Thủ tục hải quan nhập khẩu hàng hoá tại Việt Nam: quy trình từ A đến Z
Cập nhật: Nghị định 85/2019/NĐ-CP về Cơ chế một cửa quốc gia đã hết hiệu lực từ 15/10/2026, được thay thế bởi Nghị định 336/2026/NĐ-CP của Chính phủ (ban hành ngày 22/8/2026, hiệu lực từ 15/10/2026). Bài viết dưới đây đã được cập nhật theo quy định mới của Nghị định 336/2026/NĐ-CP.
Nhập khẩu một lô hàng vào Việt Nam không chỉ là ký hợp đồng và chờ hàng về cảng. Doanh nghiệp phải hoàn thành thủ tục hải quan nhập khẩu — chuỗi bước pháp lý bắt buộc từ khi khai tờ khai đến khi hàng được thông quan hoặc giải phóng. Bài viết tổng hợp toàn bộ quy trình theo pháp luật hiện hành: Luật Hải quan 54/2014/QH13 (bản hợp nhất VBHN 54/VBHN-VPQH 2026, Văn phòng Quốc hội ban hành ngày 23/3/2026), Nghị định 08/2015/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 167/2025/NĐ-CP, hiệu lực 15/8/2025), Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC và Thông tư 121/2025/TT-BTC, hiệu lực 01/02/2026), và Nghị định 336/2026/NĐ-CP về Cơ chế một cửa quốc gia (hiệu lực 15/10/2026, thay thế Nghị định 85/2019/NĐ-CP).
Thủ tục hải quan nhập khẩu là gì? Ai phải làm?
Người khai hải quan được xác định tại Điều 3.14 Luật Hải quan, gồm: chủ hàng hoá; chủ hoặc người điều khiển phương tiện vận tải; đại lý hải quan; và người được chủ hàng hoá, chủ phương tiện vận tải uỷ quyền. Người khai chịu các trách nhiệm tại Điều 21: khai và nộp tờ khai hải quan; nộp hoặc xuất trình chứng từ thuộc hồ sơ hải quan theo Điều 24; đưa hàng hoá đến địa điểm kiểm tra; nộp thuế và thực hiện các nghĩa vụ tài chính khác.
Nguyên tắc quan trọng tại Điều 29: khai hải quan điện tử là nguyên tắc; tờ khai giấy chỉ áp dụng trong trường hợp do Chính phủ quy định. Người khai phải khai đầy đủ, chính xác, rõ ràng. Đặc biệt, chính sách quản lý hàng hoá và chính sách thuế áp dụng tại thời điểm đăng ký tờ khai — không phải thời điểm hàng về đến cửa khẩu. Đây là điểm nhiều doanh nghiệp nhầm lẫn khi chính sách thay đổi giữa lúc hàng đang trên đường vận chuyển.
Cơ chế một cửa quốc gia theo Nghị định 336/2026/NĐ-CP: điều doanh nghiệp cần biết
Một cửa chỉ là kênh điện tử — không đổi bản chất thủ tục
Nghị định 336/2026/NĐ-CP quy định việc thực hiện thủ tục hành chính đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh; phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh theo cơ chế một cửa quốc gia và cơ chế một cửa ASEAN (Điều 1).
Nguyên tắc then chốt doanh nghiệp phải nắm tại Điều 13 khoản 5: việc thực hiện thủ tục hành chính theo cơ chế một cửa quốc gia, cơ chế một cửa ASEAN không làm thay đổi thẩm quyền, điều kiện, thành phần hồ sơ, trình tự, thủ tục, thời hạn giải quyết và trách nhiệm quản lý nhà nước theo quy định của pháp luật chuyên ngành.
Nói cách khác: một cửa chỉ là kênh thực hiện điện tử (Cổng thông tin một cửa quốc gia). Thành phần hồ sơ hải quan nhập khẩu, trình tự và thời hạn giải quyết vẫn theo pháp luật hải quan chuyên ngành (Luật Hải quan, Nghị định 08/2015/NĐ-CP, Thông tư 38/2015/TT-BTC…). Nghị định 336/2026 không sửa đổi bản chất hồ sơ hay thủ tục hải quan nhập khẩu.
Điểm mới: đăng nhập Cổng bằng tài khoản định danh điện tử VNeID
Theo Điều 11 khoản 1, người sử dụng đăng ký tài khoản và chữ ký số trên Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc sử dụng tài khoản định danh điện tử được cấp qua ứng dụng định danh quốc gia VNeID để đăng ký, truy cập hệ thống. Đây là phương thức mới so với quy định trước đây chỉ yêu cầu đăng ký tài khoản trên Cổng.
Chứng từ điện tử và chứng từ giấy
Theo Điều 14: chứng từ thuộc hồ sơ hành chính theo cơ chế một cửa quốc gia là chứng từ điện tử hoặc chứng từ giấy (khoản 1). Chứng từ điện tử bao gồm tờ khai, đơn đăng ký, xác nhận đăng ký hoặc các hình thức khác được khai/thông báo qua Cổng, kể cả chứng từ điện tử chuyển đổi từ chứng từ giấy (khoản 2), và phải đáp ứng các điều kiện về tiêu chí, định dạng mẫu do bộ quản lý ngành quy định; gửi/nhận/lưu trữ và giá trị pháp lý theo pháp luật về giao dịch điện tử; đáp ứng yêu cầu pháp luật chuyên ngành; có chữ ký số của người có thẩm quyền nếu thủ tục yêu cầu (khoản 3). Chứng từ giấy vẫn được nộp khi pháp luật chuyên ngành yêu cầu bản giấy, hoặc khi Cổng/hệ thống xử lý chuyên ngành gặp sự cố (khoản 4).
Chứng từ điện tử quốc tế và ASEAN được dùng để thông quan
- Giá trị pháp lý: theo Điều 45, thông tin, chứng từ điện tử trao đổi theo thỏa thuận/điều ước quốc tế có giá trị pháp lý như chứng từ giấy khi đáp ứng đầy đủ điều kiện của thỏa thuận/điều ước, được công nhận có giá trị pháp lý như chứng từ giấy tại thỏa thuận/điều ước, và đáp ứng khoản 3 Điều 14 Nghị định này.
- Dùng để thông quan: theo Điều 46 khoản 3, thông tin và chứng từ điện tử trao đổi qua cơ chế một cửa ASEAN được cơ quan hải quan sử dụng để thông quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh.
- Phối hợp trao đổi: theo Điều 47 khoản 2, các bộ/ngành liên quan phối hợp trao đổi thông tin chứng từ xuất xứ hàng hóa điện tử, giấy kiểm dịch điện tử, chứng từ vận tải và các chứng từ thương mại liên quan khác với các nước thành viên ASEAN và các quốc gia/vùng lãnh thổ khác qua Cổng. Điểm này có ý nghĩa trực tiếp đối với hồ sơ hải quan nhập khẩu (ví dụ chứng từ xuất xứ điện tử để chứng minh ưu đãi thuế quan).
Khái niệm mới: “số định danh hàng hóa”
Điều 3 khoản 10 định nghĩa “số định danh hàng hóa” là mã số điện tử do hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan cấp để định danh, theo dõi và quản lý thống nhất đối với hàng hóa nhập khẩu. Tuy nhiên, theo Điều 48 khoản 3, thời điểm chia sẻ, tiếp nhận, sử dụng thông tin số định danh hàng hóa nhập khẩu thực hiện theo quy định của văn bản hướng dẫn Luật Hải quan [CẦN XÁC MINH: văn bản hướng dẫn quy định tại Điều 48.3 tại thời điểm viết bài 16/10/2026 chưa được ban hành — không ghi thời điểm áp dụng cụ thể].
Cảnh báo: thời hạn “01 giờ” KHÔNG áp dụng cho thông quan hàng hóa
Một số diễn giải trên báo chí về Nghị định 336/2026 dễ gây hiểu nhầm rằng thủ tục tại cửa khẩu được “rút ngắn còn 01 giờ”. Sự thật theo văn bản gốc: các điều quy định thời hạn xử lý không quá 01 giờ đều áp dụng cho phương tiện vận tải (tàu bay nhập/xuất cảnh — Điều 24.4, 25.5; cấp phép điện tử tại cảng biển — Điều 29.3; phương tiện vận tải đường bộ tại cửa khẩu — Điều 33.1, 34.2; tàu hỏa liên vận — Điều 40; phương tiện vận tải đường thủy nội địa — Điều 43.3). Thời hạn thông quan hàng hóa nhập khẩu vẫn theo pháp luật hải quan chuyên ngành (Điều 13.5 và Điều 19.2 Nghị định này): kiểm tra hồ sơ chậm nhất 02 giờ làm việc, kiểm tra thực tế hàng hóa chậm nhất 08 giờ làm việc (Điều 23 Luật Hải quan).
Điều khoản chuyển tiếp: không quy định số phận hồ sơ cũ
Nghị định 336/2026 không có điều khoản quy định việc xử lý hồ sơ/giấy phép/kết quả kiểm tra chuyên ngành đã nộp/đã cấp theo Nghị định 85/2019 trước ngày 15/10/2026. Điều 49 chỉ quy định: (1) thời gian ân hạn kỹ thuật tối đa 01 năm (đến 15/10/2027) trong trường hợp hệ thống xử lý chuyên ngành của các bộ quản lý ngành, lĩnh vực chưa đáp ứng yêu cầu kỹ thuật để phản hồi kết quả về Cổng theo chuẩn mới; và (2) việc áp dụng các thủ tục hành chính và thời điểm thực hiện theo cơ chế một cửa quốc gia được thực hiện theo công bố của Bộ trưởng Bộ Tài chính (Điều 10). Doanh nghiệp không nên tự suy diễn rằng hồ sơ đã nộp theo Nghị định 85/2019 vẫn có giá trị hoặc tự động được chuyển tiếp — cần đối chiếu hướng dẫn của cơ quan có thẩm quyền đối với từng trường hợp cụ thể.
Quy trình 7 bước từ A đến Z
Bước 1 — Chuẩn bị: ký hợp đồng mua bán, xác định mã HS, tra cứu chính sách mặt hàng (có thuộc diện giấy phép nhập khẩu hay kiểm tra chuyên ngành không), chuẩn bị bộ chứng từ.
Bước 2 — Khai tờ khai điện tử: khai trên hệ thống VNACCS/VCIS bằng phần mềm khai hải quan, ký chữ ký số và gửi dữ liệu đến cơ quan hải quan.
Bước 3 — Đăng ký tờ khai và phân luồng tự động: hệ thống tự động phân luồng 1 (xanh), 2 (vàng) hoặc 3 (đỏ) theo quản lý rủi ro.
Bước 4 — Kiểm tra: cơ quan hải quan hoàn thành kiểm tra hồ sơ chậm nhất 02 giờ làm việc kể từ khi tiếp nhận đủ hồ sơ; kiểm tra thực tế hàng hoá chậm nhất 08 giờ làm việc kể từ khi người khai xuất trình đủ hàng hoá (Điều 23). Lô hàng lớn, phức tạp được gia hạn tối đa 02 ngày; hàng kiểm tra chuyên ngành tính từ khi có kết quả kiểm tra chuyên ngành.
Bước 5 — Nộp thuế, phí: nộp thuế nhập khẩu (nếu có) và phí hải quan 20.000 đồng/tờ khai xuất nhập khẩu theo Thông tư 86/2025/TT-BTC (hiệu lực 12/10/2025, thay thế Thông tư 274/2016/TT-BTC; mức phí giữ nguyên, căn cứ pháp lý thay đổi).
Bước 6 — Thông quan hoặc giải phóng hàng: hoàn thành thủ tục thì hàng được thông quan (Điều 37); trường hợp đủ điều kiện nhập khẩu nhưng chưa xác định được số thuế chính thức thì được giải phóng hàng (Điều 36).
Bước 7 — Lưu trữ hồ sơ: lưu trữ đầy đủ hồ sơ hải quan tại doanh nghiệp, sẵn sàng cho kiểm tra sau thông quan với thời hiệu 05 năm.
Thời hạn khai tờ khai nhập khẩu: 30 ngày + 15 ngày
Điều 25 Luật Hải quan quy định hai mốc thời hạn doanh nghiệp phải nhớ:
- Thời hạn nộp tờ khai: trước ngày hàng hoá đến cửa khẩu hoặc trong vòng 30 ngày kể từ ngày hàng hoá đến cửa khẩu (Điều 25.1.b). Khai trước khi hàng đến không phải nghĩa vụ tuyệt đối — doanh nghiệp được khai trong 30 ngày sau khi hàng đến, nhưng khai muộn chịu rủi ro chi phí lưu kho, lưu bãi và khả năng bị kiểm tra.
- Giá trị tờ khai: tờ khai có giá trị làm thủ tục hải quan trong 15 ngày kể từ ngày đăng ký (Điều 25.2).
Quá 30 ngày không làm thủ tục (Điều 34): cơ quan hải quan được kiểm tra thực tế hàng hoá ngay cả khi vắng mặt người khai hải quan. Chế tài vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan hiện nay áp dụng Nghị định 169/2026/NĐ-CP (ban hành 15/5/2026, hiệu lực 01/7/2026) — nghị định này đã bãi bỏ toàn bộ Nghị định 128/2020/NĐ-CP và Điều 2 Nghị định 102/2021/NĐ-CP.
Phân luồng xanh – vàng – đỏ trong kiểm tra hải quan
Việc kiểm tra hải quan thực hiện trên cơ sở quản lý rủi ro (Điều 3.18 và Điều 16.2 Luật Hải quan). Điều 19 Thông tư 38/2015/TT-BTC (sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC và Thông tư 121/2025/TT-BTC) quy định 3 hình thức phân luồng:
- Luồng 1 (luồng xanh): chấp nhận thông tin khai trên tờ khai — miễn kiểm tra chi tiết hồ sơ và miễn kiểm tra thực tế hàng hoá.
- Luồng 2 (luồng vàng): kiểm tra các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan — không kiểm tra thực tế hàng hoá.
- Luồng 3 (luồng đỏ): kiểm tra chứng từ hồ sơ và kiểm tra thực tế hàng hoá.
Lưu ý chính xác về thuật ngữ: văn bản pháp luật quy định luồng 1/2/3; cách gọi “xanh/vàng/đỏ” là tên gọi nghiệp vụ trên hệ thống VNACCS/VCIS. Luồng xanh không đồng nghĩa miễn trách nhiệm — tờ khai luồng xanh vẫn chịu kiểm tra sau thông quan.
Thông quan và giải phóng hàng: khác nhau thế nào?
Thông quan (Điều 37): hàng hoá được thông quan sau khi đã hoàn thành thủ tục hải quan. Trường hợp chưa nộp thuế hoặc nộp chưa đủ số thuế phải nộp trong thời hạn, hàng vẫn được thông quan khi có bảo lãnh của tổ chức tín dụng hoặc được áp dụng thời hạn nộp thuế theo pháp luật về thuế. Hàng hoá phải kiểm tra chuyên ngành chỉ được thông quan sau khi có kết luận kiểm tra hoặc thông báo miễn kiểm tra.
Giải phóng hàng (Điều 36): áp dụng khi hàng hoá đủ điều kiện nhập khẩu nhưng chưa xác định được số thuế chính thức phải nộp, trong khi người khai đã nộp thuế hoặc được tổ chức tín dụng bảo lãnh trên cơ sở tự khai, tính thuế. Thời hạn xác định số thuế chính thức không quá 30 ngày kể từ ngày giải phóng hàng.
Một trạng thái khác cần phân biệt: đưa hàng về bảo quản (Điều 35) — hàng hoá phải kiểm tra chuyên ngành được đưa về địa điểm bảo quản chịu sự giám sát của cơ quan hải quan trong khi chờ kết quả kiểm tra. Đưa hàng về bảo quản không phải thông quan.
Doanh nghiệp ưu tiên: “luồng xanh bền vững”
Doanh nghiệp được công nhận là doanh nghiệp ưu tiên (AEO) theo Điều 42–43 Luật Hải quan (sửa đổi bởi Luật 90/2025/QH15, hiệu lực 01/7/2025) được miễn kiểm tra chứng từ và miễn kiểm tra thực tế, trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật. Điều kiện và thủ tục công nhận quy định tại Điều 10–11 Nghị định 08/2015/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 167/2025/NĐ-CP). Đây là con đường để doanh nghiệp tuân thủ tốt đạt trạng thái thông quan thuận lợi ổn định.
Mẹo tuân thủ để tờ khai thuận lợi
- Khai chính xác mã HS, trị giá, xuất xứ ngay từ đầu — sai sót trị giá, mã số là nguyên nhân phổ biến khiến tờ khai bị chuyển luồng kiểm tra.
- Nộp tờ khai sớm, không để sát mốc 30 ngày để tránh rủi ro lưu kho và kiểm tra vắng mặt theo Điều 34.
- Với hàng kiểm tra chuyên ngành: chủ động đăng ký kiểm tra và theo dõi kết quả qua Cơ chế một cửa quốc gia (Nghị định 336/2026/NĐ-CP); giấy phép, kết quả kiểm tra đã có trên hệ thống điện tử thì không phải nộp bản giấy.
- Lưu ý cơ quan hải quan hiện nay là Cục Hải quan trực thuộc Bộ Tài chính (sau khi tinh gọn bộ máy năm 2025), không còn gọi là Tổng cục Hải quan.
Nếu doanh nghiệp cần rà soát quy trình nhập khẩu hoặc xử lý vướng mắc trong quá trình làm thủ tục, đội ngũ luật sư của FLAT Law Firm có thể hỗ trợ đánh giá tuân thủ và đại diện làm việc với cơ quan hải quan. Liên hệ với chúng tôi qua trang liên hệ để được tư vấn cụ thể cho từng lô hàng.
Câu hỏi thường gặp
Khai tờ khai nhập khẩu muộn nhất khi nào?
Trong 30 ngày kể từ ngày hàng hoá đến cửa khẩu (Điều 25.1.b Luật Hải quan). Quá thời hạn này, cơ quan hải quan được kiểm tra thực tế hàng hoá ngay cả khi vắng mặt người khai (Điều 34).
Luồng xanh có phải không bao giờ bị kiểm tra?
Không. Luồng xanh (luồng 1) được miễn kiểm tra hồ sơ và kiểm tra thực tế tại thời điểm thông quan, nhưng tờ khai vẫn có thể bị kiểm tra sau thông quan với thời hiệu 05 năm.
Giải phóng hàng và thông quan khác nhau thế nào?
Thông quan (Điều 37) là hoàn thành thủ tục hải quan. Giải phóng hàng (Điều 36) áp dụng khi đủ điều kiện nhập khẩu nhưng chưa xác định được số thuế chính thức — thời hạn xác định số thuế chính thức không quá 30 ngày kể từ ngày giải phóng.
Mức phạt vi phạm hải quan hiện nay theo văn bản nào?
Theo Nghị định 169/2026/NĐ-CP (hiệu lực 01/7/2026). Nghị định 128/2020/NĐ-CP đã hết hiệu lực — mọi căn cứ xử phạt cũ theo Nghị định 128 đều không còn áp dụng.
Thông tin trên chỉ mang tính tham khảo, không phải tư vấn pháp lý.
Thông tin mang tính tham khảo, không phải tư vấn pháp lý. Nội dung do AI Legal Council kiểm tra chất lượng, chưa được luật sư người thật duyệt.