Khoản vay từ công ty mẹ là cấu trúc vốn phổ biến của doanh nghiệp FDI, nhưng khi thanh tra thuế đến, cùng một khoản lãi vay có thể bị xử lý hai lần độc lập: khấu trừ thuế nhà thầu trên khoản lãi trả ra nước ngoài, và loại phần chi phí lãi vay vượt trần khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Bài viết tách bạch hai tầng xử lý và cách cơ cấu lại cho an toàn.
Vì sao bị đánh cả hai: hai tầng thuế độc lập
Tầng thứ nhất là thuế nhà thầu. Lãi vay trả cho tổ chức nước ngoài là thu nhập chịu thuế nhà thầu tại Việt Nam. Khung hiện hành: phần thuế thu nhập doanh nghiệp của nhà thầu nước ngoài theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025/QH15, Nghị định 320/2025/NĐ-CP và Thông tư 20/2026/TT-BTC — phần thuế TNDN trong Thông tư 103/2014/TT-BTC đã bị bãi bỏ từ 12/3/2026 (điểm b.11 khoản 1 Điều 13). Mức thuế TNDN nhà thầu với lãi vay là 5% tính trên doanh thu tính thuế theo khoản 3 Điều 12 Nghị định 320/2025/NĐ-CP. Doanh nghiệp Việt Nam chi trả có nghĩa vụ khấu trừ và nộp thay trước khi chuyển tiền ra nước ngoài.
Tầng thứ hai là chi phí được trừ khi tính thuế TNDN của chính doanh nghiệp đi vay. Theo quy định về giao dịch liên kết tại Nghị định 255/2026/NĐ-CP (thay thế Nghị định 132/2020 từ kỳ tính thuế TNDN 2026), chi phí lãi vay vượt trần 30% EBITDA bị loại khỏi chi phí được trừ. Hai tầng này độc lập: nộp đủ thuế nhà thầu 5% không có nghĩa phần lãi vay đương nhiên được trừ hết khi tính thuế TNDN.
Lãi suất bao nhiêu thì an toàn và cơ cấu lại khoản vay
Không tồn tại một con số lãi suất “an toàn tuyệt đối” áp dụng cho mọi trường hợp, nhưng có ba trụ kiểm soát. Thứ nhất, lãi suất phải phù hợp với nguyên tắc giá thị trường trong giao dịch liên kết — lãi suất cao bất thường so với thị trường là dấu hiệu đầu tiên bị soi. Thứ hai, tổng chi phí lãi vay phải nằm trong trần 30% EBITDA; vượt trần thì phần vượt bị loại dù lãi suất có hợp lý. Thứ ba, hồ sơ chứng minh mục đích vay phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh phải đầy đủ.
Về cơ cấu lại: doanh nghiệp có thể xem xét chuyển một phần vay thành vốn góp (giảm áp lực trần lãi vay nhưng mất tính linh hoạt rút vốn), đàm phán lại lãi suất về mặt bằng thị trường có căn cứ so sánh, hoặc tách khoản vay thành nhiều kỳ hạn gắn với từng dự án cụ thể để chứng minh mục đích sử dụng vốn rõ ràng. Mọi phương án tái cấu trúc nên hoàn tất trước kỳ quyết toán thuế để phản ánh đúng trong năm tính thuế.
Khiếu nại quyết định xử lý ở đâu
Quyết định xử phạt và truy thu liên quan đến lãi vay là quyết định hành chính về thuế, doanh nghiệp có quyền khiếu nại trong 90 ngày kể từ ngày nhận quyết định. Trọng tâm khiếu nại nên tách bạch hai tầng: với thuế nhà thầu, kiểm tra việc xác định đối tượng và mức khấu trừ có đúng khoản 3 Điều 12 Nghị định 320/2025 không; với phần chi phí bị loại, trọng tâm là chứng minh lãi suất theo giá thị trường và tính đúng đắn của số liệu EBITDA làm căn cứ trần 30%. Nếu khiếu nại không thành, doanh nghiệp có quyền khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án.
Câu hỏi thường gặp
1. Vì sao lãi vay trả công ty mẹ bị đánh cả thuế nhà thầu lẫn loại chi phí?
Vì đây là hai tầng thuế độc lập: thuế nhà thầu 5% đánh vào thu nhập lãi của bên cho vay nước ngoài (khoản 3 Điều 12 Nghị định 320/2025), còn trần 30% EBITDA giới hạn chi phí lãi vay được trừ của bên đi vay (Nghị định 255/2026). Nộp đủ tầng này không miễn tầng kia.
2. Lãi suất bao nhiêu thì an toàn?
Không có con số tuyệt đối; an toàn tương đối khi lãi suất theo giá thị trường có căn cứ so sánh, tổng lãi vay trong trần 30% EBITDA, và hồ sơ mục đích vay đầy đủ. Ba điều kiện này phải đồng thời thỏa mãn.
3. Cơ cấu lại khoản vay thế nào để giảm rủi ro?
Các hướng gồm: chuyển một phần vay thành vốn góp, đàm phán lại lãi suất về mặt bằng thị trường, tách khoản vay theo từng dự án để chứng minh mục đích sử dụng vốn. Nên hoàn tất tái cấu trúc trước kỳ quyết toán thuế của năm.
4. Khiếu nại quyết định xử lý lãi vay ở đâu?
Khiếu nại trong 90 ngày tại cơ quan thuế ban hành quyết định hoặc cơ quan cấp trên trực tiếp, tách bạch lập luận cho từng tầng (thuế nhà thầu và chi phí được trừ). Không đồng ý với kết quả giải quyết thì khởi kiện hành chính tại Tòa án.
Bài viết đã được FLAW AI Legal Council kiểm tra chất lượng