Ưu đãi thuế công ty công nghệ, phần mềm 2026

Công ty công nghệ, phần mềm là một trong số ít ngành được pháp luật thuế Việt Nam dành hẳn một gói ưu đãi thuế công ty phần mềm riêng: thuế thu nhập doanh nghiệp chỉ 10% trong 15 năm, miễn thuế 4 năm đầu, giảm một nửa số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo. Nhưng đi kèm với gói ưu đãi này là ba cái bẫy mà nhiều doanh nghiệp chỉ phát hiện khi đã bị truy thu: điều kiện "dự án đầu tư mới" bị hiểu sai, hoạt động không chứng minh được là "sản xuất sản phẩm phần mềm" đúng quy trình, và thuế giá trị gia tăng đầu vào không được khấu trừ dù đầu ra không chịu thuế.

Bài viết này hệ thống toàn bộ khung thuế áp dụng cho công ty công nghệ, phần mềm theo pháp luật hiện hành: Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 (67/2025/QH15), Nghị định 320/2025/NĐ-CP, Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 (48/2024/QH15) và Thông tư 13/2020/TT-BTTTT. Tất cả căn cứ đều đã được đối chiếu với văn bản gốc.

1. Vì sao công ty công nghệ, phần mềm cần một cẩm nang thuế riêng

Hầu hết doanh nghiệp nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo thuế suất phổ thông 20%. Riêng với công nghệ và phần mềm, pháp luật xây dựng một chế độ riêng gồm ba trụ cột:

Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đặc thù: "sản xuất sản phẩm phần mềm" được liệt kê đích danh trong ngành, nghề ưu đãi tại điểm b khoản 2 Điều 12 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, với mức 10% trong 15 năm kèm miễn, giảm thuế. Đây là mức ưu đãi cao nhất trong nhóm ưu đãi theo ngành nghề thông thường.
Chế độ thuế giá trị gia tăng đặc thù: sản phẩm phần mềm và dịch vụ phần mềm thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng (khoản 21 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024). Nghe thì có lợi, nhưng hệ quả là thuế giá trị gia tăng đầu vào cũng không được khấu trừ, không được hoàn (khoản 27 Điều 5) — trừ trường hợp xuất khẩu được hưởng 0%.
Đòn bẩy nghiên cứu và phát triển: doanh nghiệp được trích tối đa 20% thu nhập tính thuế để lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ (Điều 17 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, tăng gấp đôi so với mức 10% trước đây).

Ba trụ cột này tạo ra lợi thế thuế rất lớn, nhưng mỗi trụ cột đều gắn với điều kiện áp dụng chặt chẽ. Sai một điều kiện, doanh nghiệp không chỉ mất ưu đãi của năm đó mà còn bị tính năm đó vào thời gian ưu đãi đã đăng ký — nghĩa là mất cả quá khứ lẫn tương lai của gói ưu đãi.

2. Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp: 10% trong 15 năm, miễn 4 năm, giảm 50% trong 9 năm

Đây là phần quan trọng nhất của cẩm nang. Căn cứ pháp lý gồm hai tầng:

Tầng luật: điểm b khoản 2 Điều 12 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 liệt kê "sản xuất sản phẩm phần mềm" vào ngành, nghề ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, cùng nhóm với sản xuất sản phẩm an toàn thông tin mạng, sản xuất sản phẩm và cung cấp dịch vụ công nghệ số trọng điểm, nghiên cứu — phát triển — thiết kế — sản xuất — đóng gói — kiểm thử chip bán dẫn và xây dựng trung tâm dữ liệu trí tuệ nhân tạo.

Tầng nghị định: Nghị định 320/2025/NĐ-CP cụ thể hóa mức ưu đãi:

Thuế suất 10% trong 15 năm đối với thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới thuộc điểm b khoản 2 Điều 18 (trong đó có sản xuất sản phẩm phần mềm) — khoản 1 Điều 19.
Miễn thuế 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 09 năm tiếp theo đối với chính nhóm thu nhập này — khoản 1 Điều 20.
Thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi được tính từ năm đầu tiên dự án đầu tư mới có doanh thu; thời gian miễn, giảm thuế được tính từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế từ dự án, và nếu trong 03 năm đầu kể từ năm đầu tiên có doanh thu mà chưa có thu nhập chịu thuế thì tính từ năm thứ 04 — khoản 7 Điều 19 và khoản 4 Điều 20.

Để hình dung giá trị của gói ưu đãi, giả sử một công ty phần mềm có lợi nhuận chịu thuế 10 tỷ đồng mỗi năm:

Nộp theo thuế suất phổ thông 20%: 2 tỷ đồng/năm.
4 năm miễn thuế: tiết kiệm 2 tỷ đồng/năm, tổng 8 tỷ đồng.
9 năm giảm 50%: mỗi năm chỉ nộp 0,5 tỷ đồng (50% của 1 tỷ đồng tính theo thuế suất 10%), tiết kiệm 1,5 tỷ đồng/năm, tổng 13,5 tỷ đồng.
2 năm còn lại của chu kỳ 15 năm: nộp 1 tỷ đồng/năm theo thuế suất 10%, tiết kiệm 1 tỷ đồng/năm, tổng 2 tỷ đồng.
Tổng tiết kiệm trong 15 năm: khoảng 23,5 tỷ đồng so với nộp theo thuế suất phổ thông.

Con số này đủ lớn để việc tuân thủ điều kiện ưu đãi trở thành một hạng mục quản trị bắt buộc, không phải việc "làm cho có" của bộ phận kế toán.

3. Điều kiện then chốt số một: phải là "dự án đầu tư mới"

Ưu đãi không dành cho mọi công ty có hoạt động phần mềm, mà dành cho thu nhập từ thực hiện dự án đầu tư mới. Khoản 8 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định hai nhóm yêu cầu:

Yêu cầu về hồ sơ pháp lý: dự án đầu tư mới phải được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, hoặc được chấp thuận chủ trương đầu tư, hoặc cho phép đầu tư theo pháp luật chuyên ngành. Đối với dự án không thuộc diện phải cấp các giấy tờ này, việc xác định dự án đầu tư mới căn cứ vào Báo cáo thực hiện dự án đầu tư của doanh nghiệp gửi cơ quan đăng ký đầu tư.

Yêu cầu về bản chất — những trường hợp bị loại trừ: dự án đầu tư mới không bao gồm các trường hợp hình thành từ sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chuyển đổi chủ sở hữu — kể cả trường hợp thực hiện dự án mới nhưng vẫn kế thừa tài sản, địa điểm kinh doanh, ngành nghề kinh doanh của doanh nghiệp cũ để tiếp tục hoạt động, hoặc mua lại dự án đầu tư đang hoạt động.

Trong thực tế công ty phần mềm, điều này dẫn đến ba tình huống cần phân biệt rõ:

Công ty phần mềm thành lập mới từ đầu với dự án sản xuất phần mềm: đáp ứng điều kiện một cách tự nhiên, miễn là hồ sơ đầu tư thể hiện đúng ngành nghề ưu đãi.
Công ty đang hoạt động mở thêm mảng sản xuất phần mềm: phần thu nhập tăng thêm từ đầu tư mở rộng có thể được hưởng ưu đãi theo dự án đang hoạt động cho thời gian còn lại, với điều kiện đáp ứng tiêu chí về quy mô đầu tư mở rộng (khoản 5 và khoản 6 Điều 20 Nghị định 320/2025/NĐ-CP).
Mua lại một công ty phần mềm đang hoạt động rồi tiếp tục kinh doanh: không được coi là dự án đầu tư mới, không phát sinh ưu đãi mới — nhưng được kế thừa ưu đãi còn lại của dự án cũ nếu tiếp tục đáp ứng điều kiện (khoản 7 Điều 23).

4. Điều kiện then chốt số hai: chứng minh được "sản xuất sản phẩm phần mềm" đúng quy trình

Không phải cứ công ty đăng ký ngành nghề phần mềm là đương nhiên được hưởng ưu đãi cho toàn bộ doanh thu. Cơ quan thuế xem xét bản chất hoạt động: doanh nghiệp có thực sự "sản xuất sản phẩm phần mềm" hay không. Căn cứ để đánh giá là Thông tư 13/2020/TT-BTTTT:

Điều 4 Thông tư này quy định rõ: quy trình sản xuất sản phẩm phần mềm và nguyên tắc xác định hoạt động sản xuất phần mềm đáp ứng đúng quy trình là căn cứ để cơ quan có thẩm quyền xem xét việc áp dụng các chính sách thuế và các chính sách ưu đãi khác.
Điều 5 quy định quy trình sản xuất sản phẩm phần mềm gồm 07 công đoạn: (1) xác định yêu cầu; (2) phân tích và thiết kế; (3) lập trình, viết mã lệnh; (4) kiểm tra, thử nghiệm; (5) hoàn thiện, đóng gói; (6) cài đặt, chuyển giao, hướng dẫn sử dụng; (7) bảo hành, bảo trì.
Hoạt động được coi là đáp ứng đúng quy trình khi tổ chức, doanh nghiệp tham gia thực hiện một hoặc nhiều công đoạn trong quy trình nhằm tạo mới hoặc nâng cấp, chỉnh sửa, hoàn thiện sản phẩm phần mềm.

Từ quy định này, doanh nghiệp phần mềm cần tự phân loại doanh thu của mình:

Được xem là sản xuất sản phẩm phần mềm: phát triển sản phẩm của chính mình (product), gia công phần mềm theo đơn đặt hàng có tham gia các công đoạn phân tích — thiết kế — lập trình — kiểm thử, nâng cấp và tùy biến sâu sản phẩm phần mềm.
Nguy cơ không được công nhận: chỉ mua đi bán lại giấy phép phần mềm (thương mại thuần túy), chỉ làm dịch vụ cài đặt, đào tạo sử dụng tách rời khỏi hoạt động sản xuất, hoặc cung cấp nhân sự lập trình đơn thuần mà không tham gia quy trình sản xuất sản phẩm.

Hồ sơ chứng minh nên được xây dựng ngay từ đầu, không đợi đến khi thanh tra: tài liệu đặc tả yêu cầu, thiết kế hệ thống, mã nguồn và lịch sử phiên bản, biên bản kiểm thử và nghiệm thu, tài liệu hướng dẫn sử dụng. Đây chính là "bộ hồ sơ quy trình" song hành với hồ sơ kế toán.

5. Điều kiện then chốt số ba: hạch toán riêng và giữ điều kiện suốt thời gian ưu đãi

Ngay cả khi đáp ứng hai điều kiện trên, ưu đãi vẫn có thể mất vì hai lý do vận hành:

Thứ nhất, không tách được thu nhập ưu đãi khỏi thu nhập khác. Ưu đãi chỉ áp dụng cho thu nhập từ hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm của dự án đầu tư mới. Khoản 9 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP liệt kê các khoản thu nhập không được hưởng ưu đãi trong mọi trường hợp: thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng quyền góp vốn; thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản; thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư; thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh ở ngoài Việt Nam; và các khoản thu nhập khác không liên quan đến hoạt động được ưu đãi. Một công ty phần mềm có thêm doanh thu cho thuê văn phòng dư, lãi tiền gửi ngân hàng, hay chuyển nhượng cổ phần công ty con — các khoản này chịu thuế suất phổ thông và phải được hạch toán tách bạch.

Thứ hai, để mất điều kiện trong một năm tính thuế. Khoản 10 Điều 23 quy định: trong thời gian được ưu đãi, nếu trong kỳ tính thuế mà doanh nghiệp không đáp ứng một trong các điều kiện ưu đãi thì kỳ tính thuế đó không được hưởng ưu đãi mà phải nộp thuế theo mức thuế suất 20%, và năm đó vẫn tính vào thời gian ưu đãi mà doanh nghiệp đang đăng ký hưởng. Nói cách khác, một năm lơ là điều kiện tương đương với việc "đốt" một năm ưu đãi mà không được hưởng gì.

Một điểm linh hoạt đáng lưu ý tại khoản 1 Điều 12 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025: trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập thì được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi có lợi nhất. Doanh nghiệp vừa sản xuất phần mềm vừa đặt dự án tại địa bàn ưu đãi nên tính toán so sánh các phương án trước khi đăng ký.

6. Lựa chọn nâng cao: Giấy chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao

Ngoài ưu đãi theo ngành "sản xuất sản phẩm phần mềm", công ty công nghệ còn có một con đường ưu đãi thứ hai: trở thành doanh nghiệp công nghệ cao theo quy định của Luật Công nghệ cao (điểm e khoản 2 Điều 12 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025), hoặc doanh nghiệp khoa học và công nghệ theo pháp luật về khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo.

Khoản 11 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định: doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp khoa học và công nghệ được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập từ hoạt động công nghệ cao, ứng dụng công nghệ cao, kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ và các khoản thu nhập có liên quan trực tiếp từ các hoạt động này.

Điểm thực tế quan trọng: nhiều công ty công nghệ chỉ xin được Giấy chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao sau khi đã có doanh thu một vài năm. Pháp luật đã dự liệu trường hợp này — khoản 7 Điều 19 và khoản 4 Điều 20 Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định khi giấy chứng nhận được cấp sau thời điểm phát sinh doanh thu hoặc thu nhập thì thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi và thời gian miễn, giảm thuế được tính kể từ năm được cấp giấy chứng nhận. Doanh nghiệp không bị mất quyền lợi chỉ vì hoàn tất thủ tục công nhận muộn, nhưng cũng không được hồi tố ưu đãi cho các năm trước khi có giấy chứng nhận.

7. Quỹ phát triển khoa học và công nghệ: đòn bẩy 20% thu nhập tính thuế

Đây là ưu đãi ít được các công ty phần mềm tận dụng đúng mức, dù giá trị rất lớn. Điều 17 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 quy định: doanh nghiệp, tổ chức, đơn vị sự nghiệp được thành lập theo quy định của pháp luật Việt Nam được trích tối đa 20% thu nhập tính thuế hàng năm để lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp. Mức này tăng gấp đôi so với mức 10% của luật cũ, và áp dụng từ ngày 01/10/2025.

Cơ chế hoạt động: khoản trích lập quỹ được trừ khỏi thu nhập tính thuế của năm trích lập — nghĩa là với lợi nhuận 10 tỷ đồng, trích 2 tỷ đồng vào quỹ thì thu nhập tính thuế chỉ còn 8 tỷ đồng, tiết kiệm ngay 400 triệu đồng thuế thu nhập doanh nghiệp (theo thuế suất 20%) hoặc 200 triệu đồng (theo thuế suất ưu đãi 10%).

Tuy nhiên, quỹ này không phải là "khoản trích để đó". Pháp luật gắn ba điều kiện sử dụng chặt chẽ mà doanh nghiệp phần mềm cần nắm trước khi trích:

Quỹ chỉ được sử dụng cho đầu tư khoa học và công nghệ tại Việt Nam — phù hợp tự nhiên với hoạt động nghiên cứu, phát triển sản phẩm của công ty phần mềm.
Nếu trong thời hạn 05 năm kể từ khi trích lập mà quỹ không được sử dụng, hoặc sử dụng không hết 70%, hoặc sử dụng không đúng mục đích, doanh nghiệp phải nộp lại ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên khoản đã trích cộng tiền lãi phát sinh.
Các khoản chi từ quỹ không được hạch toán vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế trong kỳ — tránh tính trùng hai lần.

Với công ty phần mềm có hoạt động nghiên cứu và phát triển thực chất, Quỹ phát triển khoa học và công nghệ là công cụ hoãn và giảm thuế hợp pháp hiệu quả nhất trong khung pháp luật hiện hành.

8. Thuế giá trị gia tăng: đầu ra không chịu thuế, đầu vào không được khấu trừ

Sang đến thuế giá trị gia tăng, bức tranh của công ty phần mềm đảo ngược so với thuế thu nhập doanh nghiệp: không còn ưu đãi theo nghĩa giảm thuế suất, mà là một cơ chế đặc thù cần quản trị cẩn thận.

Sản phẩm phần mềm và dịch vụ phần mềm là đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng theo khoản 21 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 (hiệu lực 01/7/2025). Khi xuất hóa đơn bán phần mềm hoặc cung cấp dịch vụ phần mềm trong nước, doanh nghiệp không tính thuế giá trị gia tăng đầu ra — giá bán là giá đã bao gồm mọi nghĩa vụ thuế giá trị gia tăng.

Nhưng "không chịu thuế" khác với "chịu thuế suất 0%". Hệ quả quy định tại khoản 27 Điều 5: cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế giá trị gia tăng không được khấu trừ, không được hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào, trừ trường hợp được áp dụng mức thuế suất 0%. Trong thực tế, công ty phần mềm vẫn phát sinh rất nhiều thuế giá trị gia tăng đầu vào: thuê văn phòng, mua máy chủ và thiết bị, thuê dịch vụ tư vấn, marketing — toàn bộ số thuế này trở thành chi phí thực không thu hồi được, làm tăng giá thành.

Ngoại lệ quan trọng dành cho mô hình xuất khẩu — vốn rất phổ biến với công ty phần mềm Việt Nam (gia công cho khách nước ngoài, bán sản phẩm ra thị trường quốc tế): khoản 1 Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 áp dụng thuế suất 0% đối với dịch vụ cung ứng cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và tiêu dùng ở ngoài Việt Nam. Khi được hưởng 0%, doanh nghiệp được khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào tương ứng. Đây là lý do các công ty outsourcing phần mềm xuất khẩu thường có hiệu quả thuế giá trị gia tăng tốt hơn hẳn các công ty chỉ bán trong nước.

Ba lưu ý vận hành cho phần này:

Tách dòng hóa đơn theo bản chất: nếu một hợp đồng vừa có phần mềm (không chịu thuế) vừa có dịch vụ tư vấn, đào tạo, hosting tách rời (chịu thuế giá trị gia tăng), phải tách thành các dòng riêng trên hóa đơn. Gộp chung một dòng rất dễ bị áp thuế suất của phần chịu thuế cho toàn bộ giá trị khi giải trình.
Phân biệt "dịch vụ phần mềm" với dịch vụ công nghệ thông tin khác: ranh giới giữa dịch vụ phần mềm (không chịu thuế) và các dịch vụ như tư vấn quản trị, tư vấn chuyển đổi số, đào tạo tách rời, cung cấp hạ tầng hosting (chịu thuế) phụ thuộc vào bản chất từng hợp đồng. Điểm này cần được đối chiếu cẩn thận trước khi chốt thuế suất trên hóa đơn, vì phân loại sai dẫn đến hoặc nộp thiếu thuế, hoặc tự làm tăng giá bán một cách không cần thiết.
Điều kiện hưởng 0% cho xuất khẩu dịch vụ: dịch vụ phải được cung ứng cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và tiêu dùng ở ngoài Việt Nam, có hợp đồng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng đầy đủ.

9. Thanh toán cho đối tác nước ngoài: đừng quên thuế nhà thầu

Công ty công nghệ, phần mềm hiếm khi hoạt động độc lập hoàn toàn: mua bản quyền phần mềm của hãng nước ngoài, trả phí đăng ký dịch vụ đám mây và SaaS cho nhà cung cấp nước ngoài, thuê chuyên gia nước ngoài sang triển khai. Mỗi khoản thanh toán ra nước ngoài đều phải kiểm tra nghĩa vụ thuế nhà thầu — bên Việt Nam có trách nhiệm khấu trừ trước khi thanh toán.

Khung thuế suất hiện hành phân biệt theo bản chất khoản thanh toán; ví dụ tiền bản quyền trả cho nhà thầu nước ngoài chịu thuế thu nhập doanh nghiệp 10% theo khoản 3 Điều 12 Nghị định 320/2025/NĐ-CP. Phân loại sai bản chất — chẳng hạn ghi toàn bộ hợp đồng là "phí dịch vụ" trong khi một phần thực chất là tiền bản quyền — là lỗi phổ biến dẫn đến truy thu.

Nội dung chi tiết về thủ tục kê khai, hồ sơ miễn giảm theo hiệp định tránh đánh thuế hai lần và các tình huống cụ thể được trình bày trong các bài viết chuyên sâu của cùng cụm chủ đề: checklist kê khai thuế nhà thầu cho hợp đồng với đối tác nước ngoài và tình huống phí quản lý của công ty mẹ có bị tính thuế nhà thầu không. Nguyên tắc chung cho công ty phần mềm: rà soát tất cả hợp đồng với đối tác nước ngoài trước kỳ thanh toán, xác định bản chất từng khoản chi, khấu trừ và kê khai đúng hạn — vì nghĩa vụ này thuộc về bên Việt Nam và không thể đổ lỗi cho đối tác nước ngoài khi bị kiểm tra.

10. Hai rủi ro thường bị bỏ qua: giao dịch liên kết và chi phí nhân sự

Rủi ro giao dịch liên kết. Nhiều công ty phần mềm là thành viên của tập đoàn đa quốc gia: công ty mẹ thu phí quản lý, phân bổ chi phí nghiên cứu và phát triển chung, hoặc cho công ty con tại Việt Nam vay vốn với lãi suất ưu đãi. Tất cả đều là giao dịch liên kết và chịu sự điều chỉnh của Nghị định 255/2026/NĐ-CP về quản lý thuế đối với giao dịch liên kết (hiệu lực 01/7/2026, áp dụng từ kỳ tính thuế 2026). Hai điểm nóng nhất là phí dịch vụ nội bộ tập đoàn — phải chứng minh dịch vụ có thật và mang lại lợi ích thực tế — và các khoản vay nội bộ với lãi suất không theo giá thị trường, có nguy cơ bị ấn định lại thu nhập. Công ty phần mềm có vốn đầu tư nước ngoài nên đưa các giao dịch này vào chương trình tuân thủ giao dịch liên kết ngay từ đầu năm tài chính, thay vì đợi đến khi có quyết định thanh tra.

Chi phí nhân sự — tài sản lớn nhất và cũng là khoản chi lớn nhất. Với công ty phần mềm, chi phí lương, thưởng cho đội ngũ kỹ sư thường chiếm tỷ trọng áp đảo trong cơ cấu chi phí. Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 và Nghị định 320/2025/NĐ-CP giữ nguyên ba điều kiện cốt lõi của chi phí được trừ: chi thực tế phát sinh và liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh; có đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp; và thanh toán không dùng tiền mặt đối với khoản chi từ 05 triệu đồng trở lên. Các khoản chi cho người lao động như thưởng, phúc lợi, bảo hiểm cần có quy chế nội bộ rõ ràng làm căn cứ. Một khoản thưởng Tết hậu hĩnh nhưng không có quy định trong quy chế lương, thưởng hoặc hợp đồng lao động vẫn có nguy cơ bị loại khi quyết toán.

11. Checklist tự rà soát cho công ty công nghệ, phần mềm

1. Xác định lại bản chất hoạt động của từng dòng doanh thu. Tại sao: chỉ thu nhập từ "sản xuất sản phẩm phần mềm" mới thuộc diện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp; doanh thu thương mại thuần túy hay dịch vụ công nghệ thông tin khác không được hưởng. Làm sao: đối chiếu từng hợp đồng, từng dòng doanh thu với 07 công đoạn quy trình sản xuất phần mềm tại Điều 5 Thông tư 13/2020/TT-BTTTT.

2. Kiểm tra hồ sơ pháp lý của "dự án đầu tư mới". Tại sao: không có Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, chấp thuận chủ trương đầu tư hoặc báo cáo thực hiện dự án đầu tư thể hiện đúng ngành nghề ưu đãi thì không có cơ sở áp dụng ưu đãi. Làm sao: rà soát giấy phép hiện tại; nếu mở thêm mảng phần mềm sau khi thành lập, đánh giá phương án đầu tư mở rộng theo khoản 5 Điều 20 Nghị định 320/2025/NĐ-CP.

3. Xây dựng bộ hồ sơ chứng minh quy trình sản xuất phần mềm. Tại sao: đây là căn cứ để cơ quan có thẩm quyền xem xét chính sách thuế theo Điều 4 Thông tư 13/2020/TT-BTTTT. Làm sao: lưu trữ có hệ thống tài liệu đặc tả yêu cầu, thiết kế, mã nguồn và lịch sử phiên bản, biên bản kiểm thử, nghiệm thu và tài liệu hướng dẫn sử dụng.

4. Thiết lập hạch toán riêng cho thu nhập được ưu đãi. Tại sao: thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư và thu nhập khác không liên quan đến hoạt động ưu đãi không được hưởng ưu đãi (khoản 9 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP); không tách được thì toàn bộ phần thu nhập đó chịu thuế suất phổ thông. Làm sao: mở tiểu khoản kế toán riêng cho từng dự án, từng dòng doanh thu ngay từ đầu năm tài chính.

5. Tính đúng mốc thời gian của gói ưu đãi. Tại sao: thời gian áp dụng thuế suất 10% tính từ năm đầu tiên có doanh thu, thời gian miễn — giảm tính từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế (năm thứ 04 nếu 03 năm đầu chưa có thu nhập chịu thuế). Làm sao: lập bảng theo dõi lộ trình 15 năm — 4 năm miễn, 9 năm giảm 50%, 2 năm còn lại hưởng 10% — gắn với năm tài chính thực tế của dự án.

6. Quyết định có trích lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ hay không. Tại sao: trích tối đa 20% thu nhập tính thuế giúp giảm thuế ngay trong năm, nhưng gắn với nghĩa vụ sử dụng đúng mục đích trong 05 năm. Làm sao: ước tính nhu cầu đầu tư nghiên cứu — phát triển 05 năm tới; nếu có kế hoạch sử dụng thực chất thì trích, nếu không thì cân nhắc vì sẽ bị thu hồi cả thuế lẫn lãi.

7. Rà soát hóa đơn giá trị gia tăng đầu ra và đầu vào. Tại sao: đầu ra phần mềm không chịu thuế giá trị gia tăng nhưng đầu vào không được khấu trừ — mọi sai sót phân loại đều chuyển thành chi phí hoặc rủi ro truy thu. Làm sao: tách dòng hóa đơn theo bản chất từng hạng mục; với doanh thu xuất khẩu, hoàn thiện hồ sơ hưởng thuế suất 0% (hợp đồng, thanh toán qua ngân hàng) để được khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào.

8. Kiểm tra mọi khoản thanh toán cho đối tác nước ngoài. Tại sao: nghĩa vụ khấu trừ thuế nhà thầu thuộc về bên Việt Nam; phân loại sai bản chất khoản thanh toán dẫn đến áp sai thuế suất. Làm sao: lập danh sách toàn bộ hợp đồng với nhà thầu nước ngoài (bản quyền, SaaS, cloud, chuyên gia), xác định thuế suất từng khoản và khấu trừ trước mỗi lần thanh toán.

9. Đưa giao dịch với công ty liên kết vào chương trình tuân thủ. Tại sao: phí quản lý, phân bổ chi phí nghiên cứu phát triển, khoản vay nội bộ đều là giao dịch liên kết thuộc phạm vi Nghị định 255/2026/NĐ-CP từ kỳ tính thuế 2026. Làm sao: chuẩn bị hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, trọng tâm là chứng minh lợi ích thực tế của dịch vụ và tính hợp lý của mức phí, lãi suất theo nguyên tắc giá thị trường.

10. Giữ điều kiện ưu đãi cho từng năm tính thuế. Tại sao: một năm không đáp ứng điều kiện thì năm đó nộp thuế theo thuế suất 20% mà vẫn bị tính vào thời gian ưu đãi (khoản 10 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP). Làm sao: đưa điều kiện ưu đãi vào checklist quyết toán thuế hàng năm của doanh nghiệp, không coi ưu đãi là việc "đăng ký một lần rồi quên".

12. Câu hỏi thường gặp

1. Công ty tôi chỉ làm gia công phần mềm cho khách hàng nước ngoài, không có sản phẩm của riêng mình — có được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp cho sản xuất phần mềm không?

Trả lời trực tiếp: có thể được, nếu hoạt động gia công của công ty tham gia một hoặc nhiều công đoạn trong quy trình sản xuất sản phẩm phần mềm theo Điều 5 Thông tư 13/2020/TT-BTTTT nhằm tạo mới hoặc nâng cấp, chỉnh sửa, hoàn thiện sản phẩm phần mềm. Căn cứ pháp lý: nguyên tắc xác định hoạt động sản xuất phần mềm đáp ứng đúng quy trình tại Thông tư 13/2020/TT-BTTTT, kết hợp điều kiện dự án đầu tư mới tại khoản 8 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP. Giải thích thêm: gia công phần mềm theo đơn đặt hàng có tham gia phân tích, thiết kế, lập trình, kiểm thử khác với việc chỉ cung ứng nhân sự lập trình đơn thuần. Hành động cần làm: thu thập và lưu trữ tài liệu chứng minh công ty tham gia các công đoạn sản xuất (đặc tả yêu cầu, thiết kế, mã nguồn, biên bản kiểm thử, nghiệm thu) cho từng dự án gia công.

2. Doanh thu xuất khẩu dịch vụ phần mềm vừa được hưởng thuế thu nhập doanh nghiệp 10% vừa được hưởng thuế giá trị gia tăng 0% có đúng không?

Trả lời trực tiếp: đúng, hai ưu đãi này độc lập và có thể đồng thời áp dụng nếu đáp ứng đủ điều kiện của từng sắc thuế. Căn cứ pháp lý: thuế suất ưu đãi 10% trong 15 năm theo khoản 1 Điều 19 Nghị định 320/2025/NĐ-CP đối với thu nhập từ dự án sản xuất sản phẩm phần mềm; thuế suất 0% theo khoản 1 Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 đối với dịch vụ cung ứng cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và tiêu dùng ở ngoài Việt Nam. Giải thích thêm: khi được hưởng 0%, doanh nghiệp còn được khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào tương ứng — đây là lợi thế kép mà mô hình xuất khẩu phần mềm có được so với mô hình chỉ bán trong nước. Hành động cần làm: đảm bảo hợp đồng xuất khẩu và chứng từ thanh toán qua ngân hàng đầy đủ để chứng minh điều kiện hưởng 0%.

3. Công ty thành lập đã 3 năm, đến nay mới biết về ưu đãi — có được áp dụng hồi tố cho các năm trước không?

Trả lời trực tiếp: không được hồi tố cho các năm trước, nhưng có thể đăng ký hưởng cho thời gian còn lại nếu vẫn đáp ứng điều kiện. Căn cứ pháp lý: thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi tính từ năm đầu tiên dự án đầu tư mới có doanh thu (khoản 7 Điều 19 Nghị định 320/2025/NĐ-CP); trường hợp được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao sau thời điểm có doanh thu thì tính từ năm được cấp giấy chứng nhận. Giải thích thêm: các năm đã qua mà doanh nghiệp kê khai theo thuế suất phổ thông thì không được điều chỉnh lại để hưởng ưu đãi. Hành động cần làm: rà soát ngay hồ sơ dự án và điều kiện hiện tại, đăng ký áp dụng ưu đãi từ kỳ tính thuế hiện hành cho thời gian còn lại của chu kỳ ưu đãi.

4. Mua lại một công ty phần mềm đang hoạt động thì có được hưởng gói ưu đãi 10% trong 15 năm tính lại từ đầu không?

Trả lời trực tiếp: không — dự án hình thành từ chuyển đổi chủ sở hữu hoặc mua lại dự án đang hoạt động không được coi là dự án đầu tư mới. Căn cứ pháp lý: điểm b khoản 8 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP loại trừ trường hợp chuyển đổi chủ sở hữu, kể cả mua lại dự án đầu tư đang hoạt động. Giải thích thêm: bên mua được kế thừa ưu đãi còn lại của dự án cũ (kể cả các khoản lỗ chưa kết chuyển) nếu tiếp tục đáp ứng điều kiện ưu đãi, theo khoản 7 Điều 23. Hành động cần làm: trước khi mua lại, thẩm định thời gian ưu đãi còn lại của dự án mục tiêu và đưa vào định giá thương vụ.

5. Trích lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ 20% nhưng sau 5 năm không dùng hết thì hậu quả thế nào?

Trả lời trực tiếp: phải nộp lại ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên khoản đã trích mà không sử dụng hoặc sử dụng không đúng mục đích, cộng tiền lãi phát sinh. Căn cứ pháp lý: Điều 17 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 — trong thời hạn 05 năm kể từ khi trích lập, nếu quỹ không được sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% hoặc sử dụng không đúng mục đích thì doanh nghiệp phải nộp lại thuế và lãi. Giải thích thêm: lãi tính trên phần quỹ không sử dụng hết áp dụng lãi suất trái phiếu kho bạc kỳ hạn một năm với thời gian tính lãi hai năm; phần sử dụng sai mục đích áp dụng lãi phạt chậm nộp tính từ khi trích lập. Hành động cần làm: chỉ trích quỹ khi có kế hoạch đầu tư nghiên cứu — phát triển thực chất trong 05 năm tới và theo dõi sử dụng quỹ như một hạng mục ngân sách riêng.

Kết luận: ưu đãi lớn nhất dành cho doanh nghiệp chuẩn bị tốt nhất

Gói ưu đãi thuế cho công ty công nghệ, phần mềm theo pháp luật hiện hành có giá trị lên đến hàng chục tỷ đồng trong 15 năm: thuế thu nhập doanh nghiệp 10% thay vì 20%, miễn thuế 4 năm đầu, giảm một nửa số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo, cộng thêm đòn bẩy trích lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ đến 20% thu nhập tính thuế. Nhưng toàn bộ giá trị đó chỉ thuộc về doanh nghiệp đáp ứng và duy trì đủ ba điều kiện then chốt: dự án đầu tư mới có hồ sơ pháp lý đầy đủ, hoạt động sản xuất phần mềm chứng minh được đúng quy trình 07 công đoạn, và hạch toán riêng cùng tuân thủ điều kiện cho từng năm tính thuế. Song song, doanh nghiệp cần quản trị đúng cơ chế thuế giá trị gia tăng đặc thù — đầu ra không chịu thuế nhưng đầu vào không được khấu trừ — và nghĩa vụ thuế nhà thầu cho mọi khoản thanh toán ra nước ngoài.

Cấu trúc thuế của mỗi công ty công nghệ là khác nhau: mô hình sản phẩm, mô hình gia công xuất khẩu, hay thành viên tập đoàn đa quốc gia đều có những điểm cần xử lý riêng. Nếu doanh nghiệp của bạn đang hoạt động trong lĩnh vực công nghệ, phần mềm và muốn rà soát toàn diện điều kiện hưởng ưu đãi, thiết kế lại cấu trúc thuế hoặc chuẩn bị hồ sơ trước kỳ thanh tra, đội ngũ luật sư của FLAT có thể đồng hành từ khâu đánh giá hiện trạng đến hoàn thiện hồ sơ tuân thủ — hãy liên hệ FLAT Law Firm qua hotline 0988424851 để được tư vấn cho trường hợp cụ thể của doanh nghiệp.

Phiên bản ngôn ngữ

Tài liệu tham khảo

Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 (67/2025/QH15) — toàn văn tại thuvienphapluat.vn
Nghị định 320/2025/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 — toàn văn tại expertis.vn
Thuế suất ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP — thuvienphapluat.vn
Sản xuất sản phẩm phần mềm có được áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp từ 01/10/2025 — thuvienphapluat.vn
Tăng mức trích lập Quỹ phát triển khoa học và công nghệ lên tối đa 20% từ 01/10/2025 — thuvienphapluat.vn
Sản phẩm phần mềm và dịch vụ phần mềm có chịu thuế giá trị gia tăng không; khấu trừ thuế đầu vào — thuvienphapluat.vn
Thông tư 13/2020/TT-BTTTT quy định việc xác định hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm — thuviennhadat.vn

—