Cẩm nang thuế cho doanh nghiệp gia công xuất khẩu (toll manufacturing)

Cẩm nang thuế cho doanh nghiệp gia công xuất khẩu: từ miễn thuế nhập khẩu đến hoàn thuế GTGT

Gia công xuất khẩu (toll manufacturing) là một trong những mô hình phổ biến nhất của doanh nghiệp FDI tại Việt Nam: bên nước ngoài cung cấp nguyên liệu, doanh nghiệp Việt Nam bỏ nhà xưởng, máy móc và nhân công để gia công, sau đó xuất khẩu thành phẩm và nhận thù lao gia công. Về thuế, mô hình này được hưởng một "combo" ưu đãi đáng kể — miễn thuế nhập khẩu nguyên liệu, thuế GTGT 0% cho hàng xuất khẩu và doanh thu gia công, hoàn thuế GTGT đầu vào — nhưng mỗi ưu đãi đều gắn với điều kiện chặt chẽ. Chỉ cần trượt một điều kiện, ví dụ không có cơ sở gia công của chính mình mà thuê gia công lại toàn bộ, doanh nghiệp có thể mất trắng quyền miễn thuế nhập khẩu.

Cẩm nang này hệ thống toàn bộ nghĩa vụ và ưu đãi thuế của doanh nghiệp gia công xuất khẩu theo pháp luật hiện hành tại thời điểm tháng 9/2026, đồng thời phân biệt rõ ba mô hình hay bị nhầm lẫn: gia công (toll manufacturing), sản xuất xuất khẩu (SXXK) và doanh nghiệp chế xuất (EPE).

1. Toll manufacturing là gì — và vì sao thuế của nó đặc biệt

Theo Điều 178 đến Điều 183 Luật Thương mại 36/2005/QH11, gia công trong thương mại là việc bên nhận gia công sử dụng một phần hoặc toàn bộ nguyên liệu, vật tư của bên đặt gia công để thực hiện công việc theo yêu cầu và nhận thù lao. Khi bên đặt gia công là thương nhân nước ngoài, hợp đồng gia công phải được lập thành văn bản và tối thiểu bao gồm các nội dung quy định tại Điều 39 Nghị định 69/2018/NĐ-CP: tên, địa chỉ các bên; tên và số lượng sản phẩm gia công; giá gia công; thời hạn và phương thức thanh toán; danh mục, số lượng, trị giá nguyên liệu nhập khẩu và trong nước; định mức sử dụng nguyên liệu, định mức hao hụt.

Điểm cốt lõi của toll manufacturing thuần túy: quyền sở hữu nguyên liệu và thành phẩm thuộc về bên nước ngoài đặt gia công trong suốt quá trình. Doanh nghiệp Việt Nam không mua nguyên liệu, không bán thành phẩm — doanh thu của doanh nghiệp là thù lao (phí) gia công. Chính đặc điểm này tạo ra cách xử lý thuế khác biệt so với doanh nghiệp tự mua nguyên liệu, tự sản xuất rồi tự xuất khẩu:

• Nguyên liệu nhập khẩu để gia công được miễn thuế nhập khẩu (Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP).
• Sản phẩm gia công xuất khẩu và doanh thu gia công áp dụng thuế GTGT 0% khi đáp ứng điều kiện (Điều 9 Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15).
• Doanh nghiệp được hoàn thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên (Điều 29 Nghị định 181/2025/NĐ-CP).
• Thù lao gia công là thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp 20% (Điều 10 Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15).
• Giá gia công giữa các bên liên kết thuộc phạm vi điều chỉnh của quy định chuyển giá (Nghị định 255/2026/NĐ-CP).

2. Phân biệt ba mô hình: gia công, sản xuất xuất khẩu (SXXK) và doanh nghiệp chế xuất (EPE)

Đây là phần nhiều doanh nghiệp nhầm lẫn nhất, và cũng là điểm phân biệt của bài viết này với bài viết về thuế xuất nhập khẩu cho doanh nghiệp chế xuất (EPE).

Gia công xuất khẩu (toll manufacturing) là một mô hình kinh doanh: bất kỳ doanh nghiệp nào trên lãnh thổ Việt Nam cũng có thể ký hợp đồng gia công với thương nhân nước ngoài. Ưu đãi thuế gắn với hoạt động gia công — miễn thuế nhập khẩu nguyên liệu theo Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, với điều kiện doanh nghiệp có quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng cơ sở gia công và máy móc, thiết bị tại cơ sở gia công trên lãnh thổ Việt Nam.

Sản xuất xuất khẩu (SXXK) cũng là mô hình kinh doanh, nhưng khác ở chỗ doanh nghiệp tự mua nguyên liệu (tự chịu rủi ro về giá và tồn kho), tự sản xuất, tự đứng tên xuất khẩu và bán thành phẩm. Nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu được miễn thuế nhập khẩu theo Điều 12 Nghị định 134/2016/NĐ-CP — một điều khoản khác với Điều 10 áp dụng cho gia công. Về GTGT và TNDN, SXXK xử lý tương tự hàng xuất khẩu thông thường.

Doanh nghiệp chế xuất (EPE) là một tư cách pháp lý gắn với địa điểm và dự án đầu tư, không phải mô hình kinh doanh. Theo khoản 21 Điều 2 Nghị định 35/2022/NĐ-CP, doanh nghiệp chế xuất là doanh nghiệp thực hiện hoạt động chế xuất trong khu chế xuất, khu công nghiệp và khu kinh tế. Điểm đặc biệt: EPE được coi là khu phi thuế quan — quan hệ mua bán giữa EPE với nội địa được coi là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu. EPE được hưởng chính sách thuế đối với khu phi thuế quan kể từ thời điểm mục tiêu đầu tư thành lập EPE được ghi tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, nhưng sau khi hoàn thành xây dựng phải được cơ quan hải quan xác nhận đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan trước khi chính thức hoạt động (khoản 3 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP).

Bảng so sánh nhanh:

Hệ quả thực tiễn của sự phân biệt này: một doanh nghiệp gia công không bắt buộc phải là EPE mới được hưởng miễn thuế nhập khẩu nguyên liệu — Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP áp dụng cho mọi doanh nghiệp đáp ứng điều kiện. Ngược lại, đăng ký làm EPE mang lại "vùng thuế quan riêng" nhưng đi kèm gánh nặng tuân thủ: hoạt động trong khu vực được ngăn cách, chịu sự kiểm tra, giám sát hải quan thường xuyên, và mọi giao dịch với nội địa đều là thủ tục xuất nhập khẩu. Doanh nghiệp nên cân nhắc dựa trên tỷ trọng bán nội địa, vị trí nhà xưởng và năng lực tuân thủ — chi tiết về chế độ EPE được trình bày riêng trong bài viết về thuế xuất nhập khẩu cho doanh nghiệp chế xuất.

3. Thuế nhập khẩu: miễn thuế nguyên liệu nhập khẩu để gia công

3.1. Phạm vi hàng hóa được miễn thuế

Căn cứ khoản 6 Điều 16 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 107/2016/QH13 và Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP (được sửa đổi bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP), hàng hóa nhập khẩu để gia công và sản phẩm gia công xuất khẩu theo hợp đồng gia công được miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, bao gồm:

• Nguyên liệu, bán thành phẩm, vật tư (kể cả vật tư làm bao bì hoặc bao bì để đóng gói sản phẩm xuất khẩu), linh kiện nhập khẩu trực tiếp cấu thành sản phẩm xuất khẩu hoặc tham gia trực tiếp vào quá trình gia công — bao gồm cả trường hợp bên nhận gia công tự nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, linh kiện để thực hiện hợp đồng gia công;
• Hàng hóa nhập khẩu chỉ dùng làm hàng mẫu, không dùng để mua bán, trao đổi hoặc tiêu dùng;
• Máy móc, thiết bị nhập khẩu được thỏa thuận trong hợp đồng gia công để thực hiện gia công;
• Sản phẩm hoàn chỉnh nhập khẩu để gắn vào sản phẩm gia công hoặc đóng chung thành mặt hàng đồng bộ rồi xuất khẩu, được thể hiện trong hợp đồng gia công hoặc phụ lục hợp đồng;
• Linh kiện, phụ tùng nhập khẩu để bảo hành cho sản phẩm gia công xuất khẩu;
• Sản phẩm gia công xuất khẩu ra nước ngoài, xuất khẩu vào khu phi thuế quan, hoặc xuất khẩu tại chỗ cho tổ chức, cá nhân tại Việt Nam theo chỉ định của bên đặt gia công;
• Phế liệu, phế phẩm tạo thành trong quá trình gia công khi xuất khẩu trả cho bên nước ngoài đặt gia công được miễn thuế xuất khẩu; hàng hóa nhập khẩu để gia công được phép tiêu hủy và thực tế đã tiêu hủy theo quy định của pháp luật hải quan được miễn thuế nhập khẩu.

3.2. Điều kiện bắt buộc: phải có cơ sở gia công của chính mình

Đây là điều kiện nhiều doanh nghiệp vấp phải nhất. Theo khoản 2 Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP), để được miễn thuế, người nộp thuế phải có quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng cơ sở gia công hàng hóa xuất khẩu và máy móc, thiết bị tại cơ sở gia công trên lãnh thổ Việt Nam.

Tổng cục Hải quan đã làm rõ quan điểm này tại Công văn 1606/TCHQ-TXNK ngày 06/5/2022: trường hợp công ty ký hợp đồng gia công với thương nhân nước ngoài nhưng thuê gia công lại toàn bộ, bản thân công ty không có quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng cơ sở sản xuất, gia công — thì không đáp ứng điều kiện và hàng hóa nhập khẩu để gia công không được miễn thuế. Nói cách khác, mô hình "công ty thương mại đứng tên hợp đồng gia công rồi giao toàn bộ cho xưởng khác làm" không được hưởng miễn thuế nhập khẩu nguyên liệu.

Doanh nghiệp nên làm gì: trước khi ký hợp đồng gia công đầu tiên, rà soát lại quyền sử dụng nhà xưởng (sở hữu, thuê dài hạn có giấy tờ đầy đủ) và danh mục máy móc, thiết bị phục vụ gia công; thông báo cơ sở gia công với Chi cục Hải quan quản lý theo Điều 56 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC).

3.3. Khi nào quyền miễn thuế bị mất

Miễn thuế nhập khẩu nguyên liệu gia công là miễn thuế có điều kiện thanh khoản: nguyên liệu phải thực sự được đưa vào sản phẩm đã xuất khẩu. Các trường hợp sau đây dẫn đến phải nộp thuế:

• Sản phẩm không được xuất khẩu, hoặc nguyên liệu nhập khẩu dư thừa không xuất khẩu: người nộp thuế phải đăng ký tờ khai hải quan mới, kê khai nộp thuế theo mức thuế suất và trị giá tính thuế của hàng hóa nhập khẩu tại thời điểm đăng ký tờ khai mới. Cục Hải quan đã hướng dẫn chi tiết cơ chế này tại Công văn 13251/CHQ-NVTHQ năm 2026 về chính sách thuế đối với trường hợp gia công lại hàng hóa nhập khẩu.
• Bán nguyên liệu miễn thuế vào nội địa, hoặc sử dụng sai mục đích: ngoài việc bị truy thu thuế còn có thể bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hải quan.
• Đối với xuất khẩu tại chỗ: hàng hóa nhập khẩu để gia công sản phẩm xuất khẩu tại chỗ được miễn thuế nhập khẩu nếu người xuất khẩu tại chỗ thông báo cho cơ quan hải quan thông tin về tờ khai hải quan của sản phẩm nhập khẩu tại chỗ tương ứng đã hoàn thành thủ tục nhập khẩu trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày thông quan sản phẩm xuất khẩu tại chỗ. Quá thời hạn mà không thông báo, doanh nghiệp phải đăng ký tờ khai mới và nộp thuế (được xử lý tiền thuế nộp thừa sau khi đã nộp thuế và thực hiện thông báo theo quy định của pháp luật quản lý thuế).

Doanh nghiệp nên làm gì: xây dựng định mức nguyên liệu chính xác ngay từ đầu (định mức là nội dung bắt buộc của hợp đồng gia công theo Điều 39 Nghị định 69/2018/NĐ-CP), theo dõi tồn kho nguyên liệu miễn thuế riêng biệt với nguyên liệu thông thường, và thực hiện báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu theo Điều 60 Thông tư 38/2015/TT-BTC.

4. Thuế GTGT: thuế suất 0% và hoàn thuế đầu vào

4.1. Sản phẩm gia công xuất khẩu và doanh thu gia công áp dụng thuế suất 0%

Luật Thuế giá trị gia tăng 48/2024/QH15 có hiệu lực từ ngày 01/7/2025 (thay thế Luật 13/2008/QH12). Theo Điều 9 của Luật này, mức thuế suất 0% áp dụng đối với:

• Hàng hóa xuất khẩu, bao gồm hàng hóa từ Việt Nam bán cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và được tiêu dùng ở ngoài Việt Nam;
• Dịch vụ xuất khẩu, bao gồm dịch vụ cung cấp trực tiếp cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và được tiêu dùng ở ngoài Việt Nam;
• Hàng hóa từ nội địa Việt Nam bán cho tổ chức trong khu phi thuế quan và được tiêu dùng trong khu phi thuế quan phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất xuất khẩu;
• Hàng hóa gia công chuyển tiếp để xuất khẩu theo quy định của pháp luật.

Đối với doanh nghiệp gia công xuất khẩu, điều này có nghĩa: sản phẩm gia công xuất khẩu ra nước ngoài (hoặc xuất khẩu tại chỗ theo chỉ định của bên đặt gia công, hoặc xuất vào khu phi thuế quan) được áp thuế suất 0%; doanh thu gia công (thù lao gia công) thu từ bên nước ngoài cũng được áp thuế suất 0% khi đáp ứng điều kiện của dịch vụ xuất khẩu — tức có hợp đồng cung ứng dịch vụ ký với bên nước ngoài và chứng từ thanh toán qua ngân hàng; riêng khoản thù lao này không đặt thêm điều kiện tờ khai hải quan — thực tiễn kế toán lập hóa đơn GTGT ghi rõ giá gia công, số lượng hàng gia công trả cho phía nước ngoài, với thuế suất 0%.

Lưu ý các trường hợp không được áp dụng thuế suất 0% (điểm d khoản 1 Điều 9 Luật 48/2024/QH15): chuyển giao công nghệ, chuyển nhượng quyền sở hữu trí tuệ ra nước ngoài; dịch vụ tái bảo hiểm ra nước ngoài; dịch vụ cấp tín dụng; chuyển nhượng vốn; sản phẩm phái sinh; dịch vụ bưu chính, viễn thông và một số trường hợp đặc thù khác. Doanh nghiệp gia công có hoạt động phụ như chuyển giao công nghệ cho bên nước ngoài cần tách bạch để áp đúng thuế suất.

4.2. Điều kiện áp thuế suất 0% — tách theo nhóm hàng hóa và dịch vụ

Điểm dễ nhầm nhất ở mục này: tờ khai hải quan chỉ là điều kiện áp dụng đối với hàng hóa xuất khẩu, không phải điều kiện chung cho dịch vụ xuất khẩu. Hai nhóm áp dụng bộ điều kiện riêng:

A. Hàng hóa xuất khẩu (bao gồm sản phẩm gia công xuất khẩu ra nước ngoài, xuất khẩu tại chỗ, xuất vào khu phi thuế quan) — phải đáp ứng đồng thời 3 điều kiện:

1. Có hợp đồng xuất khẩu, gia công, ủy thác xuất khẩu;
2. Có chứng từ thanh toán tiền qua ngân hàng cho hàng hóa xuất khẩu;
3. Có tờ khai hải quan theo quy định của pháp luật.

B. Dịch vụ xuất khẩu (bao gồm thù lao gia công thu từ bên nước ngoài) — chỉ cần đáp ứng đồng thời 2 điều kiện:

1. Có hợp đồng cung ứng dịch vụ ký với tổ chức, cá nhân ở nước ngoài;
2. Có chứng từ thanh toán tiền qua ngân hàng cho dịch vụ xuất khẩu — không yêu cầu tờ khai hải quan.

(Căn cứ: Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng 48/2024/QH15; hồ sơ, thủ tục cụ thể được hướng dẫn tại Điều 18 Nghị định 181/2025/NĐ-CP và Thông tư 69/2025/TT-BTC.)

Doanh nghiệp nên làm gì: chuẩn hóa bộ chứng từ ngay từ lô hàng hoặc đợt dịch vụ đầu tiên — hợp đồng gia công (bản tiếng Việt hoặc song ngữ lưu hồ sơ), điện chuyển tiền qua ngân hàng khớp với hóa đơn, và tờ khai hải quan xuất khẩu đối với hàng hóa — vì thiếu bất kỳ mắt xích nào trong nhóm điều kiện tương ứng cũng có thể khiến cơ quan thuế bác thuế suất 0% khi thanh tra.

Trường hợp mô hình lai — doanh nghiệp vừa gia công hàng hóa xuất khẩu vừa cung ứng dịch vụ cho bên nước ngoài — cần rà soát hồ sơ theo từng dòng doanh thu: doanh thu hàng hóa theo nhóm A, doanh thu dịch vụ theo nhóm B. Với trường hợp biên (ví dụ phí dịch vụ lồng trong đơn giá gia công, hoặc dịch vụ phát sinh kèm việc giao hàng ở nước ngoài), cách phân bổ và chứng minh nên được tư vấn cụ thể cho từng mô hình trước khi áp thuế suất — liên hệ FLAT qua hotline 0988424851 để rà soát hợp đồng và hồ sơ chứng từ trước khi ký.

4.3. Xuất khẩu tại chỗ theo chỉ định của bên đặt gia công

Thực tiễn gia công có nhiều trường hợp bên nước ngoài đặt gia công chỉ định giao thành phẩm cho một doanh nghiệp khác tại Việt Nam (ví dụ công đoạn tiếp theo của chuỗi cung ứng). Đây là xuất khẩu tại chỗ: doanh nghiệp gia công làm thủ tục xuất khẩu tại chỗ, bên nhận hàng tại Việt Nam làm thủ tục nhập khẩu tại chỗ. Sản phẩm gia công xuất khẩu tại chỗ vẫn được hưởng thuế suất GTGT 0% và miễn thuế xuất khẩu nếu đáp ứng điều kiện, nhưng doanh nghiệp phải đặc biệt lưu ý thời hạn 15 ngày thông báo tờ khai nhập khẩu tại chỗ tương ứng cho cơ quan hải quan như đã nêu tại mục 3.3 — đây là điểm trượt phổ biến khiến doanh nghiệp bị truy thu thuế nhập khẩu nguyên liệu.

4.4. Hoàn thuế GTGT đầu vào

Doanh nghiệp gia công xuất khẩu thường phát sinh số thuế GTGT đầu vào lớn (mua máy móc, thiết bị, dịch vụ, nguyên liệu phụ trong nước) trong khi đầu ra áp thuế suất 0% nên không có thuế đầu ra để khấu trừ. Cơ chế hoàn thuế được quy định tại Điều 29 Nghị định 181/2025/NĐ-CP:

• Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, nếu số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo tháng, quý;
• Trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác — nhưng không bao gồm nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng xuất khẩu, nên doanh nghiệp gia công không bị loại trừ;
• Đối với gia công chuyển tiếp, đối tượng được hoàn thuế là cơ sở kinh doanh ký hợp đồng gia công xuất khẩu với bên nước ngoài.

Cục Thuế đã hướng dẫn cụ thể về hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu hàng hóa tại Công văn 2268/CT-CS năm 2026 (ban hành ngày 10/4/2026). Doanh nghiệp nên làm gì: theo dõi riêng số thuế GTGT đầu vào phục vụ hoạt động xuất khẩu/gia công xuất khẩu, đối chiếu định kỳ hàng tháng để kịp thời lập hồ sơ hoàn thuế khi đủ ngưỡng 300 triệu đồng, thay vì để dồn đến cuối năm.

5. Thuế thu nhập doanh nghiệp: 20% trên thù lao gia công

Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025/QH15 có hiệu lực từ ngày 01/10/2025 và áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2025 (thay thế Luật 14/2008/QH12). Thuế suất thuế TNDN phổ thông là 20% (Điều 10). Đối với doanh nghiệp gia công xuất khẩu:

• Thu nhập chịu thuế bao gồm toàn bộ thù lao gia công thu được từ bên nước ngoài đặt gia công, cộng với các khoản thu nhập khác (nếu có như thanh lý phế liệu bán nội địa, lãi tiền gửi).
• Chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế gồm chi phí nhân công, khấu hao máy móc thiết bị, chi phí quản lý, và các chi phí phục vụ hoạt động gia công đáp ứng điều kiện về hóa đơn, chứng từ và thanh toán theo quy định. Lưu ý: chi phí lãi vay đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết bị khống chế theo quy định về quản lý thuế đối với giao dịch liên kết (xem mục 6).
• Ưu đãi thuế TNDN (thuế suất ưu đãi, miễn thuế, giảm thuế) cho dự án đầu tư mới — bao gồm dự án gia công có vốn đầu tư nước ngoài — phụ thuộc vào địa bàn đầu tư, lĩnh vực ưu đãi và nội dung Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư của từng dự án. Không có đáp án chung cho mọi doanh nghiệp; đây là nội dung cần rà soát cụ thể với luật sư trước khi lập kế hoạch thuế, vì việc tự áp dụng ưu đãi khi không đủ điều kiện sẽ dẫn đến truy thu và phạt.

6. Chuyển giá: ngưỡng an toàn 15% cho hoạt động gia công

Phần lớn doanh nghiệp gia công xuất khẩu tại Việt Nam là công ty con hoặc bên liên kết của tập đoàn nước ngoài — giá gia công (thường xác định theo phương pháp giá vốn cộng lãi) do đó thuộc phạm vi điều chỉnh của quy định về quản lý thuế đối với giao dịch liên kết.

Nghị định 255/2026/NĐ-CP ban hành ngày 30/6/2026, có hiệu lực từ 01/7/2026 và áp dụng từ kỳ tính thuế TNDN năm 2026 (thay thế Nghị định 132/2020/NĐ-CP và Nghị định 20/2025/NĐ-CP), quy định tại điểm c khoản 2 Điều 20 về các trường hợp được miễn lập Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết. Một trong các điều kiện là người nộp thuế có doanh thu dưới 500 tỷ đồng, không phát sinh doanh thu hoặc chi phí từ tài sản vô hình, và đạt tỷ suất lợi nhuận tối thiểu theo lĩnh vực: phân phối 5%, sản xuất 10%, gia công 15%.

Đây là ngưỡng đặc biệt có ý nghĩa với doanh nghiệp gia công cho bên liên kết: nếu tỷ suất lợi nhuận của hoạt động gia công đạt từ 15% trở lên (và đáp ứng các điều kiện còn lại), doanh nghiệp được miễn nghĩa vụ lập hồ sơ xác định giá — giảm đáng kể gánh nặng tuân thủ. Tuy nhiên cần hiểu đúng: ngưỡng 15% là điều kiện miễn lập hồ sơ, không phải là "mức lợi nhuận an toàn" mà cơ quan thuế mặc nhiên chấp nhận trong mọi cuộc thanh tra. Nếu tỷ suất lợi nhuận thấp hơn 15%, doanh nghiệp vẫn phải lập và lưu giữ hồ sơ đầy đủ, và cơ quan thuế có quyền ấn định thuế khi người nộp thuế không tuân thủ nghĩa vụ kê khai, xác định giá giao dịch liên kết (điểm i khoản 2 Điều 24 Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15).

Doanh nghiệp nên làm gì: ngay từ khi đàm phán hợp đồng gia công với công ty mẹ/công ty liên kết, xây dựng cơ chế giá gia công có cơ sở kinh tế (phân tích chi phí cộng lãi hợp lý, tham chiếu dữ liệu so sánh), theo dõi tỷ suất lợi nhuận thực tế hàng năm so với ngưỡng 15%, và chuẩn bị hồ sơ giải trình trước kỳ quyết toán thuế TNDN đầu tiên áp dụng Nghị định 255/2026/NĐ-CP (kỳ tính thuế năm 2026).

7. Thuế nhà thầu: khi nào doanh nghiệp gia công phải khấu trừ

Thuế nhà thầu (hiện quy định tại khoản 3 Điều 12 Nghị định 320/2025/NĐ-CP và khoản 3 Điều 7 Thông tư 20/2026/TT-BTC; Thông tư 103/2014/TT-BTC đã hết hiệu lực từ 01/7/2026 theo Điều 99 Thông tư 89/2026/TT-BTC) áp dụng đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam. Cần phân biệt hai chiều:

• Chiều nhận: thù lao gia công mà doanh nghiệp Việt Nam nhận từ bên nước ngoài là thu nhập của chính doanh nghiệp Việt Nam, chịu thuế TNDN 20% như đã nêu — không phải đối tượng khấu trừ thuế nhà thầu của doanh nghiệp.
• Chiều trả: khi doanh nghiệp gia công trả tiền cho tổ chức, cá nhân nước ngoài — ví dụ thuê máy móc, thiết bị của bên nước ngoài; trả phí dịch vụ kỹ thuật, phí bản quyền, phí chuyển giao công nghệ; mua nguyên liệu của thương nhân nước ngoài theo chỉ định — doanh nghiệp có nghĩa vụ khấu trừ, kê khai và nộp thay thuế nhà thầu (thuế GTGT theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP; thuế TNDN nhà thầu theo tỷ lệ tại khoản 3 Điều 12 Nghị định 320/2025/NĐ-CP và khoản 3 Điều 7 Thông tư 20/2026/TT-BTC tùy từng loại thu nhập; thủ tục kê khai, nộp thay theo Thông tư 89/2026/TT-BTC).

Doanh nghiệp nên làm gì: rà soát mọi khoản thanh toán ra nước ngoài trong hợp đồng gia công và các hợp đồng phụ trợ, xác định nghĩa vụ thuế nhà thầu cho từng khoản trước khi thanh toán, vì nghĩa vụ khấu trừ phát sinh tại thời điểm thanh toán và chậm kê khai sẽ bị phạt.

8. Thủ tục hải quan then chốt không được bỏ qua

Ưu đãi thuế của mô hình gia công gắn liền với kỷ luật thủ tục hải quan. Ba thủ tục then chốt:

1. Thông báo cơ sở gia công, sản xuất với Chi cục Hải quan nơi dự kiến làm thủ tục nhập khẩu (Chi cục Hải quan quản lý), thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan (Điều 56 Thông tư 38/2015/TT-BTC, được sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC). Doanh nghiệp chế xuất không phải thực hiện thủ tục này — một điểm khác biệt nữa giữa gia công thông thường và EPE.
2. Khai báo trên tờ khai: số tiếp nhận hợp đồng gia công được khai trên tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị và sản phẩm thực hiện hợp đồng gia công.
3. Báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu, hàng hóa xuất khẩu hằng năm (Điều 60 Thông tư 38/2015/TT-BTC). Đây là công cụ để cơ quan hải quan đối chiếu lượng nguyên liệu miễn thuế nhập khẩu với lượng sản phẩm thực tế xuất khẩu — chênh lệch không giải trình được là căn cứ truy thu thuế.

9. Bảy bẫy thuế thường gặp của doanh nghiệp gia công xuất khẩu

1. Thuê gia công lại toàn bộ nhưng vẫn khai miễn thuế nhập khẩu. Công ty đứng tên hợp đồng gia công, không có nhà xưởng, máy móc của chính mình, giao toàn bộ cho đơn vị khác gia công — không đáp ứng điều kiện tại khoản 2 Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP, toàn bộ nguyên liệu nhập khẩu bị truy thu thuế (Công văn 1606/TCHQ-TXNK 2022).
2. Nhầm lẫn gia công với SXXK khi khai miễn thuế. Áp dụng Điều 10 cho trường hợp thực chất là sản xuất xuất khẩu (tự mua nguyên liệu) hoặc ngược lại — sai căn cứ miễn thuế, hồ sơ bị bác khi thanh tra.
3. Nguyên liệu miễn thuế "rò rỉ" vào nội địa. Bán, cho, tặng nguyên liệu nhập khẩu miễn thuế cho doanh nghiệp nội địa mà không chuyển đổi mục đích sử dụng, không đăng ký tờ khai mới và nộp thuế — bị truy thu và xử phạt.
4. Quên thời hạn 15 ngày với xuất khẩu tại chỗ. Không thông báo tờ khai nhập khẩu tại chỗ tương ứng đúng hạn → phải nộp thuế nhập khẩu nguyên liệu dù hàng đã được giao đúng chỉ định.
5. Thiếu điều kiện áp thuế suất GTGT 0% theo nhóm điều kiện tương ứng. Đối với hàng hóa xuất khẩu: hợp đồng gia công không chặt chẽ, thanh toán không qua ngân hàng, hoặc tờ khai hải quan có sai sót. Đối với thù lao gia công (dịch vụ xuất khẩu): thiếu hợp đồng cung ứng dịch vụ với bên nước ngoài hoặc thanh toán không qua ngân hàng — bất kỳ mắt xích nào đứt cũng khiến doanh thu tương ứng bị áp lại thuế suất thông thường.
6. Để dồn hồ sơ hoàn thuế GTGT. Không theo dõi ngưỡng 300 triệu đồng theo tháng/quý, để dồn đến cuối năm mới làm hồ sơ — vừa chậm dòng tiền, vừa tăng rủi ro sai sót chứng từ.
7. Giá gia công với bên liên kết không có cơ sở giải trình. Ấn định giá gia công theo chỉ đạo của công ty mẹ mà không có phân tích giá vốn cộng lãi, không theo dõi tỷ suất lợi nhuận so với ngưỡng 15% — khi thanh tra chuyển giá, doanh nghiệp không có hồ sơ để bảo vệ.

10. Câu hỏi thường gặp

Doanh nghiệp trong nước (không có vốn nước ngoài) có được làm gia công xuất khẩu và hưởng miễn thuế nhập khẩu nguyên liệu không?

Trả lời ngắn: Có. Chế độ miễn thuế tại Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP áp dụng cho mọi doanh nghiệp đáp ứng điều kiện, không phân biệt vốn trong nước hay vốn nước ngoài.

Giải thích: Điều kiện duy nhất về chủ thể là người nộp thuế có quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng cơ sở gia công và máy móc, thiết bị tại cơ sở gia công trên lãnh thổ Việt Nam. Doanh nghiệp 100% vốn Việt Nam ký hợp đồng gia công với thương nhân nước ngoài và đáp ứng điều kiện này được miễn thuế nhập khẩu nguyên liệu như doanh nghiệp FDI.

Căn cứ pháp lý: khoản 2 Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP).

Doanh nghiệp nên làm gì: chuẩn bị đầy đủ giấy tờ chứng minh quyền sử dụng nhà xưởng, máy móc trước khi nhập khẩu lô nguyên liệu đầu tiên.

Phế liệu, phế phẩm trong quá trình gia công xử lý thuế thế nào?

Trả lời ngắn: Phế liệu, phế phẩm xuất khẩu trả cho bên nước ngoài đặt gia công được miễn thuế xuất khẩu; nếu tiêu hủy theo quy định hải quan được miễn thuế nhập khẩu; nếu bán vào nội địa phải kê khai nộp thuế.

Giải thích: Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP) quy định phế liệu, phế phẩm tạo thành trong quá trình gia công khi xuất khẩu trả cho bên nước ngoài đặt gia công được miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu. Hàng hóa nhập khẩu để gia công được phép tiêu hủy và thực tế đã tiêu hủy theo quy định của pháp luật hải quan được miễn thuế nhập khẩu. Trường hợp bán phế liệu vào thị trường nội địa, doanh nghiệp phải làm thủ tục chuyển đổi mục đích sử dụng và nộp thuế theo quy định.

Căn cứ pháp lý: Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 18/2021/NĐ-CP).

Doanh nghiệp nên làm gì: hạch toán riêng phế liệu, phế phẩm; lựa chọn phương án xử lý (trả lại, tiêu hủy, bán nội địa) và thực hiện đúng thủ tục tương ứng ngay khi phát sinh, không để tồn đọng cuối năm.

Máy móc do bên nước ngoài cho mượn để gia công có được miễn thuế nhập khẩu không?

Trả lời ngắn: Có, nếu việc cho mượn máy móc, thiết bị được thỏa thuận trong hợp đồng gia công.

Giải thích: Điểm c khoản 1 Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP liệt kê "máy móc, thiết bị nhập khẩu được thỏa thuận trong hợp đồng gia công để thực hiện gia công" thuộc phạm vi được miễn thuế. Điều kiện là hợp đồng gia công hoặc phụ lục hợp đồng phải thể hiện rõ việc bên nước ngoài cho mượn máy móc, thiết bị để thực hiện gia công. Khi hợp đồng gia công kết thúc, việc xử lý máy móc, thiết bị thuê, mượn thực hiện theo quy định của pháp luật hải quan.

Căn cứ pháp lý: điểm c khoản 1 Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP; Công văn 2733/TCHQ-GSQL năm 2015 hướng dẫn Thông tư 38/2015/TT-BTC.

Doanh nghiệp nên làm gì: đưa điều khoản mượn máy móc vào hợp đồng gia công hoặc phụ lục ngay từ đầu, không bổ sung sau khi đã nhập khẩu.

Doanh nghiệp vừa gia công xuất khẩu vừa bán hàng vào nội địa có được không?

Trả lời ngắn: Được, nhưng phải tách bạch hoàn toàn hai luồng hàng hóa, nguyên liệu và hạch toán.

Giải thích: Pháp luật không cấm doanh nghiệp gia công đồng thời sản xuất, kinh doanh hàng bán nội địa. Tuy nhiên nguyên liệu nhập khẩu được miễn thuế để gia công xuất khẩu không được sử dụng cho sản xuất hàng bán nội địa; nếu có nhu cầu chuyển đổi, phải đăng ký tờ khai hải quan mới và nộp thuế. Về thuế GTGT, doanh thu nội địa áp dụng thuế suất thông thường (5% hoặc 10% tùy hàng hóa), doanh thu gia công xuất khẩu áp dụng 0% — doanh nghiệp phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào phục vụ từng hoạt động để khấu trừ, hoàn thuế đúng.

Căn cứ pháp lý: Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP; Điều 9 Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15.

Doanh nghiệp nên làm gì: tổ chức kho bãi, mã nguyên liệu và hệ thống kế toán tách biệt cho luồng gia công xuất khẩu và luồng nội địa ngay từ đầu; đây cũng là nội dung cơ quan hải quan kiểm tra khi kiểm tra cơ sở gia công.

Có nên đăng ký làm doanh nghiệp chế xuất (EPE) thay vì gia công thông thường?

Trả lời ngắn: Tùy chiến lược — EPE phù hợp khi doanh nghiệp xuất khẩu gần như toàn bộ sản phẩm và chấp nhận kỷ luật giám sát hải quan của khu phi thuế quan.

Giải thích: EPE được hưởng chính sách thuế của khu phi thuế quan một cách tổng thể (miễn thuế nhập khẩu, GTGT 0% cho hàng hóa, dịch vụ từ nội địa phục vụ trực tiếp sản xuất xuất khẩu), nhưng phải hoạt động trong khu vực ngăn cách, chịu kiểm tra, giám sát hải quan thường xuyên, và mọi giao dịch với nội địa đều phải làm thủ tục xuất nhập khẩu. Trong khi đó, doanh nghiệp gia công thông thường vẫn được miễn thuế nhập khẩu nguyên liệu theo Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP mà không chịu các ràng buộc của khu phi thuế quan, và linh hoạt hơn khi có tỷ trọng bán nội địa đáng kể.

Căn cứ pháp lý: Điều 2, khoản 3 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP; Điều 10 Nghị định 134/2016/NĐ-CP.

Doanh nghiệp nên làm gì: đánh giá tỷ trọng xuất khẩu/nội địa dự kiến trong 3–5 năm, chi phí tuân thủ hải quan và vị trí nhà xưởng trước khi quyết định; tham khảo bài viết chuyên sâu về thuế xuất nhập khẩu cho doanh nghiệp chế xuất (EPE) và làm việc với luật sư để mô phỏng nghĩa vụ thuế của từng phương án.

11. Khi nào nên làm việc với luật sư

Thuế của doanh nghiệp gia công xuất khẩu là một hệ thống liên hoàn: hợp đồng gia công quyết định điều kiện miễn thuế nhập khẩu; chứng từ xuất khẩu quyết định thuế suất GTGT 0%; giá gia công quyết định rủi ro chuyển giá. Một sai sót ở khâu hợp đồng có thể kéo theo truy thu ở cả ba sắc thuế. Doanh nghiệp nên làm việc với luật sư khi: chuẩn bị ký hợp đồng gia công đầu tiên với thương nhân nước ngoài; thiết kế cấu trúc giao dịch giữa gia công, SXXK và bán nội địa; cân nhắc đăng ký làm doanh nghiệp chế xuất (EPE); xây dựng chính sách giá gia công với công ty mẹ, công ty liên kết trước kỳ tính thuế 2026 — kỳ đầu tiên áp dụng Nghị định 255/2026/NĐ-CP; hoặc đang bị cơ quan hải quan, cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra về nguyên liệu miễn thuế, hoàn thuế GTGT hay giá giao dịch liên kết.

FLAT LAW FIRM tư vấn toàn diện về thuế cho doanh nghiệp gia công xuất khẩu và doanh nghiệp FDI: rà soát hợp đồng gia công, điều kiện miễn thuế nhập khẩu nguyên liệu, hoàn thuế GTGT, ưu đãi thuế TNDN, tuân thủ chuyển giá và đại diện làm việc với cơ quan hải quan, cơ quan thuế. Liên hệ hotline 0988424851 để được tư vấn cho mô hình cụ thể của doanh nghiệp.

Tài liệu tham khảo

• Luật Thương mại số 36/2005/QH11 (Điều 178–183: gia công trong thương mại)
• Nghị định số 69/2018/NĐ-CP ngày 15/5/2018 quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý ngoại thương (Điều 39: hợp đồng gia công)
• Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 (khoản 6 Điều 16: miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để gia công, sản phẩm gia công xuất khẩu)
• Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (Điều 10, Điều 12; được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 18/2021/NĐ-CP)
• Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 (hiệu lực 01/7/2025; Điều 9: thuế suất 0%)
• Nghị định số 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (Điều 18: hồ sơ áp dụng thuế suất 0%; Điều 29: hoàn thuế đối với xuất khẩu)
• Thông tư số 69/2025/TT-BTC hướng dẫn hồ sơ, thủ tục áp dụng thuế suất thuế giá trị gia tăng 0%
• Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 (hiệu lực 01/10/2025, áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2025; Điều 10: thuế suất 20%)
• Nghị định số 255/2026/NĐ-CP ngày 30/6/2026 quy định về quản lý thuế đối với các giao dịch liên kết (hiệu lực 01/7/2026, áp dụng từ kỳ tính thuế TNDN năm 2026; Điều 20: miễn lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết)
• Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 (hiệu lực 01/7/2026)
• Nghị định số 320/2025/NĐ-CP (khoản 3 Điều 12: thuế nhà thầu), Thông tư số 20/2026/TT-BTC (khoản 3 Điều 7: cách tính thuế nhà thầu), Thông tư số 89/2026/TT-BTC (thủ tục kê khai, nộp thay; Điều 99 bãi bỏ toàn bộ Thông tư số 103/2014/TT-BTC từ 01/7/2026)
• Nghị định số 35/2022/NĐ-CP ngày 28/5/2022 quy định về quản lý khu công nghiệp và khu kinh tế (Điều 2, Điều 26: doanh nghiệp chế xuất)
• Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu (được sửa đổi bởi Thông tư số 39/2018/TT-BTC; Điều 56: thông báo cơ sở gia công; Điều 60: báo cáo quyết toán)
• Công văn số 1606/TCHQ-TXNK ngày 06/5/2022 của Tổng cục Hải quan về xử lý thuế đối với hàng hóa thuê gia công lại
• Công văn số 13251/CHQ-NVTHQ năm 2026 của Cục Hải quan hướng dẫn về chính sách thuế đối với trường hợp gia công lại hàng hóa nhập khẩu
• Công văn số 2268/CT-CS ngày 10/4/2026 của Cục Thuế hướng dẫn về hoàn thuế giá trị gia tăng đối với doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu hàng hóa

—