Trong phòng đàm phán của một thương vụ bán dự án tại Long An, câu hỏi làm cả hai bên chậm lại không phải là giá, mà là một dòng trong bảng tính của bên mua: thuế chuyển nhượng vốn bao nhiêu, tính trên cái gì, và ai là người phải nộp. Bên bán muốn giá “net”, bên mua muốn khấu trừ tại nguồn, còn cơ quan thuế chờ một tờ khai đúng bản chất. Bài viết này gỡ ba nút đó theo đúng khung pháp luật đang áp dụng tại thời điểm giao dịch, vì dùng nhầm một khung cũ là đủ làm sai lệch cả cơ cấu giá của thương vụ.
Căn cứ pháp lý đang áp dụng
Thuế trên giao dịch chuyển nhượng vốn của nhà đầu tư nước ngoài đánh vào thu nhập từ chuyển nhượng, không đánh trên toàn bộ giá bán trong trường hợp thông thường. Với bên bán là tổ chức, thu nhập chuyển nhượng vốn bằng giá chuyển nhượng trừ giá vốn của phần vốn và chi phí chuyển nhượng, và chịu thuế thu nhập doanh nghiệp theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15. Khi bên bán là tổ chức nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam, việc kê khai, khấu trừ và nộp thay được thực hiện theo khung thuế đối với nhà thầu và tổ chức nước ngoài tại Nghị định 320/2025/NĐ-CP và Thông tư 20/2026/TT-BTC, khung đã thay thế phần tương ứng của Thông tư 103/2014/TT-BTC.
Với bên bán là cá nhân, thuế thu nhập cá nhân theo Luật số 109/2025/QH15 phân biệt hai trường hợp rất dễ nhầm. Chuyển nhượng phần vốn góp trong doanh nghiệp không phải chứng khoán: thuế tính 20% trên thu nhập, tức giá bán trừ giá vốn và chi phí hợp lý liên quan. Chuyển nhượng chứng khoán: thuế tính 0,1% trên giá chuyển nhượng từng lần, không trừ chi phí. Áp nhầm công thức của chứng khoán cho một thương vụ chuyển nhượng phần vốn góp trong công ty trách nhiệm hữu hạn là lỗi định lượng nghiêm trọng nhất trong mảng này, vì chênh lệch giữa hai công thức có thể lên tới hàng chục lần số thuế.
Phân tích theo tình huống của doanh nghiệp
Ai là người nộp và ai là người khấu trừ
Người nộp thuế về bản chất là bên bán, vì thuế đánh vào thu nhập của bên bán từ giao dịch. Nhưng cơ chế thu thì khác: khi bên bán là tổ chức nước ngoài không hiện diện tại Việt Nam, bên mua hoặc doanh nghiệp Việt Nam có phần vốn được chuyển nhượng đứng ra kê khai, khấu trừ và nộp thay vào ngân sách trước khi tiền chuyển nhượng được thanh toán ra nước ngoài, và ngân hàng sẽ đòi chứng từ của khâu này trong hồ sơ chuyển tiền. Với bên bán là cá nhân, doanh nghiệp nơi cá nhân chuyển nhượng vốn hoặc tổ chức chi trả thực hiện khấu trừ tùy theo hình thức giao dịch. Các bên cần viết rõ trong hợp đồng chuyển nhượng ai chịu trách nhiệm tờ khai, ai giữ chứng từ nộp, và giá hợp đồng là giá trước hay sau thuế, vì tranh chấp về thuế trong các thương vụ này gần như luôn bắt nguồn từ một câu chữ mơ hồ trong hợp đồng.
Hiệp định tránh đánh thuế hai lần có giúp được không
Việt Nam có mạng lưới hiệp định tránh đánh thuế hai lần rộng, và hầu hết các hiệp định đều có điều khoản về lợi tức từ chuyển nhượng vốn. Tuy nhiên lợi thế của hiệp định với giao dịch chuyển nhượng vốn hẹp hơn nhiều người tưởng: đa số hiệp định vẫn cho phép Việt Nam đánh thuế khi phần vốn chuyển nhượng gắn với công ty có tài sản chủ yếu là bất động sản tại Việt Nam, và với các cổ phần, phần vốn có tỷ lệ tham gia đáng kể. Thủ tục áp dụng hiệp định đòi hỏi hồ sơ thông báo và chứng từ cư trú thuế của bên bán nộp cho cơ quan thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15; không hoàn tất thủ tục thì khoản thuế vẫn bị khấu trừ theo luật trong nước và bên bán phải đi đường hoàn thuế sau đó, một hành trình dài hơn nhiều.
Giá vốn: con số quyết định số thuế thực tế
Vì thuế đánh trên thu nhập, giá vốn của phần vốn chuyển nhượng là biến số quyết định. Giá vốn gồm giá trị vốn góp ban đầu theo hồ sơ góp vốn qua tài khoản vốn, các đợt tăng vốn và phần vốn nhận chuyển nhượng trước đó có chứng từ thanh toán. Bên bán nắm giữ phần vốn qua nhiều năm với nhiều đợt biến động mà không lưu trữ chuỗi chứng từ góp vốn sẽ rơi vào thế bất lợi: cơ quan thuế chỉ chấp nhận phần giá vốn được chứng minh bằng chứng từ, và phần không chứng minh được bị coi là thu nhập chịu thuế. Chuẩn bị hồ sơ giá vốn vì vậy là việc phải làm trước khi ký hợp đồng, song song với đàm phán giá, chứ không phải việc để tới lúc làm tờ khai mới lục tìm.
Trình tự thực hiện và checklist hồ sơ
- Xác định tư cách bên bán (tổ chức hay cá nhân) và bản chất phần vốn (vốn góp hay chứng khoán) để chọn đúng công thức thuế.
- Tập hợp hồ sơ giá vốn: chứng từ góp vốn qua tài khoản vốn, các đợt tăng vốn, chứng từ nhận chuyển nhượng trước đó.
- Tính thu nhập chuyển nhượng (giá bán trừ giá vốn trừ chi phí chuyển nhượng) và số thuế theo khung hiện hành.
- Thỏa thuận trong hợp đồng: bên chịu trách nhiệm kê khai, khấu trừ, nộp thay và cách ghi giá trước hoặc sau thuế.
- Hoàn tất kê khai, nộp thuế và giữ chứng từ làm điều kiện cho hồ sơ ngân hàng chuyển tiền ra nước ngoài.
Rủi ro và lưu ý thực tiễn
Rủi ro định lượng lớn nhất là áp sai công thức giữa hai chế độ của cá nhân hoặc quên rằng bên bán tổ chức được trừ giá vốn, dẫn tới dự toán thuế của thương vụ lệch hẳn và các bên đàm phán trên một con số sai. Rủi ro thứ hai là hồ sơ giá vốn không chứng minh được sau nhiều năm nắm giữ, khiến phần vốn góp thật sự đã bỏ ra vẫn bị đánh thuế như thu nhập. Cả hai rủi ro đều không sửa được ở ngày nộp tờ khai; chúng phải được xử lý từ khâu cấu trúc thương vụ và thu thập chứng từ trước khi ký.
Câu hỏi thường gặp
Bán dự án FDI cho NĐTNN thì nộp thuế chuyển nhượng vốn bao nhiêu?
Thuế không tính một tỷ lệ cố định trên giá bán trong trường hợp thông thường. Bên bán là tổ chức nộp thuế thu nhập doanh nghiệp trên thu nhập chuyển nhượng (giá bán trừ giá vốn trừ chi phí chuyển nhượng) theo Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15. Bên bán là cá nhân nộp thuế thu nhập cá nhân 20% trên thu nhập đối với chuyển nhượng vốn góp, theo Luật 109/2025/QH15.
Thuế chuyển nhượng vốn tính trên giá bán hay lợi nhuận?
Tính trên thu nhập, tức phần lãi của giao dịch: giá chuyển nhượng trừ giá vốn của phần vốn và chi phí chuyển nhượng hợp lý. Ngoại lệ là chuyển nhượng chứng khoán của cá nhân, nơi thuế tính 0,1% trên giá chuyển nhượng từng lần mà không trừ chi phí. Nhầm lẫn giữa hai cơ chế này là lỗi phổ biến và gây chênh lệch số thuế rất lớn.
Ai là người nộp thuế — bên bán hay bên mua?
Bên bán là người nộp thuế vì thuế đánh vào thu nhập của bên bán. Tuy nhiên khi bên bán là tổ chức nước ngoài không hiện diện tại Việt Nam, bên mua hoặc doanh nghiệp Việt Nam có phần vốn chuyển nhượng thực hiện kê khai, khấu trừ và nộp thay trước khi tiền được chuyển ra nước ngoài, theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP và Thông tư 20/2026/TT-BTC.
Có được áp dụng hiệp định tránh đánh thuế hai lần không?
Có thể, theo điều khoản lợi tức chuyển nhượng vốn của hiệp định giữa Việt Nam và nước cư trú của bên bán, kèm thủ tục thông báo và chứng từ cư trú thuế theo Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15. Nhưng đa số hiệp định vẫn giữ quyền đánh thuế cho Việt Nam khi phần vốn gắn với công ty giàu bất động sản hoặc tỷ lệ tham gia đáng kể, nên lợi ích miễn giảm phải được kiểm tra theo từng hiệp định cụ thể.
Bài viết đã được FLAW AI Legal Council kiểm tra chất lượng