Một công ty dịch vụ kỹ thuật mỏ của Indonesia vừa thắng thầu cung cấp dịch vụ cho một dự án tại Quảng Ninh. Bên Việt Nam chuẩn bị khấu trừ thuế nhà thầu 10% trên tổng giá trị hợp đồng, nhưng giám đốc tài chính phía Indonesia phản đối: “Chúng tôi là đối tượng của Hiệp định tránh đánh thuế hai lần Indonesia – Việt Nam, phải được miễn/giảm chứ?” Câu trả lời là: ưu đãi hiệp định không tự động áp dụng — doanh nghiệp phải chứng minh mình thuộc đối tượng được hưởng ưu đãi và nộp hồ sơ đề nghị áp dụng Hiệp định theo đúng khung quy định hiện hành thì cơ quan thuế Việt Nam mới chấp nhận.
Hiệp định có tồn tại không: bước xác minh đầu tiên
Trước mọi hồ sơ, phải xác nhận hiệp định còn hiệu lực. Hiệp định giữa Indonesia và Việt Nam về tránh đánh thuế hai lần có hiệu lực tại Việt Nam từ ngày 10/2/1999 (theo danh mục đính kèm Thông tư 133/2004/TT-BTC) và vẫn còn hiệu lực đến nay, chưa bị chấm dứt. Phía Indonesia, Tổng cục Thuế (DJP) công bố danh sách 71 hiệp định thuế đang có hiệu lực, trong đó có Việt Nam. Chỉ khi cả hai điều kiện này thỏa mãn, doanh nghiệp mới có cơ sở pháp lý để đề nghị miễn/giảm.
Thủ tục phía Việt Nam theo khung mới từ 1/7/2026
Kể từ ngày 1/7/2026, hướng dẫn về hiệp định thuế được hợp nhất trong Thông tư 95/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính — văn bản thay thế Thông tư 205/2013/TT-BTC (cùng Thông tư 45/2021/TT-BTC về APA), xây dựng trên nền Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, bao quát cả ba mảng: áp dụng hiệp định, thủ tục thỏa thuận song phương (MAP) và thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA). Khung mới không còn chặng “thông báo thuộc diện điều chỉnh của Hiệp định” theo mẫu 01/NTĐNN của Thông tư 205/2013; thay vào đó, doanh nghiệp thực hiện hai bước sau:
Bước 1 — Tự xác định đối tượng áp dụng và quyền hưởng lợi hiệp định. Thông tư 95/2026 quy định rõ đối tượng áp dụng hiệp định thuế (Điều 8), đồng thời xác lập nguyên tắc hưởng lợi: cơ quan thuế có quyền từ chối áp dụng hiệp định nếu người nhận thu nhập không phải là người hưởng lợi thực sự, hoặc giao dịch được sắp xếp chủ yếu nhằm hưởng ưu đãi hiệp định (Điều 10). Vì vậy, ngay từ đầu công ty Indonesia phải chuẩn bị sẵn tài liệu chứng minh thực chất hoạt động và tư cách người hưởng lợi thực sự của mình — đây là điểm khác biệt cốt lõi so với tờ thông báo mang tính hình thức trước đây, và là điểm hồ sơ thường bị soi kỹ nhất.
Bước 2 — Nộp hồ sơ đề nghị áp dụng hiệp định khi thu nhập phát sinh. Hồ sơ gồm: đơn đề nghị áp dụng hiệp định (đề nghị miễn/giảm thuế); giấy chứng nhận cư trú do cơ quan thuế Indonesia cấp, xác nhận công ty là đối tượng cư trú thuế của Indonesia trong năm tính thuế phát sinh thu nhập; bản sao hợp đồng cung cấp dịch vụ; chứng từ thanh toán và các tài liệu chứng minh bản chất giao dịch cùng tư cách người hưởng lợi thực sự. Trình tự, mẫu biểu và phương thức nộp hồ sơ thực hiện theo pháp luật quản lý thuế hiện hành — Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 và Thông tư 89/2026/TT-BTC (theo khoản 3 Điều 84 Thông tư 95/2026). Cơ quan tiếp nhận là cơ quan thuế trực tiếp quản lý bên chi trả thu nhập tại Việt Nam (thường là cơ quan thuế nơi bên Việt Nam kê khai). Nếu bị từ chối áp dụng hoặc vẫn bị đánh thuế hai lần, doanh nghiệp còn kênh thủ tục thỏa thuận song phương (MAP) mà Thông tư 95/2026 vừa hợp nhất hướng dẫn.
Chiều ngược lại: thu nhập phát sinh tại Indonesia
Nếu dòng tiền đi ngược lại — ví dụ công ty Việt Nam nhận cổ tức từ công ty con tại Indonesia — phía Indonesia áp dụng thủ tục riêng. Tổng cục Thuế Indonesia (DJP) yêu cầu người hưởng thu nhập xuất trình giấy chứng nhận cư trú thuế theo mẫu Form DGT do cơ quan thuế Việt Nam xác nhận, thì bên chi trả tại Indonesia mới được khấu trừ ở mức thuế suất ưu đãi theo hiệp định. Doanh nghiệp Việt Nam cần chủ động xin giấy này trước kỳ chi trả, vì DJP không chấp nhận chứng nhận cư trú theo mẫu tự chế.
Bốn lỗi khiến hồ sơ bị trả về
- Vẫn làm theo quy trình cũ của Thông tư 205/2013 (thông báo mẫu 01/NTĐNN) — văn bản đã bị thay thế bởi Thông tư 95/2026 từ 1/7/2026.
- Giấy chứng nhận cư trú không đúng năm tính thuế phát sinh thu nhập, hoặc không do cơ quan thuế Indonesia cấp.
- Hợp đồng và chứng từ thanh toán không khớp về số tiền, thời gian, bên thụ hưởng.
- Nộp hồ sơ không đúng cơ quan thuế quản lý bên chi trả, dẫn đến chuyển lòng vòng và quá hạn.
Câu hỏi thường gặp
Hỏi: Công ty Indonesia có tự động được miễn thuế nhà thầu tại Việt Nam nhờ hiệp định không?
Đáp: Không. Từ 1/7/2026, doanh nghiệp phải xác định đối tượng áp dụng và quyền hưởng lợi theo Thông tư 95/2026/TT-BTC, rồi nộp hồ sơ đề nghị áp dụng hiệp định theo trình tự quản lý thuế hiện hành (Luật Quản lý thuế 108/2025 và Thông tư 89/2026/TT-BTC); cơ quan thuế chấp thuận thì mới được áp dụng.
Hỏi: Giấy chứng nhận cư trú do ai cấp?
Đáp: Do cơ quan thuế của nước cư trú cấp — công ty Indonesia xin tại Tổng cục Thuế Indonesia (DJP); công ty Việt Nam hưởng thu nhập từ Indonesia xin tại cơ quan thuế Việt Nam để làm Form DGT.
Hỏi: Nộp hồ sơ xin miễn/giảm ở đâu?
Đáp: Tại cơ quan thuế trực tiếp quản lý bên chi trả thu nhập tại Việt Nam, tức cơ quan thuế nơi doanh nghiệp Việt Nam kê khai và nộp thuế.
Hỏi: Hiệp định Indonesia – Việt Nam còn hiệu lực không?
Đáp: Còn. Hiệp định có hiệu lực tại Việt Nam từ 10/2/1999 và chưa bị chấm dứt; Indonesia cũng liệt kê Việt Nam trong 71 hiệp định thuế đang hiệu lực của DJP.
FLAT Law Firm hỗ trợ doanh nghiệp Indonesia và Việt Nam thực hiện thủ tục hiệp định thuế hai chiều: xác định quyền hưởng lợi hiệp định, chuẩn bị hồ sơ xin miễn/giảm theo Thông tư 95/2026, xin giấy chứng nhận cư trú và làm việc với cơ quan thuế. Liên hệ chúng tôi trước kỳ chi trả để không lỡ thời hạn.
Bài viết đã được FLAW AI Legal Council kiểm tra chất lượng