh ưu đãi thuế (văn bản xác nhận ưu đãi, điều kiện ưu đãi và chứng từ duy trì điều kiện qua từng năm); và hệ thống sổ sách, hóa đơn điện tử, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đồng bộ giữa kế toán và khai thuế. Thanh tra hiện nay đối chiếu dữ liệu hóa đơn điện tử toàn quốc theo thời gian thực, nên chênh lệch giữa doanh thu trên hóa đơn và doanh thu khai thuế là dấu hiệu bị chọn kiểm tra phổ biến nhất.
Về quy trình, khi có quyết định ấn định, doanh nghiệp có quyền khiếu nại lần đầu lên chính cơ quan đã ban hành hoặc cơ quan thuế cấp trên trong thời hiệu 90 ngày theo Luật Khiếu nại, và khởi kiện tại Tòa án nhân dân theo Luật Tố tụng hành chính với thời hiệu 1 năm. Trong thời gian khiếu nại, doanh nghiệp vẫn phải chấp hành quyết định trừ khi được tạm đình chỉ thi hành; vì vậy hồ sơ khiếu nại cần nộp sớm kèm đề nghị tạm hoãn cưỡng chế và các chứng cứ cốt lõi, không nên để đến sát hạn mới chuẩn bị.
Kết luận: phòng ngừa bằng tax health-check định kỳ
Chi phí rẻ nhất để tránh ấn định là tự rà soát trước khi cơ quan thuế đến: một đợt tax health-check hiệu quả kiểm tra tính đầy đủ của hồ sơ giao dịch liên kết, điều kiện duy trì ưu đãi, đối chiếu hóa đơn điện tử với tờ khai, các khoản chi thiếu chứng từ và giao dịch bất thường với bên liên kết. Phát hiện sớm, doanh nghiệp còn quyền khai bổ sung và tự khắc phục với mức rủi ro thấp hơn nhiều so với khi sai phạm đã nằm trong biên bản thanh tra. FLAT khuyến nghị doanh nghiệp FDI thực hiện rà soát này hằng năm, và bắt buộc thực hiện trước các sự kiện lớn như chuyển nhượng vốn, sáp nhập hay xin hoàn thuế.
Câu hỏi thường gặp
1. Trường hợp nào cơ quan thuế được quyền ấn định thuế?
Các trường hợp điển hình gồm: không nộp hoặc nộp thiếu hồ sơ khai thuế; không xuất trình được sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ khi thanh tra yêu cầu; sổ sách không phản ánh đúng giao dịch thực tế; hàng hóa mua bán không có hóa đơn hợp lệ; và trường hợp giao dịch liên kết không tuân thủ nguyên tắc độc lập hoặc thiếu hồ sơ giao dịch liên kết theo quy định. Khi ấn định, cơ quan thuế căn cứ vào dữ liệu quản lý của mình, thông tin doanh nghiệp cùng ngành và kết quả kiểm tra thực tế, nên kết quả thường bất lợi hơn số tự khai nếu hồ sơ của doanh nghiệp yếu.
2. Hồ sơ chuyển giá, ưu đãi thuế cần chuẩn bị ở mức độ nào?
Hồ sơ chuyển giá cần đủ ba cấp độ — tờ khai thông tin giao dịch liên kết nộp cùng quyết toán, hồ sơ quốc gia mô tả giao dịch và phương pháp xác định giá, và thông tin hồ sơ toàn cầu của tập đoàn — theo Nghị định 255/2026/NĐ-CP, nhất quán số liệu giữa các cấp. Hồ sơ ưu đãi cần văn bản xác nhận đủ điều kiện hưởng ưu đãi, bằng chứng duy trì điều kiện theo từng năm (lĩnh vực, địa bàn, quy mô lao động, doanh thu) và bảng theo dõi thời gian miễn, giảm còn lại. Cả hai cụm đều phải sẵn sàng trình ra trong thời hạn thanh tra yêu cầu, vì xin gia hạn để bổ sung thường không được chấp nhận cho tài liệu lẽ ra phải lập từ trước.
3. Quy trình khiếu nại quyết định ấn định thuế?
Khiếu nại lần đầu gửi đến cơ quan thuế đã ban hành quyết định ấn định hoặc cơ quan thuế quản lý cấp trên trong 90 ngày kể từ ngày nhận quyết định, theo trình tự Luật Khiếu nại. Nếu không đồng ý với kết quả giải quyết khiếu nại, doanh nghiệp khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án nhân dân có thẩm quyền trong thời hiệu 1 năm theo Luật Tố tụng hành chính. Lưu ý trong thời gian khiếu nại, khởi kiện, quyết định vẫn có hiệu lực thi hành và tiền chậm nộp vẫn tính, trừ khi cơ quan có thẩm quyền quyết định tạm đình chỉ; vì vậy nên kết hợp khiếu nại với việc nộp đủ phần nghĩa vụ không tranh chấp.
4. Doanh nghiệp nên chủ động rà soát (tax health-check) với nội dung gì?
Một đợt rà soát tự nguyện nên bao phủ: đối chiếu doanh thu giữa hóa đơn điện tử, sổ kế toán và tờ khai; rà soát toàn bộ giao dịch liên kết và tính hiện hành của hồ sơ định giá; kiểm tra điều kiện duy trì các ưu đãi đang hưởng; điểm danh chi phí thiếu hóa đơn, chứng từ thanh toán; rà soát khấu trừ thuế nhà thầu cho các khoản trả ra nước ngoài; và kiểm tra các khoản chênh lệch tạm thời giữa kế toán và thuế. Kết quả rà soát cần lượng hóa mức phơi nhiễm theo từng vấn đề để ban lãnh đạo quyết định khai bổ sung ngay hay chờ củng cố chứng cứ.
Bài viết đã được FLAW AI Legal Council kiểm tra chất lượng