Sáp nhập hai dự án FDI của cùng một nhà đầu tư: thủ tục và hệ quả về ưu đãi

Trả lời ngắn: Hai dự án của cùng một nhà đầu tư được sáp nhập thành một dự án theo Điều 33 khoản 1 Luật Đầu tư 2025 (Luật 143/2025/QH15, có hiệu lực 01/3/2026), thủ tục tại Điều 59 Nghị định 96/2026/NĐ-CP (có hiệu lực 31/3/2026). Tình huống điển hình: một nhà đầu tư có hai dự án — một được hưởng ưu đãi thuế, một không — muốn gộp lại để tinh gọn quản trị. Bài viết trả lời hai câu hỏi: thủ tục gì, và ưu đãi xử lý thế nào.

Lưu ý: bài viết này nói về sáp nhập (cùng nhà đầu tư). Nếu dự án đổi chủ — bán cho nhà đầu tư khác — đó là chuyển nhượng dự án theo Điều 57, với cơ chế ưu đãi khác (xem bài “Chuyển nhượng dự án FDI: ưu đãi thuế XNK có được giữ lại?”). Trích điểm a khoản 6 Điều 20 cho trường hợp sáp nhập là sai điểm luật.

1. Định nghĩa và điều kiện tiên quyết: phải là cùng một nhà đầu tư

Điều 59.1(b) NĐ 96/2026/NĐ-CP định nghĩa: sáp nhập là việc sáp nhập một hoặc một số dự án đầu tư của nhà đầu tư đó vào một dự án đầu tư của chính nhà đầu tư đó. Điều kiện tiên quyết: không đổi chủ — cả dự án bị sáp nhập và dự án nhận sáp nhập đều thuộc cùng một nhà đầu tư. Nếu có bất kỳ sự thay đổi chủ sở hữu nào, giao dịch thuộc Điều 57 (chuyển nhượng), không phải Điều 59.

Ngoài ra, việc sáp nhập phải đáp ứng hai điều kiện tại Điều 59.2: (i) đáp ứng điều kiện sử dụng đất theo pháp luật đất đai và điều kiện đầu tư kinh doanh (nếu có); (ii) không được thay đổi “điều kiện của nhà đầu tư” đã ghi tại văn bản chấp thuận/giấy chứng nhận trước khi sáp nhập.

2. Thủ tục: điều chỉnh dự án đầu tư (khoản 3 Điều 59) — 3 nhánh

Tương tự tách dự án, sáp nhập được thực hiện theo thủ tục điều chỉnh dự án đầu tư:

• Nhánh A — Dự án có chấp thuận chủ trương đầu tư: điều chỉnh chấp thuận chủ trương đầu tư theo thẩm quyền tại các Điều 52, 53, 54 NĐ 96/2026/NĐ-CP;
• Nhánh B — Dự án có quyết định chấp thuận nhà đầu tư: theo Điều 55 NĐ 96/2026/NĐ-CP;
• Nhánh C — Dự án có giấy chứng nhận đăng ký đầu tư: điều chỉnh giấy chứng nhận đăng ký đầu tư theo Điều 56 NĐ 96/2026/NĐ-CP.

Nhà đầu tư nộp 01 bộ hồ sơ kèm bản điện tử cho cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền.

3. Ưu đãi sau sáp nhập — trọng tâm của bài (điểm c khoản 6 Điều 20 NĐ 96)

Nguyên tắc tại điểm c khoản 6 Điều 20 NĐ 96/2026/NĐ-CP:

• Dự án sau sáp nhập tiếp tục áp dụng ưu đãi đầu tư theo điều kiện hưởng ưu đãi của TỪNG dự án trước sáp nhập (nếu vẫn đáp ứng điều kiện);
• Các dự án có mức ưu đãi khác nhau thì mỗi phần hưởng theo mức của mình cho thời gian còn lại — tách bạch, không gộp cơ học thành một mức (kể cả mức cao nhất), không reset thời gian hưởng;
• Dự án sau sáp nhập KHÔNG phải “dự án đầu tư mới” để xin ưu đãi mới — “sáp nhập xong xin ưu đãi mới” là sai.

Ví dụ: dự án A còn 5 năm ưu đãi thuế TNDN, dự án B không có ưu đãi. Sau khi sáp nhập, phần hoạt động của A tiếp tục hưởng ưu đãi cho 5 năm còn lại, phần của B không hưởng — không gộp, không làm mới.

4. Thuế TNDN: kế thừa ưu đãi và lỗ chưa kết chuyển

Về thuế thu nhập doanh nghiệp, Nghị định 320/2025/NĐ-CP (quy định chi tiết thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025) quy định: doanh nghiệp có dự án đầu tư từ việc sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi được kế thừa các ưu đãi thuế TNDN (kể cả các khoản lỗ chưa được kết chuyển) của dự án trước khi sáp nhập, nếu tiếp tục đáp ứng các điều kiện ưu đãi thuế và điều kiện chuyển lỗ theo quy định. Người đọc nên đối chiếu văn bản gốc của Nghị định 320/2025/NĐ-CP để xác định đúng số điều áp dụng cho trường hợp cụ thể.

5. Ba bẫy thường gặp

• Trích điểm a khoản 6 Điều 20 cho sáp nhập: sai — điểm a áp cho chuyển nhượng (đổi nhà đầu tư); sáp nhập áp điểm c;
• Gộp cơ học hai mức ưu đãi khác nhau thành mức cao nhất: sai — mỗi phần hưởng theo điều kiện của chính nó, tách bạch;
• “Sáp nhập xong đi xin ưu đãi mới”: sai — dự án sau sáp nhập không phải dự án đầu tư mới.

6. Điểm chưa thể khẳng định tuyệt đối — cần làm việc với cơ quan có thẩm quyền

• Cách phân bổ “thời gian hưởng ưu đãi còn lại” khi hai dự án bắt đầu hưởng ưu đãi ở thời điểm khác nhau: pháp luật không đưa công thức chung — cần làm việc trực tiếp với cơ quan thuế;
• Ưu đãi thuế xuất nhập khẩu (miễn thuế nhập khẩu tạo tài sản cố định) gắn với danh mục hàng hóa của từng dự án: cần đối chiếu Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu — không khẳng định tự động chuyển đổi;
• Hạch toán thuế khi hai mức ưu đãi khác nhau tồn tại trong một dự án sau sáp nhập: thuộc pháp luật thuế TNDN — bài viết chỉ nêu nguyên tắc tách bạch, không đưa phương pháp hạch toán cụ thể.

Câu hỏi thường gặp

Sáp nhập hai dự án thì có được xin lại ưu đãi từ đầu không?
Không. Dự án sau sáp nhập không phải dự án đầu tư mới. Ưu đãi được tiếp tục theo điều kiện của từng dự án trước sáp nhập, cho thời gian còn lại.

Hai dự án của hai công ty con khác nhau (cùng tập đoàn mẹ) có sáp nhập theo Điều 59 được không?
Không, nếu hai công ty con là hai nhà đầu tư độc lập về pháp lý. Điều 59 yêu cầu cùng một nhà đầu tư. Trường hợp này phải xử lý qua cơ chế chuyển nhượng (Điều 57) hoặc tái cấu trúc doanh nghiệp trước.

Một dự án có ưu đãi, một không — sau sáp nhập tính thuế thế nào?
Mỗi phần hưởng theo điều kiện của mình, tách bạch, cho thời gian còn lại. Việc hạch toán cụ thể khi hai mức ưu đãi cùng tồn tại thuộc pháp luật thuế TNDN — nên làm việc với cơ quan thuế và tư vấn thuế.

Nguồn trích dẫn

• Luật Đầu tư 2025 (Luật 143/2025/QH15, có hiệu lực 01/3/2026): Điều 33.1 (quyền chia, tách, sáp nhập, chuyển nhượng dự án đầu tư).
• Nghị định 96/2026/NĐ-CP (có hiệu lực 31/3/2026): Điều 59.1(b) (định nghĩa sáp nhập); Điều 59.2 (điều kiện); Điều 59.3 (thủ tục điều chỉnh dự án đầu tư); Điều 20.6(c) (ưu đãi sau sáp nhập); Điều 57 (chuyển nhượng dự án — để phân biệt).
• Nghị định 320/2025/NĐ-CP (quy định chi tiết Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025): nguyên tắc kế thừa ưu đãi thuế TNDN và lỗ chưa kết chuyển khi sáp nhập (đối chiếu văn bản gốc để lấy số điều).

Doanh nghiệp đang có hai dự án đầu tư và muốn gộp lại để tinh gọn quản trị, nhưng băn khoăn về thủ tục và ưu đãi sau sáp nhập? Liên hệ qua trang Liên hệ của FLAT Law Firm để được tư vấn tái cấu trúc dự án đầu tư.

Nội dung pháp lý của bài viết do FLAW AI Legal Council soát xét và trình chủ sở hữu phê duyệt; đây không phải ý kiến của luật sư người thật và không thay thế tư vấn pháp lý cho từng trường hợp cụ thể.

Thông tin tham khảo, không phải tư vấn pháp lý.