Checklist chuẩn bị thanh tra, kiểm tra thuế cho công ty FDI tại Việt Nam
Nhận được quyết định thanh tra thuế hoặc thông báo kiểm tra thuế là thời điểm mà mọi công ty FDI đều muốn mình đã chuẩn bị từ trước — bởi khi đoàn đã vào làm việc, mọi thiếu sót trong hồ sơ đều có thể chuyển thành truy thu và phạt. Checklist thanh tra thuế FDI này được thiết kế để giám đốc, kế toán trưởng và bộ phận pháp chế dùng ngay: 12 mục kiểm tra, mỗi mục nêu rõ phải làm gì, vì sao phải làm, làm thế nào và bẫy thường gặp. Chuẩn bị tốt không có nghĩa là "đối phó" với cơ quan thuế — mà là bảo vệ quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp bằng hồ sơ đầy đủ và quy trình làm việc đúng luật.
Mục lục
- 1. Đối tượng và cách dùng checklist này
- 2. Checklist chi tiết 12 mục
- 3. Các lỗi phổ biến khi tự chuẩn bị
- 4. Sau khi hoàn thành checklist
- 5. Câu hỏi thường gặp
- Phiên bản ngôn ngữ
- Tài liệu tham khảo
1. Đối tượng và cách dùng checklist này {#1-doi-tuong}
Checklist này dành cho công ty có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) đang hoạt động tại Việt Nam — bao gồm công ty TNHH một thành viên, công ty TNHH hai thành viên trở lên, công ty cổ phần có vốn nước ngoài và chi nhánh thương nhân nước ngoài — khi:
- Vừa nhận quyết định thanh tra thuế hoặc quyết định/thông báo kiểm tra thuế;
- Nằm trong diện có nguy cơ cao bị thanh tra: doanh nghiệp lỗ nhiều năm liên tiếp, có giao dịch liên kết lớn, đề nghị hoàn thuế GTGT, thay đổi nhà đầu tư, hoặc vừa trải qua M&A;
- Muốn tự rà soát định kỳ (khuyến nghị mỗi năm một lần) để luôn trong trạng thái sẵn sàng.
Cách đánh dấu: ☐ chưa làm · ☑ đã xong · ⚠ cần luật sư/kế toán rà soát thêm. Nên phân công một đầu mối chịu trách nhiệm tổng thể (thường là kế toán trưởng phối hợp với pháp chế) và đặt deadline cho từng mục — thời gian từ khi nhận quyết định đến khi đoàn vào làm việc thường không dài.
Trước hết, cần phân biệt hai khái niệm hay bị dùng lẫn: thanh tra thuế là hoạt động thanh tra theo pháp luật về thanh tra, thực hiện theo quyết định thanh tra với đoàn thanh tra; kiểm tra thuế là hoạt động kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế, thực hiện tại trụ sở người nộp thuế theo quyết định kiểm tra hoặc tại trụ sở cơ quan thuế theo thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu. Quyền và nghĩa vụ của doanh nghiệp trong hai hoạt động này có điểm khác nhau, nhưng checklist dưới đây bao phủ cả hai. Để có cái nhìn tổng quan về quy trình thanh tra, xem chuẩn bị cho thanh tra thuế tại doanh nghiệp.
2. Checklist chi tiết 12 mục {#2-checklist-chi-tiet}
Mục 1: Kiểm tra tính hợp pháp của quyết định thanh tra/kiểm tra ☐
- Làm gì: Đọc kỹ toàn bộ quyết định thanh tra hoặc quyết định/thông báo kiểm tra: cơ quan ban hành, căn cứ pháp lý, thành phần đoàn, nội dung và thời kỳ thanh tra/kiểm tra, thời gian và địa điểm làm việc.
- Tại sao: Mọi hoạt động của đoàn chỉ hợp pháp trong phạm vi quyết định (Điều 8 Luật Thanh tra 2022 nghiêm cấm thanh tra vượt quá phạm vi quyết định). Nếu đoàn yêu cầu vượt ra ngoài nội dung, thời kỳ ghi trong quyết định, doanh nghiệp nên yêu cầu đoàn ban hành quyết định bổ sung/điều chỉnh phạm vi bằng văn bản và bảo lưu ý kiến — thay vì tuyên bố "từ chối" chung chung. Quyền từ chối cụ thể được luật quy định cho kiểm tra thuế tại điểm r khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế 108/2025 với đúng 3 trường hợp: (i) kiểm tra tại trụ sở khi không có quyết định kiểm tra của cơ quan có thẩm quyền; (ii) kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế khi không có thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung; (iii) cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra hoặc thuộc bí mật nhà nước (trừ trường hợp pháp luật có quy định khác).
- Làm thế nào: Đối chiếu thẩm quyền ban hành với quy định; kiểm tra thời kỳ thanh tra có trùng với thời kỳ đã được thanh tra, kiểm tra, kiểm toán trước đó không (tránh bị thanh tra trùng lặp cùng nội dung); lưu quyết định vào hồ sơ vụ việc.
- Lưu ý: ⚠ Nếu quyết định có dấu hiệu bất thường (không rõ căn cứ, thời kỳ quá rộng, thành phần đoàn không đúng thẩm quyền), cần luật sư đánh giá ngay trước buổi làm việc đầu tiên — đây là "cửa" quan trọng nhất, bỏ qua thì các mục sau chỉ là khắc phục hậu quả.
Mục 2: Chỉ định đầu mối và người được ủy quyền làm việc ☐
- Làm gì: Ban hành văn bản nội bộ chỉ định đầu mối làm việc với đoàn (họ tên, chức danh, phạm vi được trả lời/cung cấp tài liệu), và giấy ủy quyền cho người đại diện làm việc nếu người đại diện theo pháp luật không trực tiếp tham gia.
- Tại sao: Đoàn thanh tra chỉ làm việc với người có thẩm quyền. Nhân sự không được ủy quyền mà tự ý cung cấp số liệu, ký biên bản có thể tạo ra cam kết bất lợi mà doanh nghiệp khó rút lại. Với công ty FDI có lãnh đạo là người nước ngoài, ủy quyền cho kế toán trưởng hoặc luật sư là phương án thực tế.
- Làm thế nào: Văn bản ủy quyền ghi rõ phạm vi (cung cấp tài liệu, giải trình, ký biên bản làm việc — hoặc loại trừ quyền thừa nhận nghĩa vụ thuế); thông báo cho toàn bộ nhân sự liên quan chỉ cung cấp thông tin qua đầu mối.
- Lưu ý: Mọi biên bản làm việc phải có người được ủy quyền ký; không để nhân viên ký thay khi chưa được phân công bằng văn bản.
Mục 3: Chuẩn bị hồ sơ pháp lý của doanh nghiệp ☐
- Làm gì: Tập hợp bộ hồ sơ pháp lý nền: Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (IRC), Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (ERC), điều lệ công ty, các lần thay đổi đăng ký kinh doanh, giấy phép chuyên ngành (nếu có), quyết định bổ nhiệm người đại diện theo pháp luật và kế toán trưởng.
- Tại sao: Đoàn luôn bắt đầu bằng việc xác minh tư cách pháp lý, ngành nghề đăng ký và quá trình thay đổi của doanh nghiệp. Ngành nghề thực tế so với đăng ký, thay đổi chủ sở hữu, tăng giảm vốn — tất cả đều liên quan đến nghĩa vụ thuế (ví dụ: điều kiện hưởng ưu đãi thuế, nghĩa vụ thuế khi chuyển nhượng vốn).
- Làm thế nào: Sắp xếp theo trình tự thời gian, đánh số trang, lập danh mục tài liệu; bản sao y hoặc bản sao có chứng thực khi đoàn yêu cầu lưu hồ sơ.
- Lưu ý: Công ty FDI sau M&A, thay đổi nhà đầu tư thường bị soi kỹ lịch sử chuyển nhượng vốn — chuẩn bị sẵn hợp đồng chuyển nhượng, chứng từ nộp thuế chuyển nhượng vốn của các lần trước.
Mục 4: Đối chiếu sổ sách kế toán — tờ khai — báo cáo tài chính ☐
- Làm gì: Đối chiếu ba nguồn số liệu: sổ kế toán chi tiết, các tờ khai thuế đã nộp (GTGT, TNDN, TNCN, nhà thầu…), và báo cáo tài chính đã kiểm toán (nếu có). Lập bảng đối chiếu các chỉ tiêu trọng yếu: doanh thu, giá vốn, chi phí, lợi nhuận, số thuế phải nộp/đã nộp.
- Tại sao: Chênh lệch giữa ba nguồn là "mỏ" đầu tiên đoàn khai thác. Mỗi chênh lệch đều phải có lời giải thích hợp lý kèm chứng từ; chênh lệch không giải thích được mặc định bị nghi ngờ là kê khai sai.
- Làm thế nào: Chạy đối chiếu theo từng sắc thuế, từng năm trong thời kỳ thanh tra; với chênh lệch do điều chỉnh hồi tố, chuẩn bị bút toán điều chỉnh và thuyết minh; nếu phát hiện sai sót của chính mình, chủ động kê khai bổ sung và tự giác nộp đủ số thuế phải nộp trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế (khoản 3 Điều 9 Nghị định 125/2020/NĐ-CP) — đúng mốc này thì trường hợp khai sai được không xử phạt vi phạm hành chính về thuế; để đến khi đoàn đã công bố quyết định mới kê khai thì đã quá muộn để hưởng cơ chế này.
- Lưu ý: ⚠ Báo cáo tài chính kiểm toán không "bảo lãnh" cho tờ khai thuế — kiểm toán viên không chịu trách nhiệm về nghĩa vụ thuế. Đừng chủ quan vì đã có báo cáo kiểm toán sạch.
Mục 5: Rà soát hóa đơn điện tử và chứng từ thanh toán ☐
- Làm gì: Kiểm tra tính hợp lệ của toàn bộ hóa đơn điện tử đầu vào/đầu ra trong thời kỳ thanh tra: hóa đơn có mã của cơ quan thuế, nội dung đúng quy định, người bán còn hoạt động tại thời điểm xuất hóa đơn. Đối chiếu điều kiện chi phí được trừ: khoản chi thực tế liên quan đến sản xuất kinh doanh, có đủ hóa đơn chứng từ, và thanh toán không dùng tiền mặt đối với từng lần mua hàng hóa, dịch vụ từ 5 triệu đồng trở lên (Nghị định 320/2025/NĐ-CP).
- Tại sao: Hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn, ngừng hoạt động và chi phí thanh toán tiền mặt trên ngưỡng là hai nhóm bị loại chi phí nhiều nhất, kéo theo truy thu thuế TNDN, thuế GTGT và phạt.
- Làm thế nào: Tra cứu tình trạng hoạt động của nhà cung cấp lớn trên hệ thống của cơ quan thuế; lập danh sách hóa đơn rủi ro (giá trị lớn, nhà cung cấp mới, nội dung chung chung); bổ sung hợp đồng, biên bản nghiệm thu, chứng từ giao nhận cho các khoản chi lớn.
- Lưu ý: Hóa đơn dưới 5 triệu đồng thanh toán tiền mặt vẫn được trừ nếu có hóa đơn hợp pháp — nhưng lưu ý quy tắc cộng dồn: mua của cùng một người bán, mỗi lần dưới 05 triệu nhưng nhiều lần trong cùng một ngày có tổng từ 05 triệu trở lên thì chỉ được tính chi phí được trừ khi có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (điểm c1 khoản 1 Điều 9 Nghị định 320/2025/NĐ-CP). Ví dụ thực hành: rà soát các giao dịch với cùng một nhà cung cấp trong ngày — chia nhỏ đơn hàng để mỗi lần dưới 5 triệu không giúp "né" được quy định này. Với công ty FDI, khối lượng giao dịch tiền mặt lớn luôn là dấu hiệu rủi ro trong mắt đoàn thanh tra/kiểm tra.
Mục 6: Chuẩn bị hồ sơ giao dịch liên kết ☐
- Làm gì: Tập hợp đầy đủ hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP: phụ lục kê khai giao dịch liên kết, hồ sơ quốc gia (local file), hồ sơ toàn cầu (master file), báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CbCR) nếu thuộc diện; rà soát chính sách giá nội bộ tập đoàn và biên lợi nhuận thực tế so với các năm trước.
- Tại sao: Đây là nội dung bị soi kỹ nhất với doanh nghiệp FDI. Thiếu hồ sơ, hồ sơ sơ sài hoặc biên lợi nhuận bất thường so với chức năng, rủi ro của công ty là căn cứ để cơ quan thuế ấn định giá, ấn định thuế — và số truy thu trong các vụ chuyển giá thường rất lớn.
- Làm thế nào: Đối chiếu lại phân tích so sánh (benchmarking) có còn phù hợp với năm thanh tra không; chuẩn bị giải trình cho các giao dịch đặc thù (phí dịch vụ tập đoàn, phí bản quyền, vay nội bộ — lưu ý quy định về trần chi phí lãi vay); dịch các tài liệu tiếng nước ngoài sang tiếng Việt. Từ 21/7/2026, Nghị định 291/2026/NĐ-CP bổ sung Điều 19a xử phạt vi phạm về cung cấp thông tin phục vụ trao đổi thông tin thuế quốc tế — tập đoàn có giao dịch xuyên biên giới cần lưu ý khi cơ quan thuế yêu cầu cung cấp thông tin cho mục đích này.
- Lưu ý: ⚠ Nếu hồ sơ chuyển giá chưa đầy đủ, đây là mục ưu tiên số một cần luật sư và chuyên gia thuế vào cuộc — đừng để đoàn phát hiện trước khi mình hoàn thiện.
Mục 7: Kiểm tra nghĩa vụ thuế nhà thầu với thanh toán ra nước ngoài ☐
- Làm gì: Liệt kê toàn bộ các khoản thanh toán ra nước ngoài trong thời kỳ thanh tra: phí dịch vụ, bản quyền, lãi vay, phí quản lý…; kiểm tra từng khoản đã khấu trừ, kê khai và nộp thuế nhà thầu (FCT) đúng chưa, hiệp định tránh đánh thuế hai lần (DTA) đã được áp dụng đúng thủ tục chưa.
- Tại sao: Công ty FDI thường có nhiều giao dịch xuyên biên giới với công ty mẹ, và thuế nhà thầu là điểm truy thu phổ biến: không khấu trừ, khấu trừ thiếu, hoặc áp dụng ưu đãi hiệp định nhưng thiếu hồ sơ chứng nhận cư trú, tờ khai.
- Làm thế nào: Đối chiếu từng hợp đồng với tờ khai thuế nhà thầu; kiểm tra hồ sơ áp dụng DTA (giấy chứng nhận cư trú của đối tác, tờ khai đăng ký áp dụng hiệp định); rà soát các khoản chi hộ, bù trừ công nợ có bản chất là thanh toán cho nước ngoài.
- Lưu ý: Kể cả khi đối tác nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam, nghĩa vụ khấu trừ thuế nhà thầu của bên Việt Nam vẫn phát sinh theo quy định — "đối tác không yêu cầu" không phải lý do miễn trừ.
Mục 8: Rà soát nghĩa vụ thuế TNCN, BHXH với người lao động ☐
- Làm gì: Đối chiếu bảng lương, hợp đồng lao động, quyết toán thuế TNCN và hồ sơ BHXH: thu nhập chịu thuế đã kê khai đủ chưa (kể cả phụ cấp, thưởng, lợi ích bằng hiện vật); người nước ngoài làm việc tại Việt Nam đã xác định đúng tình trạng cư trú và nghĩa vụ thuế; BHXH, BHYT, BHTN đã đóng đúng mức, đúng đối tượng.
- Tại sao: Chi phí lương không có chứng từ thanh toán hoặc không thực chi bị loại khỏi chi phí được trừ (Nghị định 320/2025/NĐ-CP); đồng thời phát sinh truy thu thuế TNCN và xử phạt về BHXH. Với công ty FDI có chuyên gia nước ngoài, đây là khu vực rủi ro cao.
- Làm thế nào: Đối chiếu tổng quỹ lương trên sổ kế toán với tờ khai quyết toán TNCN; kiểm tra work permit, tạm trú của người nước ngoài; rà soát các khoản chi cho người lao động bằng tiền mặt.
- Lưu ý: Các khoản "hỗ trợ" chi ngoài bảng lương cho người nước ngoài (nhà ở, xe, học phí con…) nếu không kê khai đều là thu nhập chịu thuế TNCN — đoàn thanh tra/kiểm tra luôn hỏi đến.
Mục 9: Chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế GTGT (nếu có) ☐
- Làm gì: Nếu trong thời kỳ thanh tra doanh nghiệp có đề nghị hoàn thuế GTGT, chuẩn bị trọn bộ hồ sơ hoàn: tờ khai, bảng kê, chứng từ xuất khẩu (tờ khai hải quan, hợp đồng, chứng từ thanh toán qua ngân hàng), hồ sơ chứng minh đủ điều kiện hoàn.
- Tại sao: Đề nghị hoàn thuế là một trong những "cờ" khiến doanh nghiệp được chọn thanh tra, kiểm tra trước hoàn. Hồ sơ hoàn không vững không chỉ mất khoản hoàn mà còn kéo theo thanh tra toàn diện các sắc thuế khác.
- Làm thế nào: Đối chiếu số thuế đề nghị hoàn với sổ kế toán và tờ khai; đảm bảo thanh toán xuất nhập khẩu qua ngân hàng đầy đủ; chuẩn bị giải trình cho các khoản chênh lệch tỷ giá, hàng bán trả lại.
- Lưu ý: Tham khảo thêm hướng dẫn về hoàn thuế VAT cho doanh nghiệp FDI để chuẩn bị đúng ngay từ khâu lập hồ sơ.
Mục 10: Kiểm kê tài sản, hàng tồn kho và đối chiếu công nợ ☐
- Làm gì: Tổ chức kiểm kê thực tế tài sản cố định, hàng tồn kho tại thời điểm gần nhất trước khi đoàn vào; đối chiếu công nợ phải thu, phải trả với sổ kế toán; rà soát các khoản công nợ khó đòi, hàng tồn kho ứ đọng có trích lập dự phòng đúng quy định không.
- Tại sao: Chênh lệch giữa tồn kho sổ sách và thực tế, tài sản không có thực là dấu hiệu của kê khai doanh thu, chi phí không trung thực. Công nợ "treo" lâu năm không xử lý cũng bị đặt câu hỏi về tính có thật của giao dịch.
- Làm thế nào: Lập biên bản kiểm kê có chữ ký của các bên liên quan; với chênh lệch, chuẩn bị giải trình và bút toán điều chỉnh; đối chiếu công nợ bằng văn bản xác nhận với đối tác lớn.
- Lưu ý: Kiểm kê nên thực hiện trước khi đoàn công bố làm việc để số liệu kiểm kê là "hiện trạng độc lập", không bị coi là đối phó sau khi biết nội dung thanh tra.
Mục 11: Rà soát các khoản chi phí được trừ rủi ro cao ☐
- Làm gì: Lọc ra các nhóm chi phí mà đoàn thanh tra/kiểm tra luôn "chăm sóc đặc biệt": chi phí lãi vay (đối chiếu quy định về quản lý chi phí lãi vay với doanh nghiệp có giao dịch liên kết), chi phí không có hóa đơn hoặc hóa đơn không hợp lệ, chi phí khấu hao tài sản không đúng khung, các khoản dự phòng, chi phí trả trước phân bổ, và chi phí liên quan đến phần thu nhập được hưởng ưu đãi thuế (phải hạch toán riêng theo Điều 18 Luật 67/2025/QH15).
- Tại sao: Mỗi khoản chi bị loại làm tăng thu nhập chịu thuế, kéo theo truy thu thuế TNDN, tiền chậm nộp và phạt — thường chiếm tỷ trọng lớn nhất trong quyết định xử lý sau thanh tra.
- Làm thế nào: Lập danh sách chi phí rủi ro kèm đánh giá mức độ (cao/trung bình/thấp) và phương án bảo vệ cho từng khoản; với khoản chắc chắn bị loại, cân nhắc kê khai điều chỉnh tự nguyện.
- Lưu ý: ⚠ Chi phí lãi vay vượt trần trong giao dịch liên kết và chi phí của hoạt động ưu đãi không hạch toán riêng là hai "ổ" truy thu lớn nhất với FDI — cần chuyên gia thuế đánh giá trước.
Mục 12: Chuẩn bị phương án giải trình, biên bản và bảo lưu ý kiến ☐
- Làm gì: Xây dựng kịch bản giải trình cho từng vấn đề rủi ro đã phát hiện ở các mục trên: lập luận pháp lý, căn cứ điều luật, chứng từ chứng minh. Chuẩn bị quy trình nội bộ về ký biên bản: ai được ký, ký những gì, và mẫu văn bản bảo lưu ý kiến, giải trình bổ sung.
- Tại sao: Theo Điều 37 Luật Quản lý thuế 108/2025, doanh nghiệp có quyền được giải thích về việc tính thuế, ấn định thuế và nội dung xử lý; được bảo lưu ý kiến, giải trình; được khiếu nại, khởi kiện quyết định hành chính về thuế. Ký biên bản không có nghĩa là đồng ý — nhưng không bảo lưu kịp thời thì về sau rất khó tranh cãi. Đồng thời, doanh nghiệp có nghĩa vụ ký biên bản kiểm tra trong thời hạn luật định (điểm p khoản 2 Điều 37): khi không đồng ý nội dung thì ký và ghi rõ bảo lưu ý kiến bằng văn bản, thay vì từ chối ký khi không có lý do chính đáng.
- Làm thế nào: Với mỗi nội dung đoàn yêu cầu giải trình, trả lời bằng văn bản, viện dẫn điều luật cụ thể, đính kèm chứng từ; nội dung chưa thống nhất thì ghi rõ ý kiến bảo lưu ngay trong biên bản hoặc văn bản gửi kèm; lưu toàn bộ văn bản trao đổi theo trình tự thời gian.
- Lưu ý: Tuyệt đối không ký vào biên bản, văn bản thừa nhận hành vi vi phạm khi chưa có ý kiến của luật sư — một chữ ký vội có thể đóng sập cửa khiếu nại về sau.
3. Các lỗi phổ biến khi tự chuẩn bị {#3-loi-pho-bien}
Lỗi 1 — Chuẩn bị khi đoàn đã vào. Thời gian từ quyết định đến buổi làm việc đầu tiên thường chỉ đủ để sắp xếp hồ sơ đã có, không đủ để "vá" những lỗ hổng lớn như hồ sơ chuyển giá hay hạch toán riêng. Doanh nghiệp nên tự rà soát định kỳ hàng năm theo lịch tuân thủ thuế.
Lỗi 2 — Giao toàn bộ cho kế toán, không có pháp chế/luật sư. Kế toán giỏi về số liệu nhưng các vấn đề về thẩm quyền đoàn, hiệu lực quyết định, quyền từ chối, bảo lưu ý kiến là vấn đề pháp lý — cần người hiểu luật thuế và luật thanh tra.
Lỗi 3 — Cung cấp tài liệu ồ ạt, không qua đầu mối. Tài liệu cung cấp không kiểm soát có thể chứa thông tin bất lợi không liên quan đến nội dung thanh tra mà đoàn vẫn có thể sử dụng. Mọi tài liệu ra khỏi công ty đều phải qua đầu mối rà soát.
Lỗi 4 — Không lập danh mục tài liệu đã giao. Khi có tranh chấp về việc "đã cung cấp hay chưa", doanh nghiệp không chứng minh được mình đã hợp tác đầy đủ. Mỗi lần giao tài liệu đều phải có biên bản giao nhận ghi rõ danh mục.
Lỗi 5 — Bỏ qua quyền của mình. Nhiều doanh nghiệp FDI không biết mình có quyền từ chối kiểm tra không có quyết định, quyền bảo lưu ý kiến, quyền khiếu nại — và vì thế chấp nhận mọi kết luận của đoàn ngay cả khi có căn cứ tranh cãi.
4. Sau khi hoàn thành checklist {#4-sau-checklist}
Khi 12 mục đã được đánh dấu ☑, doanh nghiệp ở vị thế tốt nhất có thể: hồ sơ đầy đủ, số liệu đã đối chiếu, phương án giải trình đã sẵn sàng. Bước tiếp theo:
- Tổng duyệt nội bộ một buổi làm việc mô phỏng: đầu mối trình bày, luật sư/kế toán trưởng đóng vai đoàn đặt câu hỏi khó.
- Niêm phong hồ sơ theo danh mục, mỗi tài liệu giao cho đoàn đều có biên bản giao nhận.
- Theo dõi sát diễn biến: sau mỗi buổi làm việc, đầu mối ghi nhận nội dung, yêu cầu bổ sung của đoàn và deadline.
- Nhận dự thảo kết luận thì phản biện ngay: đây là cửa sổ cuối cùng để giải trình trước khi quyết định xử lý được ban hành — đừng để đến khi có quyết định mới đi khiếu nại.
Trong mọi trường hợp, nếu đoàn đưa ra kết luận mà doanh nghiệp thấy chưa đúng, hãy bảo lưu ý kiến bằng văn bản và cân nhắc khiếu nại theo trình tự luật định. Cần hỗ trợ, liên hệ FLAT — hotline 0988424851.
5. Câu hỏi thường gặp {#5-faq}
Thanh tra thuế và kiểm tra thuế khác nhau thế nào?
Đáp ngắn: Thanh tra thuế thực hiện theo pháp luật về thanh tra với quyết định và đoàn thanh tra; kiểm tra thuế thực hiện tại trụ sở người nộp thuế theo quyết định kiểm tra hoặc tại cơ quan thuế theo thông báo giải trình. Căn cứ: Luật Quản lý thuế 108/2025; pháp luật về thanh tra. Bước tiếp theo: đọc kỹ quyết định để xác định mình đang ở thủ tục nào, vì quyền và nghĩa vụ có điểm khác nhau.
Công ty FDI có được từ chối cung cấp tài liệu cho đoàn thanh tra/kiểm tra thuế không?
Đáp ngắn: Có, nhưng căn cứ khác nhau theo từng thủ tục. Với kiểm tra thuế: được từ chối khi không có quyết định kiểm tra của cơ quan có thẩm quyền (kiểm tra tại trụ sở), khi kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế mà không có thông báo yêu cầu giải trình, hoặc khi tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra/thuộc bí mật nhà nước (trừ trường hợp pháp luật có quy định khác) — điểm r khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế 108/2025. Với thanh tra thuế: đối tượng thanh tra có quyền giải trình, khiếu nại, tố cáo, khởi kiện và nghĩa vụ cung cấp thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung thanh tra; yêu cầu của đoàn phải gắn với nội dung thanh tra — Điều 92, 93 và Điều 83 Luật Thanh tra 2022. Bước tiếp theo: đọc kỹ quyết định để xác định mình đang ở thủ tục nào; mọi từ chối đều phải nêu rõ căn cứ pháp lý bằng văn bản; từ chối không có căn cứ có thể bị xử phạt.
Cần chuẩn bị hồ sơ của bao nhiêu năm?
Đáp ngắn: Theo thời kỳ ghi trong quyết định. Về thời hạn lưu trữ: tuân theo quy định kế toán/thuế hiện hành; về nguyên tắc thận trọng, hãng khuyến nghị lưu trữ hồ sơ thuế tối thiểu 10 năm — đây là khuyến nghị của hãng, không phải con số luật định. Thực tế đoàn thường kiểm tra 3–5 năm gần nhất. Bước tiếp theo: kiểm tra lại quy định lưu trữ hiện hành trong hướng dẫn lưu trữ hồ sơ thuế và hoàn thiện các năm còn thiếu.
Doanh nghiệp FDI có giao dịch liên kết cần chuẩn bị gì đặc biệt?
Đáp ngắn: Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết đầy đủ theo Nghị định 132/2020/NĐ-CP (tờ khai, local file, master file, CbCR nếu thuộc diện). Thiếu hồ sơ là căn cứ để ấn định thuế. Bước tiếp theo: rà soát lại benchmarking và chính sách giá nội bộ tập đoàn trước khi đoàn vào.
Ký biên bản thanh tra có nghĩa là đồng ý với kết luận không?
Đáp ngắn: Không — nhưng doanh nghiệp có nghĩa vụ ký biên bản kiểm tra trong thời hạn luật định. Ký biên bản chỉ xác nhận buổi làm việc đã diễn ra, không có nghĩa là đồng ý với kết luận; nội dung chưa thống nhất thì ký và ghi rõ bảo lưu ý kiến bằng văn bản ngay, không từ chối ký khi không có lý do chính đáng. Doanh nghiệp có quyền giải trình, bảo lưu ý kiến và khiếu nại, khởi kiện quyết định xử lý. Căn cứ: điểm g khoản 1 và điểm p khoản 2 Điều 37 Luật Quản lý thuế 108/2025. Bước tiếp theo: chuẩn bị sẵn mẫu văn bản bảo lưu ý kiến trước mỗi buổi làm việc.
Phiên bản ngôn ngữ {#phien-ban-ngon-ngu}
Tài liệu tham khảo {#tai-lieu-tham-khao}
- Luật Quản lý thuế 2025 (108/2025/QH15), hiệu lực 01/7/2026
- Nghị định 125/2020/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 102/2021/NĐ-CP, Nghị định 310/2025/NĐ-CP, Nghị định 291/2026/NĐ-CP) về xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn
- Nghị định 132/2020/NĐ-CP về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết
- Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 (67/2025/QH15), hiệu lực 01/10/2025