Hầu hết tờ khai hải quan hiện nay được thực hiện trên hệ thống điện tử VNACCS/VCIS. Nhưng khai thế nào cho đúng, và khi phát hiện sai sót thì sửa ra sao — trước hay sau thông quan, có bị phạt không — là những câu hỏi khiến nhiều nhân viên xuất nhập khẩu lúng túng. Bài viết hướng dẫn chi tiết theo pháp luật hiện hành, với mốc thời gian quan trọng nhất là 60 ngày sau thông quan và cơ chế khai bổ sung tại Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC (bản sửa đổi bởi khoản 8 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC, hiệu lực 01/02/2026).
Khai tờ khai hải quan điện tử là gì?
Điều 29.2 Luật Hải quan quy định khai hải quan điện tử là nguyên tắc; tờ khai giấy chỉ áp dụng trong trường hợp do Chính phủ quy định. Người khai phải khai đầy đủ, chính xác, rõ ràng (Điều 29.1). Thực tế, tờ khai điện tử được thực hiện qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan VNACCS/VCIS (vận hành từ ngày 01/4/2014), bằng phần mềm khai hải quan kết nối với hệ thống và ký chữ ký số (Điều 18 Thông tư 38/2015/TT-BTC; Điều 24.2 Luật Hải quan về giá trị của chứng từ điện tử).
Sau khi gửi tờ khai, hệ thống tự động đăng ký và phân luồng 1/2/3 (Điều 19 Thông tư 38/2015/TT-BTC, sửa đổi bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC và Thông tư 121/2025/TT-BTC): luồng 1 chấp nhận thông tin khai, luồng 2 kiểm tra chứng từ, luồng 3 kiểm tra thực tế hàng hoá.
Điều kiện để khai điện tử
- Chữ ký số của người khai hải quan (tổ chức hoặc cá nhân được uỷ quyền), còn hiệu lực và đã đăng ký với cơ quan hải quan.
- Phần mềm khai hải quan tương thích, kết nối ổn định với hệ thống VNACCS/VCIS.
- Tài khoản khai hải quan điện tử theo quy định; doanh nghiệp cần chuẩn bị thông tin về hàng hoá, mã HS, trị giá, thuế suất trước khi khai.
Các bước khai tờ khai điện tử
Bước 1: nhập đầy đủ các chỉ tiêu trên tờ khai theo Phụ lục II Thông tư 38/2015/TT-BTC (bản Thông tư 121/2025/TT-BTC) — thông tin người xuất/nhập khẩu, mô tả hàng hoá, mã HS, số lượng, trị giá, thuế suất, phương thức vận chuyển.
Bước 2: kiểm tra tính hợp lệ của dữ liệu, ký số và gửi tờ khai đến hệ thống.
Bước 3: nhận kết quả phân luồng tự động và thực hiện theo yêu cầu tương ứng (nộp chứng từ nếu luồng 2, đưa hàng kiểm tra nếu luồng 3, nộp thuế/bảo lãnh nếu luồng 1).
Bước 4: hoàn thành nghĩa vụ thuế, phí và nhận quyết định thông quan.
Khai bổ sung trong quá trình thông quan
Khai bổ sung là việc khai sửa đổi, bổ sung thông tin trên tờ khai hải quan và nộp các chứng từ có liên quan. Nội dung Điều 20 hiện hành là bản sửa đổi bởi Thông tư 121/2025/TT-BTC (hiệu lực 01/02/2026) — khác đáng kể so với bản Thông tư 39/2018/TT-BTC mà nhiều tài liệu cũ vẫn dẫn. Ba tình huống trong quá trình thông quan:
- Trước khi cơ quan hải quan thông báo kết quả phân luồng: người khai được khai bổ sung.
- Sau phân luồng nhưng trước khi hải quan kiểm tra trực tiếp hồ sơ: được khai bổ sung và không bị xử phạt (khoản 2 Điều 7 Nghị định 169/2026/NĐ-CP).
- Sau khi hải quan đã kiểm tra hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế nhưng trước thông quan: vẫn được khai bổ sung nhưng bị xử lý theo pháp luật về thuế và pháp luật xử lý vi phạm hành chính.
Sửa tờ khai sau thông quan: mốc 60 ngày và 2 điều kiện
Sau khi hàng đã thông quan, người khai tự phát hiện sai sót vẫn được khai bổ sung nếu đáp ứng đồng thời hai điều kiện (khoản 2 Điều 7 Nghị định 169/2026/NĐ-CP):
- Khai bổ sung trong 60 ngày kể từ ngày thông quan; và
- Khai bổ sung trước thời điểm cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan, thanh tra hoặc kiểm tra.
Đáp ứng đủ hai điều kiện thì không bị xử phạt. Lưu ý bẫy phổ biến: nếu đã có quyết định kiểm tra sau thông quan thì dù vẫn còn trong 60 ngày, cơ chế tự khai bổ sung để miễn xử phạt cũng không còn áp dụng. Hai quan niệm sai cần loại bỏ: “quá 60 ngày là hết sửa” (sai) và “cứ trong 60 ngày là tự động miễn phạt” (thiếu điều kiện thứ hai).
Quá 60 ngày bị phạt bao nhiêu? Phạt 10% khi nào, 20% khi nào?
- Phạt 10% (Điều 10 khoản 2 Nghị định 169/2026/NĐ-CP): người khai tự phát hiện và khai bổ sung sau 60 ngày kể từ ngày thông quan nhưng trước thời điểm có quyết định kiểm tra sau thông quan, thanh tra, kiểm tra. Mức phạt tính trên số thuế khai thiếu hoặc số thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu tăng thêm.
- Phạt 20% (Điều 10 khoản 3): cơ quan hải quan phát hiện vi phạm trong quá trình làm thủ tục; hoặc bị phát hiện khi kiểm tra sau thông quan, thanh tra, kiểm toán, kiểm tra. Trường hợp không khai bổ sung về trị giá hải quan theo quy định mà bị phát hiện (hàng chưa có giá chính thức tại thời điểm đăng ký tờ khai, khoản thực thanh toán, khoản điều chỉnh cộng chưa xác định được) cũng bị phạt 20%.
Kèm theo phạt tiền là biện pháp buộc nộp đủ số tiền thuế thiếu (Điều 6 Nghị định 169/2026/NĐ-CP). Toàn bộ chế tài trên lấy từ Nghị định 169/2026/NĐ-CP (ban hành 15/5/2026, hiệu lực 01/7/2026) — Nghị định 128/2020/NĐ-CP đã hết hiệu lực từ 01/7/2026, không còn được trích dẫn cho bất kỳ mức phạt nào.
Những trường hợp không được khai bổ sung sau thông quan
Cơ chế khai bổ sung sau thông quan không áp dụng cho sai sót liên quan đến giấy phép xuất khẩu/nhập khẩu và kiểm tra chuyên ngành (kiểm tra chất lượng, y tế, văn hoá, kiểm dịch động vật, kiểm dịch thực vật, an toàn thực phẩm). Sai sót thuộc nhóm này được xử lý theo cơ chế riêng, không thể “chữa” bằng khai bổ sung 60 ngày. Ngoài ra, Phụ lục II Thông tư 121/2025/TT-BTC liệt kê các chỉ tiêu không được khai bổ sung — người khai cần đối chiếu trước khi thực hiện.
Kiểm tra sau thông quan — “đồng hồ” 5 năm
Kiểm tra sau thông quan được thực hiện tại trụ sở người khai hải quan, với thời hiệu 05 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai (Điều 78–79 Luật Hải quan). Đây là “đồng hồ” chạy song song với mốc 60 ngày nêu trên. Về thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính, Điều 5 Nghị định 169/2026/NĐ-CP quy định: 05 năm đối với vi phạm hành chính về quản lý thuế (trốn thuế chưa đến mức truy cứu hình sự; khai sai dẫn đến thiếu thuế hoặc tăng số thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu); 02 năm đối với hành vi vi phạm khác trong lĩnh vực hải quan; quá thời hiệu xử phạt vẫn bị truy thu thuế trong thời hạn 10 năm.
Một điểm cần phân biệt rõ: khai bổ sung khác với huỷ tờ khai (Điều 22 Thông tư 38/2015/TT-BTC) — đây là hai thủ tục hoàn toàn khác nhau, áp dụng cho các tình huống khác nhau.
Doanh nghiệp cần hỗ trợ rà soát tờ khai, xử lý sai sót hoặc chuẩn bị cho kiểm tra sau thông quan có thể liên hệ đội ngũ luật sư của FLAT Law Firm qua trang liên hệ để được tư vấn phương án phù hợp với từng giai đoạn phát hiện sai sót.
Câu hỏi thường gặp
Quá 60 ngày sau thông quan có được sửa tờ khai không?
Được. Quá 60 ngày nhưng trước thời điểm có quyết định kiểm tra sau thông quan, thanh tra hoặc kiểm tra, người khai vẫn được khai bổ sung — chỉ khác là bị phạt 10% số thuế khai thiếu (Điều 10 khoản 2 Nghị định 169/2026/NĐ-CP).
Khai bổ sung trong 60 ngày có chắc chắn không bị phạt?
Chưa chắc. Phải đồng thời đáp ứng điều kiện thứ hai: khai bổ sung trước thời điểm cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan, thanh tra hoặc kiểm tra. Nếu đã có quyết định kiểm tra thì không còn được miễn xử phạt.
Sai sót về giấy phép nhập khẩu có khai bổ sung được không?
Không. Sai sót liên quan đến giấy phép xuất khẩu/nhập khẩu và kiểm tra chuyên ngành không thuộc phạm vi cơ chế khai bổ sung sau thông quan.
Tờ khai trị giá chưa có giá chính thức xử lý thế nào?
Khai bổ sung trị giá đúng thời hạn theo quy định thì thuộc trường hợp không bị xử phạt (khoản 2 Điều 7 Nghị định 169/2026/NĐ-CP). Nếu không khai bổ sung mà bị phát hiện khi kiểm tra, thanh tra thì bị phạt 20% (khoản 3 Điều 10).
Thông tin trên chỉ mang tính tham khảo, không phải tư vấn pháp lý.
Thông tin mang tính tham khảo, không phải tư vấn pháp lý. Nội dung do AI Legal Council kiểm tra chất lượng, chưa được luật sư người thật duyệt.
