Khấu trừ thuế GTGT đầu vào là khâu doanh nghiệp FDI mất tiền thầm lặng nhất: hóa đơn đủ nhưng chứng từ thanh toán không đạt, hoặc thanh toán đúng kênh nhưng hóa đơn thiếu chỉ tiêu. Từ khi Luật Thuế GTGT 48/2024 có hiệu lực ngày 01/7/2025, ngưỡng thanh toán không dùng tiền mặt đã hạ từ 20 triệu xuống 5 triệu đồng, khiến nhiều giao dịch nhỏ trước đây an toàn nay rơi vào vùng rủi ro.
Căn cứ pháp lý
- Điều 14 Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15: cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ được khấu trừ thuế đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế khi có đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định.
- Chứng từ đầu vào hợp lệ gồm hóa đơn GTGT hợp pháp của bên bán, chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu, hoặc chứng từ nộp thuế thay cho nhà thầu nước ngoài, tùy loại giao dịch mua vào.
- Điều kiện thanh toán: hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt mới được khấu trừ; ngưỡng này đã hạ từ mức 20 triệu đồng của khung trước đây kể từ 01/7/2025.
- Thuế đầu vào phát sinh trong kỳ được kê khai khấu trừ khi có đủ chứng từ tại thời điểm kê khai; đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho hoạt động không chịu thuế thì không được khấu trừ theo nguyên tắc tại Điều 14.
- Hóa đơn có sai sót được xử lý theo Điều 19 Nghị định 123/2020/NĐ-CP đã sửa đổi bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP: lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế tùy loại sai sót; sai tên, địa chỉ người mua thì thông báo cho cơ quan thuế, không phải lập hóa đơn thay thế.
Ba lớp điều kiện phải đạt đồng thời
Lớp thứ nhất là bản chất giao dịch: hàng hóa, dịch vụ mua vào phải thực tế phát sinh và phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh chịu thuế của doanh nghiệp. Lớp thứ hai là chứng từ: hóa đơn GTGT hợp pháp đứng tên, mã số thuế của doanh nghiệp, hoặc chứng từ nộp thuế khâu nhập khẩu đối với hàng nhập khẩu. Lớp thứ ba là thanh toán: với mỗi lần mua từ 5 triệu đồng trở lên, dòng tiền phải đi qua ngân hàng hoặc kênh không dùng tiền mặt hợp lệ và khớp được với hóa đơn.
Thiếu bất kỳ lớp nào, thuế đầu vào của giao dịch đó bị loại khi kiểm tra, dù hai lớp còn lại hoàn hảo. Đây là lý do bộ phận kế toán cần kiểm tra điều kiện ngay lúc ghi nhận hóa đơn, bởi đến cuối năm, chứng từ thanh toán tiền mặt của một giao dịch 6 triệu đồng không thể sửa lại thành chuyển khoản được nữa.
Ngưỡng 5 triệu đồng: tác động thực tế sau khi hạ từ 20 triệu
Trước 01/7/2025, mua văn phòng phẩm hay dịch vụ lẻ dưới 20 triệu đồng trả tiền mặt vẫn được khấu trừ. Nay ngưỡng chỉ còn 5 triệu đồng nên hàng loạt khoản chi thường xuyên như sửa chữa nhỏ, vận chuyển lẻ, ăn uống tiếp khách theo hóa đơn riêng lẻ đều có thể chạm ngưỡng. Doanh nghiệp cần rà soát lại quy chế chi tiêu nội bộ và hạn mức ứng tiền mặt cho nhân viên theo ngưỡng mới.
Về thực tiễn quản lý, nhiều cơ quan thuế xem các lần mua trong cùng một ngày của cùng một người bán như các giao dịch cần được xem xét gộp khi xét điều kiện thanh toán. Cách an toàn là mặc định chuyển khoản cho mọi nhà cung cấp thường xuyên ngay cả khi từng hóa đơn riêng lẻ dưới 5 triệu đồng, đồng thời hạn chế việc tách một nhu cầu mua sắm thành nhiều hóa đơn nhỏ để né ngưỡng thanh toán.
Hóa đơn thiếu thông tin và lộ trình khắc phục
Hóa đơn thiếu hoặc sai thông tin cần phân loại trước khi xử lý. Sai tên hoặc địa chỉ người mua nhưng đúng mã số thuế: bên bán thông báo với cơ quan thuế theo Điều 19 Nghị định 123/2020 đã sửa đổi, không lập hóa đơn thay thế, và bên mua vẫn có căn cứ khấu trừ nếu các chỉ tiêu cốt lõi khác hợp lệ. Sai mã số thuế, sai số tiền hoặc sai thuế suất: phải lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế theo đúng trình tự, kèm biên bản thỏa thuận giữa hai bên khi được yêu cầu.
Trong thời gian chờ bên bán xử lý hóa đơn lỗi, bên mua nên kê khai phần thuế đầu vào đó ở trạng thái chờ thay vì khấu trừ ngay. Khi hóa đơn thay thế hợp lệ được phát hành, doanh nghiệp kê khai vào kỳ phát sinh hóa đơn thay thế theo hướng dẫn hiện hành và lưu toàn bộ chuỗi chứng từ gồm hóa đơn gốc, biên bản và hóa đơn mới để giải trình khi cần.
Câu hỏi thường gặp
Để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào cần điều kiện gì?
Cần đồng thời ba lớp điều kiện: giao dịch mua vào thực tế dùng cho hoạt động chịu thuế; có hóa đơn GTGT hợp pháp hoặc chứng từ nộp thuế khâu nhập khẩu, chứng từ nộp thay nhà thầu nước ngoài; và với mỗi lần mua từ 5 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt. Thiếu một trong ba lớp, phần thuế đầu vào của giao dịch bị loại khi cơ quan thuế kiểm tra.
Hóa đơn trên 20 triệu thanh toán tiền mặt có được khấu trừ không?
Câu hỏi này dựa trên ngưỡng cũ. Từ 01/7/2025, Điều 14 Luật 48/2024 hạ ngưỡng thanh toán không dùng tiền mặt xuống còn 5 triệu đồng mỗi lần mua. Vì vậy hóa đơn 20 triệu đồng thanh toán tiền mặt chắc chắn không được khấu trừ; ngay cả hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên trả tiền mặt cũng mất điều kiện khấu trừ, dù hóa đơn hoàn toàn hợp pháp.
Hóa đơn thiếu thông tin thì xử lý ra sao?
Phải phân loại loại sai sót theo Điều 19 Nghị định 123/2020 đã được Nghị định 70/2025 sửa đổi. Sai tên, địa chỉ người mua nhưng đúng mã số thuế thì bên bán thông báo cho cơ quan thuế, không cần hóa đơn thay thế. Sai mã số thuế, số tiền hoặc thuế suất thì lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế kèm biên bản thỏa thuận hai bên. Bên mua chỉ khấu trừ khi đã có hóa đơn hợp lệ cuối cùng.
Mua nhiều lần trong ngày, mỗi lần dưới 5 triệu, có cần chuyển khoản không?
Từng hóa đơn riêng lẻ dưới 5 triệu đồng không bắt buộc chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo ngưỡng từng lần. Tuy nhiên, nếu các lần mua trong cùng ngày từ cùng một người bán thực chất là một nhu cầu bị tách nhỏ, cơ quan thuế có thể xem xét gộp giá trị khi xét điều kiện. Giải pháp an toàn là chuyển khoản mặc định với nhà cung cấp thường xuyên và cấm tách hóa đơn để né ngưỡng trong quy chế mua hàng nội bộ.
Bài viết đã được FLAW AI Legal Council kiểm tra chất lượng