Tình huống: Công ty TNHH logistics và sản xuất nhẹ có vốn đầu tư nước ngoài vừa nhận Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư cho dự án trong Khu kinh tế Quảng Ninh (Khu công nghiệp Đông Mai), tiếp đó là Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp. Dự án trong khu kinh tế có chế độ ưu đãi riêng — nhưng ưu đãi chỉ phát huy khi kê khai đúng — và hoạt động qua cảng biển thêm lớp thủ tục hải quan, ngoại hối. Khác với 4 tỉnh còn lại trong loạt bài này, Quảng Ninh không thuộc diện sáp nhập theo Nghị quyết 202/2025/QH15.
1. Lợi thế khu kinh tế: ưu đãi ghi trên IRC
Dự án trong khu kinh tế do Ban Quản lý Khu kinh tế Quảng Ninh cấp IRC, theo Luật Đầu tư 143/2025/QH15 (thông qua 11/12/2025, hiệu lực 01/3/2026, thay Luật 61/2020/QH14) và Nghị định 96/2026/NĐ-CP (31/3/2026, hiệu lực 15/5/2026). Ưu đãi khu kinh tế — thuế TNDN, thuế nhập khẩu, tiền thuê đất — thường ghi nhận trên IRC hoặc quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư. Hai kỷ luật từ ngày đầu: kiểm tra từng ưu đãi có đáp ứng điều kiện trong vận hành (địa bàn, ngành nghề, quy mô); nắm chắc tấm khiên — Điều 12 Luật Đầu tư 143/2025/QH15 bảo đảm ưu đãi khi văn bản pháp luật ban hành sau làm thay đổi ưu đãi đang áp dụng, trình tự tại Nghị định 96/2026/NĐ-CP (văn bản đề nghị gửi cơ quan đăng ký đầu tư kèm giấy phép ghi nhận ưu đãi). Ưu đãi là quyền được ghi nhận bằng văn bản, không phải quà tặng tự động.
2. Vốn, ngoại hối và chuyển lợi nhuận ra nước ngoài
Mở tài khoản vốn đầu tư nước ngoài tại Việt Nam (tài khoản ICA) theo Thông tư 38/2026/TT-NHNN (hiệu lực 18/8/2026, thay thế toàn bộ Thông tư 06/2019/TT-NHNN) — góp vốn, chuyển lợi nhuận, chuyển vốn đầu tư đều qua tài khoản này. Vốn góp đủ trong 90 ngày từ ngày cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (khoản 2 Điều 47 và khoản 2 Điều 75 Luật Doanh nghiệp 59/2020/QH14). Lợi nhuận chỉ được chuyển ra nước ngoài sau khi doanh nghiệp hoàn thành nghĩa vụ thuế của năm tài chính, qua tài khoản ICA kèm chứng từ (báo cáo tài chính đã kiểm toán, quyết toán thuế). Nên lập lịch chuyển lợi nhuận cùng đơn vị kiểm toán từ sớm.
3. Hải quan và hoạt động qua cảng biển
Dự án nhập khẩu máy móc thiết bị hoặc xuất khẩu qua cảng biển phải đăng ký với cơ quan hải quan và thiết lập khai báo hải quan điện tử trước lô hàng đầu tiên. Hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án được hưởng ưu đãi đầu tư thường được miễn thuế nhập khẩu — nhưng phải đăng ký trước danh mục hàng miễn thuế với cơ quan hải quan; hàng đã thông quan mà chưa đăng ký hiếm khi được miễn hồi tố. Đồng bộ hóa đơn điện tử (Điều 15 Nghị định 123/2020/NĐ-CP — cơ quan thuế trả lời 01 ngày làm việc) với tờ khai hải quan từ lô hàng đầu tiên.
4. Nghĩa vụ thuế đầu tiên, lao động và báo cáo định kỳ
Đăng ký thuế một cửa liên thông cùng đăng ký doanh nghiệp; thực tiễn nộp hồ sơ khai thuế ban đầu trong 10 ngày làm việc từ ngày cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, hiệu lực 01/7/2026, thay Luật 38/2019/QH14): tờ khai lệ phí môn bài, phương pháp tính thuế GTGT, chế độ kế toán, phương pháp khấu hao. Lệ phí môn bài (Nghị định 139/2016/NĐ-CP, sửa bởi Nghị định 22/2020/NĐ-CP): miễn năm đầu, vẫn khai trước 30/01 năm sau; vốn trên 10 tỷ: 3 triệu đồng/năm; từ 10 tỷ trở xuống: 2 triệu đồng/năm. Mua chữ ký số (Luật Giao dịch điện tử 20/2023/QH15). Khai trình sử dụng lao động trong 30 ngày từ ngày bắt đầu hoạt động; báo cáo thay đổi 06 tháng (trước 05/6) và hằng năm (trước 05/12) — khoản 2 Điều 12 Bộ luật Lao động 45/2019/QH14, Điều 4 Nghị định 145/2020/NĐ-CP; nhân sự nước ngoài cần giấy phép lao động theo Nghị định 219/2025/NĐ-CP (07/8/2025, hiệu lực ngay), do Sở Nội vụ cấp; đăng ký BHXH bắt buộc (Luật Bảo hiểm xã hội 41/2024/QH15, hiệu lực 01/7/2025). Điều 47 Luật Đầu tư 143/2025/QH15: báo cáo hằng quý, hằng năm gửi cơ quan đăng ký đầu tư (Ban Quản lý Khu kinh tế) và cơ quan thống kê, bằng văn bản và qua Hệ thống thông tin quốc gia về đầu tư. Điều 43 Luật Doanh nghiệp 59/2020/QH14 (sửa bởi Luật 76/2025/QH15) bỏ nghĩa vụ thông báo mẫu dấu.
Câu hỏi thường gặp
Doanh nghiệp trong khu kinh tế có tự động được ưu đãi thuế không?
Không. Chỉ áp dụng khi dự án đáp ứng đủ điều kiện (địa bàn, ngành nghề, quy mô) và ưu đãi ghi nhận trên IRC/quyết định phê duyệt.
Chuyển lợi nhuận ra nước ngoài cần điều kiện gì?
Sau khi hoàn thành nghĩa vụ thuế của năm, qua tài khoản ICA (Thông tư 38/2026/TT-NHNN) kèm báo cáo tài chính đã kiểm toán và hồ sơ quyết toán thuế.
Thuê kho ngoài khu kinh tế có ảnh hưởng ưu đãi không?
Có thể: ưu đãi gắn với địa bàn KKT và phạm vi dự án được cấp phép. Kiểm tra điều kiện địa lý từng ưu đãi trước khi ký thuê kho ngoài khu.
Nhập khẩu máy móc tạo tài sản cố định: có được miễn thuế nhập khẩu?
Thường được miễn, nhưng phải đăng ký trước danh mục hàng miễn thuế với hải quan và chứng minh hàng phục vụ dự án được cấp phép.
