Chênh lệch giữa số liệu trên tờ khai thuế (GTGT, TNDN, TNCN) và báo cáo tài chính là một trong những “cờ đỏ” phổ biến nhất khiến doanh nghiệp nhận được thông báo yêu cầu giải trình từ cơ quan thuế. Trong thời đại đối chiếu dữ liệu điện tử, những chênh lệch này thường bị phát hiện tự động — và cách doanh nghiệp phản ứng quyết định mức độ rủi ro: từ giải trình thành công, đến bị ấn định thuế và xử phạt. Bài viết này nêu 7 lưu ý theo Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 (hiệu lực 01/7/2026, thay thế Luật 38/2019/QH14) và các văn bản hướng dẫn hiện hành.
1. Quyền giải trình là quyền của người nộp thuế — và nằm ở Điều 37, không phải Điều 13
Khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế 108/2025 quy định: người nộp thuế được giải thích về việc tính thuế, ấn định thuế, nội dung xử lý về thuế; được bảo lưu ý kiến, giải trình; được biết thời hạn giải quyết hoàn thuế, số tiền thuế không được hoàn và căn cứ pháp lý.
Đây là bẫy trích dẫn phổ biến nhất của chủ đề này: nhiều bài viết ghi “quyền giải trình tại Điều 13 Luật Quản lý thuế” — hoàn toàn sai. Điều 13 Luật 108/2025/QH15 quy định về khai thuế, tính thuế, khấu trừ thuế của hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh (có hiệu lực từ 01/01/2026), không liên quan đến quyền giải trình. Trích sai điều luật ngay từ căn cứ đầu tiên sẽ làm mất uy tín toàn bộ văn bản giải trình của doanh nghiệp.
2. Hiểu đúng vị trí pháp lý: giải trình trong kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế
Khoản 2 điểm b Điều 22 Luật 108/2025/QH15 quy định: kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan quản lý thuế được thực hiện trên cơ sở hồ sơ thuế và cơ sở dữ liệu quản lý thuế trên Hệ thống thông tin quản lý thuế; cơ quan thuế có quyền yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; ban hành quyết định ấn định thuế, xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế hoặc chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
Nói cách khác: chênh lệch tờ khai vs báo cáo tài chính thường bị phát hiện qua đối chiếu dữ liệu điện tử → cơ quan thuế gửi Thông báo yêu cầu giải trình — đây là bước kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế, chưa phải thanh tra thuế hay kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp. Đừng gộp hai nấc này: hệ quả pháp lý của chúng khác nhau (ấn định thuế, xử phạt). Đi kèm quyền giải trình là nghĩa vụ chấp hành: điểm p khoản 2 Điều 37 yêu cầu người nộp thuế chấp hành thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; cung cấp kịp thời, đầy đủ, chính xác, trung thực; ký biên bản kiểm tra thuế trong thời hạn; chấp hành kết luận, quyết định xử lý kết quả kiểm tra thuế.
3. Không giải trình hoặc giải trình không thuyết phục → nguy cơ bị ấn định thuế
Khoản 2 Điều 24 Luật 108/2025/QH15 liệt kê các trường hợp ấn định thuế, bao gồm: không nộp bổ sung hồ sơ thuế theo yêu cầu; khai thuế không đầy đủ, trung thực, chính xác về căn cứ tính thuế; không phản ánh hoặc phản ánh không đầy đủ số liệu trên sổ kế toán; không xuất trình sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ, tài liệu cần thiết trong thời hạn; không chấp hành quyết định kiểm tra thuế… Chi tiết về ấn định thuế tại Điều 36, 37, 38 Nghị định 252/2026/NĐ-CP (30/6/2026, hiệu lực 01/7/2026 — thay thế Nghị định 126/2020/NĐ-CP, 91/2022, 117/2025).
Thông điệp thực tiễn: im lặng hoặc giải trình qua loa là lựa chọn rủi ro nhất. Một văn bản giải trình có căn cứ, kèm chứng từ đối chiếu chi tiết giữa tờ khai và báo cáo tài chính, là cách duy nhất để ngăn cơ quan thuế chuyển sang ấn định thuế.
4. Phát hiện chênh lệch sớm: khai bổ sung + tự giác nộp đủ TRƯỚC khi bị kiểm tra là “lá chắn” miễn phạt
Khoản 3 Điều 9 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (còn hiệu lực; sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP) quy định: không xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với trường hợp khai sai mà người nộp thuế đã khai bổ sung hồ sơ khai thuế và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế phải nộp trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra tại trụ sở người nộp thuế, hoặc trước thời điểm cơ quan thuế phát hiện (không qua thanh tra, kiểm tra), hoặc trước khi cơ quan có thẩm quyền khác phát hiện.
Đây là “lá chắn” miễn phạt có điều kiện — điều kiện then chốt là “trước khi bị công bố kiểm tra/thanh tra hoặc bị phát hiện”. Tuyệt đối không viết tuyệt đối “khai bổ sung là không bị phạt” mà bỏ qua điều kiện này. Vì vậy, khi tự phát hiện chênh lệch, doanh nghiệp nên chủ động khai bổ sung và nộp đủ ngay — càng sớm, rủi ro càng thấp.
Một giới hạn quan trọng: khoản 8 Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định hồ sơ khai thuế đã quá 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế thì người nộp thuế không được khai bổ sung nữa, nhưng được bổ sung hồ sơ giải trình với cơ quan thuế; cơ quan thuế rà soát và ban hành thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận hồ sơ giải trình, quyết định xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế (nếu có).
5. Mức phạt khai sai và thời hiệu xử phạt
Điều 12 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (mức phạt đối với tổ chức) quy định: 500.000–1.500.000 đồng (khai sai nhưng không liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế); 1.500.000–2.500.000 đồng (khai sai chỉ tiêu trên tờ khai, phụ lục nhưng không liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế); 5.000.000–8.000.000 đồng (khai sai chỉ tiêu liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế). Mức phạt đối với cá nhân bằng 1/2 mức phạt tổ chức.
Về thời hiệu (Điều 8 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, sửa đổi bởi điểm b khoản 6 Điều 1 Nghị định 310/2025/NĐ-CP): vi phạm thủ tục thuế — 02 năm; hành vi khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được miễn, giảm, hoàn — 05 năm.
6. Quản lý tuân thủ theo mức độ rủi ro: giải trình kém ảnh hưởng “hồ sơ” doanh nghiệp
Điều 28 Nghị định 252/2026/NĐ-CP thiết lập cơ chế phân nhóm người nộp thuế theo mức độ tuân thủ pháp luật về thuế và mức độ rủi ro về thuế. Người nộp thuế có mức độ tuân thủ thấp hoặc rủi ro cao bị cảnh báo, giám sát, theo dõi; trường hợp tuân thủ thấp kèm rủi ro cao thuộc đối tượng áp dụng biện pháp quản lý tăng cường (kiểm tra, giám sát, cưỡng chế).
Đáng chú ý, cơ chế này có quy định về công khai thông tin người nộp thuế không thực hiện yêu cầu giải trình về rủi ro hóa đơn theo cảnh báo từ hệ thống hóa đơn điện tử. Nói cách khác, việc phớt lờ thông báo yêu cầu giải trình không chỉ dẫn đến ấn định thuế trong vụ việc hiện tại, mà còn làm xấu “hồ sơ tuân thủ” của doanh nghiệp trong các kỳ sau.
7. Những giới hạn doanh nghiệp cần nhớ
- Giải trình không thay thế nghĩa vụ kê khai đúng, nộp thuế đúng hạn. Nếu không đồng ý với số thuế bị ấn định, doanh nghiệp vẫn phải nộp đồng thời có quyền khiếu nại, khởi kiện (điểm o khoản 2 Điều 37);
- “10 ngày làm việc” tại Điều 49 Thông tư 89/2026/TT-BTC chỉ áp dụng trong quy trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế (cơ quan thuế lập thông báo giải trình trong 03 ngày làm việc; người nộp thuế gửi văn bản giải trình trong 10 ngày làm việc) — không được suy diễn thành thời hạn giải trình chung cho mọi trường hợp kiểm tra thuế. Thời hạn giải trình cụ thể theo từng thông báo yêu cầu giải trình của cơ quan thuế trong vụ việc;
- Pháp luật không ban hành “mẫu văn bản giải trình chênh lệch tờ khai vs BCTC” riêng — giải trình thực hiện theo Thông báo yêu cầu giải trình của cơ quan thuế (theo mẫu của Bộ Tài chính);
- Thông tư 90/2026/TT-BTC chỉ điều chỉnh đăng ký thuế (số định danh cá nhân làm mã số thuế; thương mại điện tử, kinh tế số) — không dùng làm căn cứ cho quy trình giải trình;
- Các văn bản cũ — Luật Quản lý thuế 38/2019, Nghị định 126/2020/NĐ-CP, Nghị định 91/2022/NĐ-CP, Thông tư 86/2024/TT-BTC — đã hết hiệu lực từ 30/6/2026; tuyệt đối không trích như văn bản hiện hành.
Bài viết liên quan
Câu hỏi thường gặp
Quyền giải trình của người nộp thuế quy định ở đâu?
Khoản 1 Điều 37 Luật Quản lý thuế 108/2025 — không phải Điều 13 (Điều 13 quy định về khai thuế, tính thuế, khấu trừ thuế của hộ, cá nhân kinh doanh).
Nhận thông báo yêu cầu giải trình có phải là bị thanh tra thuế không?
Chưa phải. Đây là bước kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan quản lý thuế (Điều 22 Luật 108/2025/QH15) — cơ quan thuế đối chiếu dữ liệu và yêu cầu giải trình, bổ sung tài liệu trước khi quyết định các bước tiếp theo.
Tự phát hiện khai sai thì có bị phạt không?
Không bị xử phạt nếu đã khai bổ sung và tự giác nộp đủ số thuế phải nộp trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra/thanh tra hoặc trước khi bị phát hiện (khoản 3 Điều 9 Nghị định 125/2020/NĐ-CP).
Căn cứ pháp lý: Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 (Điều 22, 24, 37); Nghị định 252/2026/NĐ-CP (Điều 12, 28, 36, 37, 38); Nghị định 125/2020/NĐ-CP (Điều 8, 9, 12; sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP); Thông tư 89/2026/TT-BTC (văn bản hướng dẫn chung Luật QLT).
Doanh nghiệp của bạn nhận được thông báo yêu cầu giải trình chênh lệch tờ khai thuế? Liên hệ qua trang Liên hệ của FLAT Law Firm để được hỗ trợ chuẩn bị hồ sơ giải trình, khai bổ sung và xử lý rủi ro ấn định thuế.
Thông tin tham khảo, không phải tư vấn pháp lý.
Nội dung pháp lý của bài viết do AI Legal Council của FLAT soát xét và trình chủ sở hữu phê duyệt; đây không phải ý kiến của luật sư người thật và không thay thế tư vấn pháp lý cho từng trường hợp cụ thể.
