Với doanh nghiệp xuất khẩu, khấu trừ thuế GTGT và hoàn thuế GTGT không phải hai lựa chọn để cân nhắc chọn một — mà là hai cơ chế nối tiếp nhau: khấu trừ trước, số thuế còn lại chưa khấu trừ hết mới xét hoàn. Hiểu sai mối quan hệ này là nguyên nhân phổ biến khiến hồ sơ hoàn thuế bị loại.
1. Khấu trừ thuế GTGT: bước đầu tiên bắt buộc
Theo Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 48/2024/QH15 (có hiệu lực từ 01/7/2025), doanh nghiệp được khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi đáp ứng đủ điều kiện:
- Có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào (hoặc chứng từ nộp thuế ở khâu nhập khẩu);
- Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT) — ngưỡng mới hạ từ 20 triệu đồng xuống 5 triệu đồng kể từ 01/7/2025;
- Riêng với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, ngoài các điều kiện trên còn phải có: hợp đồng ký với bên nước ngoài; hóa đơn bán hàng; chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt; tờ khai hải quan; phiếu đóng gói, vận đơn, chứng từ bảo hiểm (nếu có).
Thuế GTGT phải nộp bằng thuế đầu ra trừ thuế đầu vào được khấu trừ. Số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết được chuyển sang kỳ sau — và chỉ khi vẫn còn dư sau khấu trừ, doanh nghiệp mới bước sang cơ chế hoàn thuế.
2. Hoàn thuế GTGT: khi nào doanh nghiệp xuất khẩu được hoàn?
Theo Điều 15 Luật 48/2024/QH15, doanh nghiệp xuất khẩu được xét hoàn thuế khi:
- Số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu;
- Số thuế được hoàn tối đa không quá 10% doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.
Nói cách khác: hoàn thuế là van xả cuối cùng cho phần thuế đầu vào mà doanh nghiệp xuất khẩu không thể khấu trừ hết qua các kỳ kê khai — phù hợp với bản chất hàng xuất khẩu chịu thuế suất 0% nên hầu như không có thuế đầu ra để khấu trừ vào.
3. Điểm mới đáng chú ý: bãi bỏ một điều kiện
Luật 149/2025/QH15 (Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng; khoản 3 Điều 1; hiệu lực 01/01/2026) đã bãi bỏ điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế” trong hồ sơ hoàn thuế. Trước đây, doanh nghiệp xuất khẩu có thể bị ảnh hưởng khi nhà cung cấp không kê khai nộp thuế; nay rào cản này đã được gỡ bỏ, giảm rủi ro ngoài tầm kiểm soát của doanh nghiệp làm ăn ngay thẳng.
4. Hai cái bẫy thường gặp
- Bẫy căn cứ pháp lý: Điều 13 của Luật 48/2024/QH15 quy định về các hành vi bị nghiêm cấm — đây là điều khoản cấm, tuyệt đối không được trích dẫn làm căn cứ hoàn thuế. Hồ sơ viện dẫn Điều 13 để xin hoàn thuế sẽ bị loại ngay.
- Bẫy số hiệu văn bản: khi tra cứu văn bản hướng dẫn, số hiệu đúng cần đối chiếu là Điều 9 Thông tư 69/2025/TT-BTC (không phải “Điều 7” như một số tài liệu ghi nhầm). Luôn kiểm tra số hiệu trên văn bản gốc trước khi trích dẫn vào hồ sơ.
5. Thủ tục tóm tắt
Doanh nghiệp kê khai thuế GTGT theo kỳ, thực hiện khấu trừ thuế đầu vào theo Điều 14; số thuế chưa khấu trừ hết được chuyển kỳ sau. Khi đủ điều kiện hoàn (từ 300 triệu đồng trở lên, trong trần 10% doanh thu xuất khẩu), doanh nghiệp lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế gửi cơ quan thuế. Cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ, có thể kiểm tra trước hoặc sau hoàn tùy phân loại rủi ro, rồi ra quyết định hoàn thuế.
Câu hỏi thường gặp
Doanh nghiệp xuất khẩu có được chọn hoàn thuế thay vì khấu trừ không?
Không. Hai cơ chế nối tiếp nhau: phải khấu trừ trước, phần còn lại chưa khấu trừ hết mới được xét hoàn.
Hóa đơn 6 triệu đồng thanh toán tiền mặt có được khấu trừ không?
Không. Từ 01/7/2025, hàng hóa, dịch vụ từ 5 triệu đồng trở lên (đã gồm thuế) bắt buộc phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt mới được khấu trừ.
Nhà cung cấp không kê khai thuế thì doanh nghiệp xuất khẩu có bị từ chối hoàn thuế?
Theo Luật 149/2025/QH15 (Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng; khoản 3 Điều 1; hiệu lực 01/01/2026), điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế” đã bị bãi bỏ, nên đây không còn là căn cứ từ chối.
Căn cứ pháp lý: Luật Thuế giá trị gia tăng 48/2024/QH15 (Điều 13 (điều khoản cấm — không phải căn cứ hoàn thuế), 14, 15; hiệu lực 01/7/2025); Luật 149/2025/QH15 (Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng; khoản 3 Điều 1; hiệu lực 01/01/2026 — bãi bỏ điều kiện người bán đã kê khai nộp thuế).
Doanh nghiệp xuất khẩu của bạn cần tối ưu khấu trừ và hoàn thuế GTGT? Liên hệ qua trang Liên hệ của FLAT Law Firm để được hỗ trợ hồ sơ.
Thông tin tham khảo, không phải tư vấn pháp lý.
Nội dung pháp lý của bài viết do AI Legal Council của FLAT soát xét và trình chủ sở hữu phê duyệt; đây không phải ý kiến của luật sư người thật và không thay thế tư vấn pháp lý cho từng trường hợp cụ thể.
