Số thuế nộp thừa được xử lý theo lựa chọn của doanh nghiệp: bù trừ hoặc hoàn trả
Thuế nhà thầu nộp thừa phát sinh trong các tình huống quen thuộc: khấu trừ theo tỷ lệ cao hơn mức đúng sau khi hồ sơ hiệp định được chấp nhận, khấu trừ trùng một khoản thanh toán, quyết toán cuối hợp đồng cho thấy tổng số đã nộp vượt nghĩa vụ, hoặc áp dụng nhầm tỷ lệ của nhóm thu nhập khác. Theo cơ chế xử lý tiền thuế nộp thừa của Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, doanh nghiệp được lựa chọn bù trừ số nộp thừa với khoản thuế phải nộp của kỳ tiếp theo hoặc với khoản nợ thuế khác, hoặc đề nghị hoàn trả khi không còn khoản phải nộp để bù trừ. Với thuế nhà thầu do bên Việt Nam nộp thay, chủ thể đứng tên đề nghị xử lý số nộp thừa là bên Việt Nam đã nộp thay, và tiền hoàn được trả về tài khoản của bên nộp thay theo thông tin trong hồ sơ.
Doanh nghiệp cần phân biệt hoàn thuế nhà thầu với các khoản hoàn khác sắc thuế — ví dụ hoàn trả tiền thuê đất nộp thừa có khung riêng tại EXP-1864 và không dùng chung hồ sơ với hoàn thuế nhà thầu. Mỗi sắc thuế, mỗi quan hệ nộp thay có bộ hồ sơ và cơ quan xử lý riêng.
Hồ sơ đề nghị hoàn và thời hạn giải quyết của cơ quan thuế
Hồ sơ hoàn thuế nhà thầu nộp thừa gồm văn bản đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu hiện hành, bản sao các chứng từ nộp tiền vào ngân sách tương ứng số tiền đề nghị hoàn, hợp đồng nhà thầu và các tờ khai thuế nhà thầu liên quan, kèm tài liệu chứng minh căn cứ nộp thừa (ví dụ văn bản chấp nhận hưởng ưu đãi hiệp định, biên bản quyết toán hợp đồng hoặc tờ khai điều chỉnh). Hồ sơ nộp cho cơ quan thuế đang quản lý việc kê khai, nộp thay thuế nhà thầu của doanh nghiệp.
Thời hạn giải quyết theo khung quản lý thuế hiện hành: hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau được giải quyết trong 06 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế chấp nhận hồ sơ đầy đủ; hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau có thời hạn 40 ngày. Trường hợp cơ quan thuế chậm hoàn do lỗi của cơ quan thuế, doanh nghiệp được trả thêm khoản tiền lãi tính theo mức 0,03% mỗi ngày trên số tiền chậm hoàn cho số ngày chậm. Doanh nghiệp nên đối chiếu chứng từ nộp tiền với tờ khai trước khi nộp hồ sơ hoàn, vì sai lệch số liệu giữa hai chứng từ là nguyên nhân phổ biến nhất khiến hồ sơ bị xếp vào diện kiểm tra trước.
Câu hỏi thường gặp
Nộp thừa thuế nhà thầu thì xin hoàn thế nào?
Doanh nghiệp lập hồ sơ đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước gửi cơ quan thuế quản lý việc nộp thay, kèm chứng từ nộp tiền và tài liệu chứng minh nộp thừa; hoặc chọn bù trừ số nộp thừa vào khoản thuế phải nộp kỳ sau theo cơ chế xử lý tiền thuế nộp thừa của Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15.
Hồ sơ hoàn thuế gồm những gì?
Hồ sơ gồm văn bản đề nghị hoàn theo mẫu hiện hành, bản sao chứng từ nộp tiền vào ngân sách, hợp đồng nhà thầu, các tờ khai thuế nhà thầu liên quan và tài liệu chứng minh căn cứ nộp thừa như văn bản chấp nhận ưu đãi hiệp định hoặc biên bản quyết toán hợp đồng.
Mất bao lâu mới được hoàn?
Hồ sơ diện hoàn trước, kiểm tra sau được giải quyết trong 06 ngày làm việc kể từ khi cơ quan thuế chấp nhận hồ sơ đầy đủ; diện kiểm tra trước, hoàn sau là 40 ngày. Cơ quan thuế chậm hoàn do lỗi của mình phải trả lãi 0,03%/ngày trên số tiền chậm hoàn.
Bài viết đã được FLAW AI Legal Council kiểm tra chất lượng