Trả lời ngắn: Khi bị kiểm tra sau thông quan (KTSTQ), doanh nghiệp cần chuẩn bị hai nhóm hồ sơ: (1) chứng từ thương mại của lô hàng — hóa đơn thương mại, chứng từ vận tải, hợp đồng mua bán, C/O, chứng từ thanh toán, tài liệu kỹ thuật (Điều 79 khoản 1 Luật Hải quan); (2) sổ sách kế toán — sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính và tài liệu liên quan (Điều 80 khoản 3 điểm b Luật Hải quan). Điểm mới theo Thông tư 121/2025/TT-BTC: cơ quan hải quan có thể gửi Thông báo chuẩn bị hồ sơ, tài liệu (mẫu 13/CBTL) để doanh nghiệp chuẩn bị trúng phạm vi kiểm tra. Lưu ý quan trọng: danh mục dưới đây là tổng hợp từ phạm vi luật định + checklist nghiệp vụ — phạm vi hồ sơ thực tế theo nội dung quyết định kiểm tra cụ thể, không phải mọi cuộc KTSTQ đều yêu cầu nộp đầy đủ tất cả.
1. Hồ sơ theo luật định
KTSTQ tại trụ sở cơ quan hải quan (Điều 79 khoản 1 Luật Hải quan 54/2014/QH13) — người khai hải quan cung cấp:
- Hóa đơn thương mại (commercial invoice);
- Chứng từ vận tải (vận đơn B/L, AWB…);
- Hợp đồng mua bán hàng hóa;
- Chứng từ chứng nhận xuất xứ (C/O);
- Chứng từ thanh toán;
- Hồ sơ, tài liệu kỹ thuật của hàng hóa liên quan đến hồ sơ đang kiểm tra;
- Văn bản giải trình các nội dung liên quan.
KTSTQ tại trụ sở người khai hải quan (Điều 80 khoản 3 điểm b Luật Hải quan) — đoàn kiểm tra đối chiếu:
- Sổ kế toán, chứng từ kế toán;
- Báo cáo tài chính;
- Các tài liệu có liên quan, tình trạng thực tế của hàng hóa xuất nhập khẩu trong phạm vi, nội dung quyết định kiểm tra.
2. Thông báo chuẩn bị mẫu 13/CBTL — điểm mới của TT 121/2025
Theo điểm 63 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC (sửa Điều 142 Thông tư 38/2015/TT-BTC): trong trường hợp cần thiết, người ban hành quyết định kiểm tra gửi Thông báo bằng văn bản theo mẫu 13/CBTL (Phụ lục VIII) để thông báo các nội dung người khai hải quan cần chuẩn bị (hồ sơ hải quan, chứng từ, tài liệu liên quan) và yêu cầu cử người đại diện có thẩm quyền làm việc với đoàn kiểm tra.
Thực tiễn áp dụng: doanh nghiệp căn cứ thông báo này để chuẩn bị trúng phạm vi kiểm tra, không chuẩn bị lan man — vừa tiết kiệm thời gian, vừa tránh cung cấp tài liệu ngoài phạm vi không cần thiết.
3. Checklist thực tiễn cho doanh nghiệp
Tổng hợp từ phạm vi Điều 79, 80 Luật Hải quan + kinh nghiệm nghiệp vụ:
- Tờ khai hải quan, tờ khai trị giá hải quan (nếu có), quyết định thông quan/giải phóng hàng;
- Hợp đồng ngoại thương, phụ lục hợp đồng; hóa đơn thương mại (commercial invoice), phiếu đóng gói (packing list), vận đơn (B/L, AWB);
- C/O (nếu hưởng ưu đãi thuế); chứng từ thanh toán (L/C, điện chuyển tiền TTR, sao kê ngân hàng); chứng từ bảo hiểm, cước vận tải;
- Tài liệu kỹ thuật, catalogue, bản vẽ (chứng minh mã HS, trị giá, xuất xứ);
- Sổ sách kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính, báo cáo quyết toán nguyên liệu (đối với gia công/sản xuất xuất khẩu);
- Văn bản giải trình các chênh lệch (giá, lượng, mã HS) + Bảng công bố giảm giá của người bán (nếu có khoản giảm giá).
Doanh nghiệp nên sắp xếp hồ sơ theo từng tờ khai: hồ sơ hải quan + chứng từ thanh toán + hạch toán kế toán tương ứng đi cùng nhau để đối chiếu nhanh khi bị KTSTQ.
4. Thời gian chuẩn bị thực tế
- Kiểm tra theo quản lý rủi ro / tuân thủ (khoản 2, 3 Điều 78): quyết định được gửi chậm nhất 05 ngày làm việc trước ngày tiến hành kiểm tra — đây là thời gian chuẩn bị tối thiểu theo luật.
- Kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm (khoản 1 Điều 78): không có thời gian báo trước — thực hiện ngay sau khi công bố quyết định.
Vì vậy, doanh nghiệp nên duy trì hồ sơ xuất nhập khẩu đầy đủ, có hệ thống thường xuyên thay vì đợi có quyết định kiểm tra mới chuẩn bị.
5. Nghĩa vụ lưu giữ hồ sơ: 05 năm
Người khai hải quan có nghĩa vụ lưu giữ hồ sơ hải quan đối với hàng hóa đã thông quan trong thời hạn 05 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan (điểm đ khoản 2 Điều 25 Luật Hải quan — số điều theo Luật gốc, đang được đối chiếu với Văn bản hợp nhất 54/VBHN-VPQH 2026); lưu giữ sổ sách, chứng từ kế toán theo thời hạn pháp luật quy định; xuất trình hồ sơ, cung cấp thông tin, chứng từ khi cơ quan hải quan yêu cầu kiểm tra.
Con số 05 năm này khớp với thời hạn cơ quan hải quan được ban hành quyết định KTSTQ (Điều 77 khoản 3) — hồ sơ phải còn đầy đủ trong suốt thời gian có thể bị kiểm tra.
6. Quyền của doanh nghiệp và hậu quả khi không hợp tác
Quyền của doanh nghiệp trong quá trình kiểm tra:
- Yêu cầu Trưởng đoàn kiểm tra xuất trình quyết định kiểm tra và giấy chứng minh hải quan;
- Trong thời gian kiểm tra được cung cấp tài liệu, chứng từ, dữ liệu để chứng minh nội dung khai báo đúng hoặc giải trình nghi vấn (Thông tư 121/2025/TT-BTC);
- Khi có ý kiến khác với nội dung kết luận, doanh nghiệp có thể đề nghị ghi nhận ý kiến của mình (lưu ý: quyền “bảo lưu ý kiến trong kết luận KTSTQ” chưa đối chiếu được điều khoản gốc — doanh nghiệp diễn đạt dưới dạng đề nghị ghi nhận ý kiến, không khẳng định là quyền luật định).
Hậu quả khi không hợp tác: người khai hải quan có nghĩa vụ chấp hành quyết định kiểm tra. Không chấp hành → bị xử lý vi phạm hành chính theo quy định; thông tin không chấp hành được cập nhật vào hệ thống dữ liệu điện tử hải quan để áp dụng biện pháp kiểm tra chặt (kiểm tra hồ sơ / kiểm tra hồ sơ + kiểm tra thực tế) đối với các lô hàng tiếp theo (Điều 142 Thông tư 38/2015/TT-BTC).
Câu hỏi thường gặp
Mọi cuộc KTSTQ đều yêu cầu nộp đầy đủ checklist trên?
Không. Checklist là tổng hợp từ phạm vi luật định + kinh nghiệm nghiệp vụ. Phạm vi hồ sơ thực tế theo nội dung quyết định kiểm tra cụ thể và Thông báo chuẩn bị mẫu 13/CBTL (nếu có).
Nhận quyết định KTSTQ rồi mới chuẩn bị hồ sơ có kịp không?
Đối với kiểm tra theo rủi ro/tuân thủ, doanh nghiệp có tối thiểu 05 ngày làm việc. Đối với kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm thì không có thời gian báo trước — vì vậy nên duy trì hồ sơ có hệ thống thường xuyên.
Hồ sơ hải quan phải lưu giữ bao lâu?
05 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan (điểm đ khoản 2 Điều 25 Luật Hải quan), đồng thời lưu giữ sổ sách, chứng từ kế toán theo thời hạn pháp luật quy định.
Người đại diện làm việc với đoàn kiểm tra cần điều kiện gì?
Theo mẫu 13/CBTL, doanh nghiệp cử người đại diện có thẩm quyền làm việc với đoàn kiểm tra — nên là người hiểu rõ hồ sơ và được ủy quyền đầy đủ để giải trình, ký biên bản.
Không cung cấp hồ sơ khi bị KTSTQ thì sao?
Bị xử lý vi phạm hành chính; thông tin không chấp hành được cập nhật vào hệ thống dữ liệu điện tử hải quan, các lô hàng tiếp theo có thể bị áp dụng biện pháp kiểm tra chặt hơn.
Doanh nghiệp cần rà soát hồ sơ hải quan, chuẩn bị ứng phó kiểm tra sau thông quan hoặc xử lý truy thu thuế? Liên hệ qua trang Liên hệ của FLAT Law Firm để được tư vấn.
Thông tin tham khảo, không phải tư vấn pháp lý.
