Ngày 09/10/2025, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định 2229/QĐ-TTg phê duyệt Chiến lược phát triển dịch vụ logistics Việt Nam thời kỳ 2025-2035, tầm nhìn đến năm 2050 — lần đầu tiên logistics có một chiến lược quốc gia riêng với các mục tiêu định lượng đầy tham vọng. Tuy nhiên, doanh nghiệp FDI cần tỉnh táo: quyết định chiến lược không tự mình trao ưu đãi thuế cho bất kỳ dự án cụ thể nào. Ưu đãi thực tế vẫn chạy qua danh mục ngành nghề và địa bàn của Luật Đầu tư 143/2025/QH15 cùng các mức thuế của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025/QH15. Bài viết phân biệt rõ hai lớp này và chỉ ra doanh nghiệp FDI tận dụng khung ưu đãi logistics, cảng biển bằng cách nào.
Lớp một: chiến lược quốc gia đặt hướng ưu tiên
Chiến lược tại Quyết định 2229/QĐ-TTg đặt các mục tiêu cho giai đoạn 2025-2035: tỷ trọng giá trị tăng thêm dịch vụ logistics trong GDP đạt 5 đến 7%; tốc độ tăng trưởng ngành 12 đến 15% mỗi năm; tỷ lệ thuê ngoài logistics đạt 70 đến 80%; chi phí logistics giảm còn 12 đến 15% GDP; chỉ số LPI của Việt Nam vào nhóm 40 nước đứng đầu; 80% doanh nghiệp logistics ứng dụng giải pháp chuyển đổi số; 70% lao động logistics được đào tạo chuyên môn, trong đó 30% có trình độ đại học trở lên; và xây dựng ít nhất 05 trung tâm dịch vụ logistics hiện đại ngang tầm quốc tế. Tầm nhìn 2050 nâng các mốc này lên cao hơn, gồm chi phí logistics 10 đến 12% GDP và 10 trung tâm tầm quốc tế. Ý nghĩa thực tiễn của chiến lược với nhà đầu tư là tín hiệu chính sách: các dự án trung tâm logistics hiện đại, hạ tầng cảng biển và logistics xanh, số sẽ được ưu tiên trong quy hoạch, trong bố trí đất và trong cải cách thủ tục — đây là lớp lợi thế về cơ hội và tốc độ, chưa phải ưu đãi thuế trực tiếp.
Lớp hai: ưu đãi cụ thể chạy qua luật đầu tư và luật thuế
Ưu đãi tiền tệ cho dự án logistics, cảng biển nằm ở hai kênh quen thuộc. Kênh đầu tư: dự án thuộc danh mục ngành nghề ưu đãi đầu tư hoặc thực hiện tại địa bàn ưu đãi đầu tư theo Luật Đầu tư 143/2025/QH15 được hưởng các hình thức ưu đãi như ưu đãi thuế, miễn giảm tiền thuê đất và hỗ trợ tiếp cận đất đai; phát triển kết cấu hạ tầng gồm hạ tầng cảng biển và trung tâm logistics thuộc nhóm ngành nghề được khuyến khích. Kênh thuế thu nhập doanh nghiệp: Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025/QH15 áp thuế suất ưu đãi và miễn, giảm theo ngành nghề và địa bàn, kèm điều kiện áp dụng tại Điều 18 và quy định chuyển tiếp tại Điều 20. Doanh nghiệp phải hết sức lưu ý cảnh báo đã thành chuẩn của chiến dịch này: Điều 12 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025 đã loại dự án đầu tư tại khu công nghiệp khỏi danh mục địa bàn và ngành nghề hưởng ưu đãi chung, nên riêng việc đặt trung tâm logistics trong khu công nghiệp không còn đương nhiên sinh ưu đãi thuế như nhận thức cũ.
Doanh nghiệp FDI tận dụng thế nào: chọn đúng cửa ưu đãi
Cách tận dụng hiệu quả bắt đầu từ khâu định vị dự án. Thứ nhất, đối chiếu mô hình dự án với danh mục ngành nghề ưu đãi: trung tâm logistics quy mô lớn, hạ tầng cảng cạn, cảng biển và dịch vụ logistics công nghệ cao có vị thế khác hẳn kho bãi thông thường. Thứ hai, cân nhắc địa bàn theo danh mục địa bàn ưu đãi đầu tư thay vì mặc định chọn khu đất rẻ hoặc gần cảng nhất, vì chênh lệch ưu đãi thuế giữa hai địa bàn có thể lớn hơn chênh lệch tiền thuê đất nhiều năm. Thứ ba, chuẩn bị hồ sơ chứng minh dự án đáp ứng tiêu chí ngành nghề ưu đãi ngay trong hồ sơ xin chấp thuận chủ trương đầu tư và giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, để ưu đãi được ghi nhận ngay trong văn bản đầu tư thay vì tranh luận lại ở khâu quyết toán thuế. Thứ tư, với dự án cảng biển và trung tâm logistics tầm quốc tế, theo dõi các chương trình, quy hoạch cụ thể hóa chiến lược tại Quyết định 2229/QĐ-TTg ở cấp bộ và cấp tỉnh, vì cơ chế hỗ trợ hạ tầng đấu nối, giải phóng mặt bằng và thủ tục một cửa thường được quyết định ở tầng này.
Điều kiện duy trì và thủ tục ghi nhận ưu đãi
Ưu đãi không phải quyền vĩnh viễn sau khi được ghi nhận. Doanh nghiệp hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp phải tiếp tục đáp ứng điều kiện áp dụng tại Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025/QH15 trong suốt kỳ hưởng: đúng ngành nghề, đúng địa bàn, hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động được ưu đãi và thực hiện dự án như nội dung đã đăng ký. Về thủ tục, ưu đãi đầu tư được cơ quan đăng ký đầu tư ghi nhận trong quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư hoặc giấy chứng nhận đăng ký đầu tư; phía thuế áp dụng cơ chế doanh nghiệp tự xác định điều kiện và mức ưu đãi khi kê khai, quyết toán, cơ quan thuế kiểm tra sau — nghĩa là quyền hưởng nằm ở doanh nghiệp nhưng rủi ro chứng minh cũng nằm ở doanh nghiệp. Miễn giảm tiền thuê đất đi theo thủ tục riêng của pháp luật đất đai trên cơ sở văn bản đầu tư. Doanh nghiệp thay đổi quy mô, ngành nghề hoặc địa điểm dự án phải đánh giá lại toàn bộ gói ưu đãi, vì thay đổi dự án có thể làm ưu đãi được ghi nhận trước đó không còn khớp với dự án thực tế.
Rủi ro thường gặp khi dựa vào thông tin ưu đãi
Ba rủi ro lặp lại ở dự án logistics FDI. Một là nhầm tín hiệu chiến lược với quyền ưu đãi: bài trình chính sách, bài báo về mục tiêu ngành không phải căn cứ pháp lý để khai hưởng ưu đãi trước cơ quan thuế. Hai là dùng tư vấn dựa trên khung luật cũ — đặc biệt nhận thức tự động có ưu đãi khi vào khu công nghiệp — trong khi Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025 đã thay đổi căn bản điểm này và chỉ còn cửa chuyển tiếp tại Điều 20 cho dự án đã hưởng. Ba là hưởng ưu đãi nhưng không duy trì được chứng cứ điều kiện: không hạch toán riêng thu nhập ưu đãi, triển khai lệch nội dung dự án đã đăng ký, hoặc không lưu trữ bộ hồ sơ ưu đãi theo từng năm. Khi bị kiểm tra, ưu đãi đã hưởng nhiều năm có thể bị truy thu một lần kèm tiền chậm nộp. Cách phòng ngừa rẻ nhất là rà soát gói ưu đãi hằng năm cùng kỳ quyết toán thuế và cập nhật ngay khi có văn bản sửa đổi, thay vì để tới kỳ thanh tra mới đối chiếu.
Câu hỏi thường gặp
Chính sách ưu đãi logistics, cảng biển mới thì doanh nghiệp FDI tận dụng thế nào?
Quyết định 2229/QĐ-TTg ngày 09/10/2025 phê duyệt Chiến lược phát triển dịch vụ logistics 2025-2035 là lớp định hướng: mục tiêu giá trị tăng thêm 5-7% GDP, tăng trưởng ngành 12-15%/năm, chi phí logistics còn 12-15% GDP, LPI vào top 40, ít nhất 05 trung tâm logistics hiện đại tầm quốc tế. Lớp ưu đãi tiền tệ nằm ở Luật Đầu tư 143/2025 qua danh mục ngành nghề và địa bàn ưu đãi, và ở Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025 qua thuế suất ưu đãi, miễn giảm theo ngành nghề, địa bàn. Hai lớp phải đọc cùng nhau: chiến lược mở cơ hội và ưu tiên quy hoạch, thủ tục; còn tiền ưu đãi chỉ đến từ luật.
Ưu đãi gồm những gì?
Ưu đãi gồm: thuế suất thu nhập doanh nghiệp ưu đãi và miễn, giảm có thời hạn theo ngành nghề, địa bàn của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025; miễn, giảm tiền thuê đất cho dự án thuộc diện ưu đãi; và các lợi thế về quy hoạch, tiếp cận đất, thủ tục cho dự án trung tâm logistics, cảng biển theo định hướng chiến lược. Lưu ý cảnh báo quan trọng: Điều 12 của luật thuế đã loại dự án tại khu công nghiệp khỏi danh mục ưu đãi chung, nên đặt kho trong khu công nghiệp không còn đương nhiên có ưu đãi thuế; dự án đã hưởng từ trước đi theo chuyển tiếp Điều 20.
Điều kiện để được hưởng?
Doanh nghiệp phải định vị dự án đúng danh mục ngành nghề ưu đãi đầu tư của Luật Đầu tư 143/2025 hoặc đặt dự án tại địa bàn ưu đãi đầu tư, chứng minh tiêu chí ngay trong hồ sơ xin chấp thuận chủ trương đầu tư và giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, và trong suốt kỳ hưởng phải đáp ứng điều kiện tại Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp: đúng ngành nghề, đúng địa bàn, hạch toán riêng thu nhập được ưu đãi và triển khai đúng nội dung dự án đã đăng ký. Thay đổi quy mô, ngành nghề hay địa điểm đều buộc đánh giá lại toàn bộ gói ưu đãi.
Thủ tục đăng ký hưởng ưu đãi?
Thủ tục ghi nhận bắt đầu ở khâu đầu tư: ưu đãi được cơ quan đăng ký đầu tư ghi trong quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư hoặc giấy chứng nhận đăng ký đầu tư khi dự án thuộc diện ưu đãi. Phía thuế, doanh nghiệp tự xác định điều kiện và mức ưu đãi khi kê khai, quyết toán hằng năm; cơ quan thuế kiểm tra sau và có quyền truy thu nếu không đủ điều kiện. Miễn giảm tiền thuê đất thực hiện theo thủ tục đất đai riêng. Doanh nghiệp nên rà soát gói ưu đãi mỗi kỳ quyết toán để chứng cứ điều kiện luôn sẵn sàng.
Bài viết đã được FLAW AI Legal Council kiểm tra chất lượng