FLAT LAW FIRM
Yêu cầu tư vấn

Thuế giá trị gia tăng cho doanh nghiệp FDI: khấu trừ, hoàn thuế và xuất hóa đơn

Thuế giá trị gia tăng (GTGT) là sắc thuế mà doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) "chạm" vào mỗi ngày — trong từng hóa đơn bán hàng, từng lô hàng nhập khẩu, từng khoản thanh toán cho nhà cung cấp. Từ ngày 01/7/2025, Luật Thuế GTGT 2024 (48/2024/QH15) thay thế toàn bộ luật cũ với nhiều thay đổi ảnh hưởng trực tiếp đến thuế GTGT doanh nghiệp FDI: bỏ ngưỡng 20 triệu đồng cho chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, bổ sung trường hợp hoàn thuế mới, điều chỉnh thuế suất của nhiều nhóm hàng hóa và luật hóa thời điểm xác định thuế GTGT. Bài viết này hệ thống toàn diện: đối tượng nộp thuế, thuế suất, điều kiện khấu trừ đầu vào, các trường hợp hoàn thuế và quy định xuất hóa đơn điện tử — kèm sai lầm thực tế và checklist hành động.

Mục lục

1. Thuế GTGT là gì? Doanh nghiệp FDI nộp theo phương pháp nào?

Thuế GTGT là thuế tính trên phần giá trị tăng thêm của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong quá trình từ sản xuất, lưu thông đến tiêu dùng. Về bản chất, đây là thuế gián thu — người tiêu dùng cuối cùng chịu, doanh nghiệp chỉ là người thu hộ và nộp vào ngân sách. Nhưng với doanh nghiệp, thuế GTGT lại là nghĩa vụ có tần suất cao nhất: kê khai hàng tháng hoặc hàng quý, đối chiếu đầu vào – đầu ra liên tục, và mọi sai sót đều để lại dấu vết trên hóa đơn điện tử mà cơ quan thuế có thể tra cứu.

Hầu hết doanh nghiệp FDI áp dụng phương pháp khấu trừ: số thuế GTGT phải nộp trong kỳ bằng số thuế GTGT đầu ra (thuế tính trên giá bán) trừ đi số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ (thuế đã trả khi mua hàng hóa, dịch vụ). Nếu đầu vào lớn hơn đầu ra, số chênh lệch được khấu trừ chuyển sang kỳ sau hoặc — khi đủ điều kiện — được hoàn thuế. Phương pháp tính thuế trực tiếp trên GTGT chỉ áp dụng cho một số đối tượng đặc thù (hộ, cá nhân kinh doanh, doanh nghiệp không thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn) mà doanh nghiệp FDI thông thường không thuộc diện.

Điểm mấu chốt doanh nghiệp FDI cần nắm: quyền được khấu trừ và hoàn thuế GTGT đầu vào không phải tự động — nó phụ thuộc vào việc đáp ứng đầy đủ các điều kiện về hóa đơn, chứng từ thanh toán và hạch toán mà mục 5 và 6 dưới đây phân tích chi tiết.

2. Khung pháp lý về thuế GTGT năm 2026

  • Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 (48/2024/QH15): văn bản gốc, hiệu lực từ ngày 01/7/2025, thay thế Luật Thuế GTGT 2008. Quy định về người nộp thuế, đối tượng không chịu thuế, căn cứ và phương pháp tính thuế, khấu trừ và hoàn thuế.
  • Luật 149/2025/QH15 (thông qua ngày 11/12/2025, hiệu lực 01/01/2026): luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT 2024 — sửa đổi khoản 1 và khoản 25 Điều 5 (đối tượng không chịu thuế, trong đó có ngưỡng doanh thu 500 triệu đồng của hộ, cá nhân kinh doanh), khoản 5 Điều 9, đồng thời bãi bỏ khoản 3 Điều 12 và điểm c khoản 9 Điều 15.
  • Luật 90/2025/QH15 (thông qua ngày 25/6/2025): luật sửa đổi 8 luật về tài chính, đầu tư (đấu thầu, PPP, hải quan, GTGT, xuất nhập khẩu, đầu tư, đầu tư công, quản lý tài sản công) — có sửa đổi Luật Thuế GTGT 2024 trước khi Luật 149/2025/QH15 có hiệu lực.
  • Luật số 09/2026/QH16 (thông qua ngày 24/4/2026; Điều 1, 2, 3 của Luật có hiệu lực từ 01/01/2026): tiếp tục sửa khoản 25 Điều 5 Luật Thuế GTGT — ngưỡng doanh thu của hộ, cá nhân kinh doanh thuộc diện không chịu thuế GTGT do Chính phủ quy định phù hợp với chỉ số kinh tế vĩ mô (thay cho mức 500 triệu đồng cố định). Nghị định 141/2026/NĐ-CP (ban hành ngày 29/4/2026, hiệu lực từ 01/01/2026) nâng ngưỡng này lên 01 tỷ đồng/năm (sửa Nghị định 68/2026/NĐ-CP).
  • Nghị quyết 204/2025/QH15 (thông qua ngày 17/6/2025): chính sách giảm 2% thuế suất thuế GTGT (từ 10% xuống 8%) cho các nhóm hàng hóa, dịch vụ đang áp dụng mức 10%, trừ một số nhóm (viễn thông, hoạt động tài chính, ngân hàng, chứng khoán, bảo hiểm, kinh doanh bất động sản, sản phẩm kim loại, sản phẩm khai khoáng (trừ than), sản phẩm hàng hóa và dịch vụ chịu thuế tiêu thụ đặc biệt (trừ xăng)); áp dụng từ 01/7/2025 đến hết 31/12/2026, hướng dẫn tại Nghị định 174/2025/NĐ-CP.
  • Nghị định 181/2025/NĐ-CP: quy định chi tiết thi hành Luật Thuế GTGT, trong đó có điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
  • Nghị định 254/2026/NĐ-CP (hiệu lực 01/7/2026; thay thế Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Nghị định 70/2025/NĐ-CP): quy định về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử — bao gồm hóa đơn điện tử mà doanh nghiệp FDI bắt buộc sử dụng.
  • Luật Quản lý thuế 2025 (108/2025/QH15): điều chỉnh thủ tục khai, nộp, hoàn thuế và xử lý vi phạm.

Lưu ý về hiệu lực: các quy định của Luật Thuế GTGT 2008 (ví dụ ngưỡng 20 triệu đồng cho chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, danh mục thuế suất cũ) đã hết hiệu lực từ 01/7/2025. Doanh nghiệp cần rà soát lại toàn bộ quy trình mua hàng, thanh toán và kê khai để phù hợp với luật mới.

3. Đối tượng không chịu thuế GTGT cần biết

Điều 5 Luật 48/2024/QH15 liệt kê các hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT. Với doanh nghiệp FDI, các nhóm đáng chú ý gồm: chuyển nhượng vốn (lưu ý: không bao gồm chuyển nhượng dự án đầu tư hoặc bán tài sản — các hoạt động này vẫn chịu thuế GTGT); một số dịch vụ tài chính, ngân hàng; và các đối tượng đặc thù khác theo danh mục luật định.

Hệ quả pháp lý quan trọng: cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT thì không được khấu trừ và không được hoàn thuế GTGT đầu vào, trừ trường hợp được áp dụng thuế suất 0%. Quy tắc này tạo ra "bẫy" thực tế cho doanh nghiệp FDI hoạt động đa ngành: ví dụ một công ty vừa sản xuất hàng chịu thuế vừa có hoạt động chuyển nhượng vốn không chịu thuế — nếu không hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào dùng cho từng hoạt động, doanh nghiệp có nguy cơ bị loại toàn bộ phần thuế đầu vào liên quan đến hoạt động không chịu thuế khi cơ quan thuế kiểm tra. Giải pháp là tổ chức hạch toán riêng ngay từ đầu, hoặc phân bổ theo tỷ lệ doanh thu theo hướng dẫn của cơ quan thuế.

4. Thuế suất thuế GTGT: 0%, 5% và 10%

Điều 9 Luật 48/2024/QH15 quy định ba mức thuế suất:

Thuế suất 0% áp dụng đối với hàng hóa xuất khẩu, dịch vụ xuất khẩu và một số trường hợp đặc thù. Luật 2024 đã bổ sung và làm rõ nhiều đối tượng, gồm: vận tải quốc tế; công trình xây dựng, lắp đặt ở nước ngoài và trong khu phi thuế quan; hàng hóa bán tại khu vực cách ly cho người đã làm thủ tục xuất cảnh; hàng hóa bán tại cửa hàng miễn thuế; dịch vụ cho thuê phương tiện vận tải sử dụng ngoài lãnh thổ Việt Nam; dịch vụ của ngành hàng không, hàng hải cung ứng trực tiếp cho vận tải quốc tế. Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được định nghĩa rõ là hàng hóa, dịch vụ cung ứng trực tiếp cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và được tiêu dùng ở ngoài Việt Nam. Với doanh nghiệp FDI sản xuất xuất khẩu — đối tượng rất phổ biến trong các khu công nghiệp — việc áp dụng đúng thuế suất 0% là tiền đề để được hoàn thuế GTGT đầu vào.

Thuế suất 5% áp dụng cho các hàng hóa, dịch vụ thiết yếu và một số nhóm đặc thù: nước sạch phục vụ sản xuất và sinh hoạt; phân bón, quặng để sản xuất phân bón, thuốc bảo vệ thực vật; thiết bị dùng cho giảng dạy và học tập; và theo luật mới, tàu khai thác thủy sản tại vùng biển, máy móc, thiết bị chuyên dùng phục vụ sản xuất nông nghiệp chuyển từ diện không chịu thuế sang chịu thuế 5%. Ngược lại, một số nhóm từ 5% chuyển lên 10%: lâm sản chưa qua chế biến; đường và phụ phẩm sản xuất đường; thiết bị, dụng cụ chuyên dùng cho giảng dạy, nghiên cứu, thí nghiệm khoa học; hoạt động văn hóa, triển lãm, thể dục thể thao, biểu diễn nghệ thuật; sản xuất, nhập khẩu, phát hành và chiếu phim.

Thuế suất 10% là mức phổ thông, áp dụng cho hàng hóa, dịch vụ không thuộc diện không chịu thuế, 0% hoặc 5%. Điểm mới đáng chú ý: dịch vụ do nhà cung cấp nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam cung cấp cho tổ chức, cá nhân tại Việt Nam qua kênh thương mại điện tử và nền tảng số áp dụng thuế suất 10% — quy định tác động trực tiếp đến doanh nghiệp FDI mua dịch vụ phần mềm, quảng cáo, nền tảng số từ nước ngoài.

Chính sách giảm thuế GTGT còn 8%: theo Nghị quyết 204/2025/QH15, từ 01/7/2025 đến hết 31/12/2026, các nhóm hàng hóa, dịch vụ đang áp dụng thuế suất 10% được giảm 2% (còn 8%), trừ một số nhóm loại trừ (viễn thông, hoạt động tài chính, ngân hàng, chứng khoán, bảo hiểm, kinh doanh bất động sản, sản phẩm kim loại, sản phẩm khai khoáng (trừ than), sản phẩm hàng hóa và dịch vụ chịu thuế tiêu thụ đặc biệt (trừ xăng)). Doanh nghiệp FDI xuất hóa đơn trong thời gian này phải áp đúng mức 8% cho hàng hóa, dịch vụ thuộc diện giảm — xuất sai mức 10% làm tăng giá bán cho khách hàng và có thể bị yêu cầu điều chỉnh hóa đơn, kê khai lại.

Doanh nghiệp cần lưu ý: áp sai thuế suất (ví dụ xuất hóa đơn 10% cho hàng hóa thuộc diện 5%, hoặc ngược lại) không chỉ dẫn đến khai sai số thuế phải nộp mà còn ảnh hưởng đến quyền khấu trừ của bên mua và có thể bị xử phạt vi phạm hành chính.

5. Khấu trừ thuế GTGT đầu vào

Điều 14 Luật 48/2024/QH15 quy định về khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Để được khấu trừ, hàng hóa, dịch vụ mua vào phải đáp ứng các điều kiện:

  • Có hóa đơn GTGT hợp pháp: hóa đơn điện tử của bên bán ghi đúng, đủ nội dung theo quy định. Hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn, ngừng hoạt động hoặc hóa đơn không hợp pháp thì thuế GTGT đầu vào tương ứng không được khấu trừ.
  • Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt: điểm mới quan trọng so với luật cũ (ngưỡng 20 triệu đồng) — theo Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ từng lần có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT) phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt mới được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Ngưỡng mới thấp hơn nhiều so với trước đây, đòi hỏi doanh nghiệp FDI rà soát lại toàn bộ quy trình thanh toán: các khoản chi tiền mặt từ 05 triệu đồng trở lên đều mất quyền khấu trừ.
  • Hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT: như đã nêu tại mục 3, phần thuế đầu vào dùng cho hoạt động không chịu thuế không được khấu trừ.

Luật 2024 cũng bổ sung một số chứng từ được khấu trừ đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu như phiếu đóng gói, vận đơn, chứng từ bảo hiểm hàng hóa (trừ một số trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ).

Về xử lý sai, sót: khi phát hiện kê khai, khấu trừ sai trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế, doanh nghiệp được kê khai bổ sung — sai sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn thì kê khai bổ sung vào kỳ phát sinh sai sót (đồng thời nộp bổ sung thuế và tiền chậm nộp nếu có); sai sót làm giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ ảnh hưởng đến số thuế được khấu trừ chuyển kỳ sau thì kê khai vào kỳ phát hiện sai sót. Quy tắc này giúp doanh nghiệp chủ động sửa sai với chi phí thấp nhất, thay vì chờ đến khi bị thanh tra.

6. Hoàn thuế GTGT: các trường hợp doanh nghiệp FDI cần biết

Điều 15 Luật 48/2024/QH15 quy định các trường hợp hoàn thuế GTGT. Với doanh nghiệp FDI, ba nhóm quan trọng nhất là:

Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu mà số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế theo tháng, quý. Trường hợp vừa có hàng xuất khẩu vừa có hàng tiêu thụ nội địa, doanh nghiệp phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào dùng cho hàng xuất khẩu; nếu không hạch toán riêng được thì xác định theo tỷ lệ doanh thu xuất khẩu trên tổng doanh thu chịu thuế của kỳ hoàn thuế. Số thuế được hoàn của hàng xuất khẩu không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu của kỳ hoàn thuế. Lưu ý: không hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu sang nước khác.

Hoàn thuế đối với dự án đầu tư mới. Cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới đang trong giai đoạn đầu tư mà số thuế GTGT đầu vào của dự án chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế. Luật 2024 bổ sung hoàn thuế cho dự án đầu tư mở rộng trong giai đoạn đầu tư. Thời hạn đề nghị hoàn thuế không quá 01 năm kể từ ngày dự án đầu tư (hoặc giai đoạn, hạng mục đầu tư) hoàn thành — trong đó ngày hoàn thành được xác định là ngày phát sinh doanh thu của dự án, không bao gồm doanh thu trong giai đoạn chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính hay thanh lý nguyên vật liệu. Đây là mốc thời gian mà nhiều chủ đầu tư FDI bỏ lỡ, dẫn đến mất quyền hoàn thuế của cả dự án.

Hoàn thuế cho cơ sở chỉ sản xuất hàng hóa, dịch vụ chịu thuế 5%. Trường hợp mới được bổ sung: cơ sở kinh doanh chỉ sản xuất hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế suất 5% mà số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng hoặc 04 quý thì được hoàn thuế. Trường hợp sản xuất hàng hóa, dịch vụ chịu nhiều mức thuế suất thì được hoàn thuế theo tỷ lệ phân bổ do Chính phủ quy định.

Ngoài ra, lưu ý thay đổi quan trọng về điều kiện hoàn thuế: điểm c khoản 9 Điều 15 Luật 48/2024/QH15 trước đây yêu cầu "người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế" — nhưng điều kiện này đã bị bãi bỏ bởi khoản 3 Điều 1 Luật 149/2025/QH15, có hiệu lực từ 01/01/2026. Theo đó, đối với kỳ hoàn thuế từ 01/01/2026, việc người bán chưa kê khai hoặc chưa nộp thuế GTGT không còn là căn cứ để cơ quan thuế kết luận bên mua không đủ điều kiện hoàn thuế (đối với kỳ hoàn trước 01/01/2026, áp dụng quy định có hiệu lực tại kỳ hoàn tương ứng). Thông tin về tình trạng kê khai, nộp thuế của người bán vẫn được cơ quan thuế sử dụng để đánh giá rủi ro và xác minh khi cần thiết. Đồng thời, Luật 2024 bỏ quy định hoàn thuế liên quan đến chuyển đổi sở hữu, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách doanh nghiệp (trừ trường hợp giải thể, phá sản). Hướng dẫn chuyên sâu về hồ sơ và quy trình hoàn thuế, xem bài viết hoàn thuế VAT cho doanh nghiệp FDI.

7. Xuất hóa đơn điện tử và thời điểm xác định thuế GTGT

Doanh nghiệp FDI phải sử dụng hóa đơn điện tử khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP. Một số nội dung trọng tâm:

  • Thời điểm lập hóa đơn: về nguyên tắc, hóa đơn được lập tại thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế. Lập hóa đơn sai thời điểm (xuất muộn, xuất gộp) là vi phạm về hóa đơn và có thể bị xử phạt độc lập với vi phạm về thuế.
  • Thời điểm xác định thuế GTGT: Luật 48/2024/QH15 đã luật hóa nội dung trước đây nằm ở nghị định, thông tư (Điều 8). Đối với hàng hóa, thời điểm xác định thuế GTGT là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua hoặc thời điểm lập hóa đơn, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền. Quy định này có ý nghĩa thực tế lớn: doanh nghiệp không thể trì hoãn nghĩa vụ thuế GTGT với lý do "khách hàng chưa thanh toán".
  • Hóa đơn điều chỉnh, thay thế: khi phát hiện hóa đơn đã lập có sai sót, doanh nghiệp phải lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế theo quy định, đồng thời kê khai điều chỉnh thuế GTGT tương ứng. Việc tự ý hủy hóa đơn điện tử đã gửi cho người mua mà không lập hóa đơn thay thế là vi phạm.

Doanh nghiệp FDI mới thành lập nên thiết lập quy trình xuất hóa đơn ngay từ đầu — tham khảo hướng dẫn hóa đơn điện tử cho doanh nghiệp FDI mới — vì hệ thống hóa đơn điện tử kết nối trực tiếp với cơ quan thuế, mọi bất thường đều có thể bị phát hiện tự động.

8. Năm sai lầm phổ biến về thuế GTGT của doanh nghiệp FDI

Sai lầm 1: Thanh toán tiền mặt từ 05 triệu đồng rồi đòi khấu trừ. Thói quen chi tiền mặt cho các khoản mua hàng vài triệu đồng vẫn tồn tại ở nhiều doanh nghiệp, trong khi Nghị định 181/2025/NĐ-CP (Điều 26) yêu cầu hóa đơn từng lần từ 05 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt mới được khấu trừ — thấp hơn nhiều so với ngưỡng 20 triệu đồng của luật cũ. Cách phòng tránh: quy định nội bộ bắt buộc thanh toán chuyển khoản cho mọi giao dịch mua hàng hóa, dịch vụ từ 05 triệu đồng trở lên; chỉ dùng tiền mặt cho các khoản chi nhỏ dưới ngưỡng hoặc không có thuế GTGT đầu vào.

Sai lầm 2: Không hạch toán riêng thuế đầu vào cho hoạt động xuất khẩu và nội địa. Doanh nghiệp vừa xuất khẩu vừa bán nội địa nhưng hạch toán chung, đến khi đề nghị hoàn thuế thì không chứng minh được số thuế đầu vào của hàng xuất khẩu, bị kéo dài thời gian xét hoàn hoặc bị từ chối một phần. Cách phòng tránh: thiết lập mã hạch toán riêng cho thuế GTGT đầu vào của hàng xuất khẩu ngay từ đầu năm.

Sai lầm 3: Bỏ lỡ thời hạn 01 năm đề nghị hoàn thuế dự án đầu tư. Nhiều chủ đầu tư FDI mải vận hành nhà máy sau khi đi vào hoạt động mà quên mất mốc 01 năm kể từ ngày phát sinh doanh thu đầu tiên của dự án. Quá hạn đồng nghĩa với việc số thuế GTGT đầu vào hàng chục, hàng trăm tỷ đồng của giai đoạn đầu tư chỉ được khấu trừ dần thay vì được hoàn bằng tiền. Cách phòng tránh: đưa mốc hoàn thuế dự án vào lịch tuân thủ thuế ngay khi dự án được phê duyệt.

Sai lầm 4: Áp sai thuế suất cho hàng hóa, dịch vụ. Điển hình là tiếp tục xuất hóa đơn theo thuế suất cũ sau khi luật mới điều chỉnh (ví dụ các mặt hàng chuyển từ 5% lên 10% hoặc từ không chịu thuế sang 5%), hoặc áp thuế suất 0% cho dịch vụ chưa đủ điều kiện xuất khẩu. Cách phòng tránh: rà soát lại toàn bộ danh mục hàng hóa, dịch vụ và thuế suất áp dụng sau mỗi lần luật thay đổi; cập nhật hệ thống ERP/kế toán đồng bộ.

Sai lầm 5: Mua dịch vụ từ nhà cung cấp nước ngoài qua nền tảng số mà bỏ quên nghĩa vụ thuế. Khi mua dịch vụ phần mềm, quảng cáo từ nhà cung cấp nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam, doanh nghiệp FDI có thể phát sinh nghĩa vụ khấu trừ, nộp thay thuế (thuế nhà thầu) — trong đó có thành phần thuế GTGT. Xem chi tiết thuế nhà thầu trong hợp đồng với đối tác nước ngoài. Cách phòng tránh: mọi hợp đồng với nhà cung cấp nước ngoài đều phải có điều khoản về thuế và xác định rõ bên chịu trách nhiệm kê khai, nộp thuế tại Việt Nam.

9. Checklist tuân thủ thuế GTGT

  • [ ] Xác định kỳ kê khai thuế GTGT (tháng hoặc quý) và nộp tờ khai, nộp thuế đúng hạn.
  • [ ] Rà soát danh mục hàng hóa, dịch vụ và thuế suất 0%/5%/10% đang áp dụng theo Luật 48/2024/QH15.
  • [ ] Bảo đảm mọi khoản mua hàng hóa, dịch vụ có hóa đơn GTGT hợp pháp; hóa đơn từng lần từ 05 triệu đồng trở lên có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
  • [ ] Hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào dùng cho hàng xuất khẩu, hàng tiêu thụ nội địa và hoạt động không chịu thuế.
  • [ ] Đối chiếu số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết hàng tháng/quý để kịp thời đề nghị hoàn thuế khi đủ điều kiện (từ 300 triệu đồng).
  • [ ] Với dự án đầu tư mới: theo dõi mốc 01 năm đề nghị hoàn thuế kể từ ngày phát sinh doanh thu đầu tiên của dự án.
  • [ ] Xuất hóa đơn điện tử đúng thời điểm; xử lý hóa đơn sai sót bằng hóa đơn điều chỉnh/thay thế.
  • [ ] Khi phát hiện kê khai sai, sót: kê khai bổ sung đúng kỳ (kỳ phát sinh hoặc kỳ phát hiện) trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra.
  • [ ] Với hợp đồng mua dịch vụ từ nhà cung cấp nước ngoài: xác định nghĩa vụ thuế nhà thầu và điều khoản thuế trong hợp đồng.
  • [ ] Lưu trữ hồ sơ thuế đầy đủ: tờ khai, hóa đơn, chứng từ thanh toán, hồ sơ hoàn thuế.

10. Câu hỏi thường gặp

Doanh nghiệp FDI tính thuế GTGT theo phương pháp nào? Hầu hết doanh nghiệp FDI áp dụng phương pháp khấu trừ: thuế GTGT phải nộp bằng thuế GTGT đầu ra trừ thuế GTGT đầu vào được khấu trừ. Điều kiện khấu trừ gồm hóa đơn GTGT hợp pháp và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định (chi tiết tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP). Căn cứ: Điều 14 Luật 48/2024/QH15. Bước tiếp theo: rà soát quy trình thanh toán để bảo đảm mọi giao dịch đều có chứng từ không dùng tiền mặt.

Thuế suất thuế GTGT hiện nay là bao nhiêu? Luật Thuế GTGT 2024 (48/2024/QH15) quy định 3 mức thuế suất tại Điều 9: 0% (hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu và một số trường hợp đặc thù), 5% (nước sạch, phân bón, thiết bị giảng dạy…) và 10% (mức phổ thông, bao gồm dịch vụ của nhà cung cấp nước ngoài qua nền tảng số). Bước tiếp theo: đối chiếu danh mục hàng hóa, dịch vụ của doanh nghiệp với từng mức thuế suất.

Khi nào doanh nghiệp FDI được hoàn thuế GTGT? Theo Điều 15 Luật 48/2024/QH15, các trường hợp chính gồm: cơ sở có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu với số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên; dự án đầu tư mới trong giai đoạn đầu tư (đề nghị hoàn không quá 01 năm sau khi dự án hoàn thành); dự án đầu tư mở rộng; cơ sở chỉ sản xuất hàng hóa, dịch vụ chịu thuế 5% với số thuế chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng sau 12 tháng hoặc 04 quý. Bước tiếp theo: theo dõi số thuế đầu vào chưa khấu trừ hàng kỳ và chuẩn bị hồ sơ đề nghị hoàn.

Xuất hóa đơn điện tử khi nào? Doanh nghiệp FDI phải lập hóa đơn điện tử khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP. Thời điểm xác định thuế GTGT đối với hàng hóa là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua hoặc thời điểm lập hóa đơn, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa. Bước tiếp theo: thiết lập quy trình xuất hóa đơn gắn với thời điểm giao hàng.

Hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT có được khấu trừ đầu vào không? Không. Theo Điều 5 Luật 48/2024/QH15, cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT không được khấu trừ và không được hoàn thuế GTGT đầu vào, trừ trường hợp được áp dụng thuế suất 0%. Doanh nghiệp vừa kinh doanh hàng chịu thuế vừa kinh doanh hàng không chịu thuế phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào. Bước tiếp theo: thiết lập hệ thống hạch toán riêng ngay từ đầu năm tài chính.

Kê khai sai thuế GTGT thì xử lý thế nào? Khi phát hiện sai, sót trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra: sai sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn thì kê khai bổ sung vào kỳ phát sinh sai sót (đồng thời nộp bổ sung thuế và tiền chậm nộp nếu có); sai sót làm giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ ảnh hưởng số thuế được khấu trừ chuyển kỳ sau thì kê khai vào kỳ phát hiện sai sót. Bước tiếp theo: rà soát tờ khai các kỳ trước ngay khi phát hiện sai sót.

11. Khi nào nên làm việc với luật sư

Thuế GTGT của doanh nghiệp FDI cần đến luật sư — phối hợp cùng kế toán — trong các tình huống sau:

  • Doanh nghiệp có số thuế GTGT đầu vào lớn đề nghị hoàn (đặc biệt dự án đầu tư mới, hàng xuất khẩu) và cần chuẩn bị hồ sơ, làm việc với cơ quan thuế trong quá trình xét hoàn, kiểm tra trước hoàn.
  • Doanh nghiệp bị truy thu, phạt do áp sai thuế suất, bị loại thuế GTGT đầu vào hoặc bị từ chối hoàn thuế mà chưa đồng tình với kết luận của cơ quan thuế.
  • Doanh nghiệp hoạt động đa ngành (vừa chịu thuế vừa không chịu thuế, vừa xuất khẩu vừa nội địa) và cần thiết kế hệ thống hạch toán, phân bổ thuế đầu vào ngay từ đầu.
  • Doanh nghiệp ký hợp đồng với nhà cung cấp nước ngoài qua nền tảng số và cần xác định nghĩa vụ thuế nhà thầu, điều khoản thuế trong hợp đồng.
  • Doanh nghiệp tái cấu trúc, sáp nhập, chia tách — các giao dịch có tác động đến quyền khấu trừ và hoàn thuế GTGT.

Trong khuôn khổ tuân thủ thuế tổng thể cho doanh nghiệp FDI, việc rà soát định kỳ các rủi ro thuế giúp doanh nghiệp phát hiện sớm các vấn đề về thuế GTGT. Nếu doanh nghiệp của bạn đang gặp một trong các tình huống trên, hãy liên hệ FLAT Law Firm — hotline 0988424851.

Phiên bản ngôn ngữ

Tài liệu tham khảo

  • Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 (48/2024/QH15), hiệu lực 01/7/2025
  • Luật 149/2025/QH15 ngày 11/12/2025 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, hiệu lực 01/01/2026
  • Luật 90/2025/QH15 ngày 25/6/2025 sửa đổi, bổ sung một số điều của 8 luật về tài chính, đầu tư
  • Luật số 09/2026/QH16 ngày 24/4/2026 sửa đổi, bổ sung một số điều của 4 luật thuế
  • Nghị định 141/2026/NĐ-CP ngày 29/4/2026 (hiệu lực từ 01/01/2026): ngưỡng hộ, cá nhân kinh doanh không chịu thuế GTGT 01 tỷ đồng/năm
  • Nghị quyết 204/2025/QH15 ngày 17/6/2025 về giảm thuế giá trị gia tăng; Nghị định 174/2025/NĐ-CP hướng dẫn thực hiện
  • Thông tư 69/2025/TT-BTC hướng dẫn xác định số thuế GTGT đầu vào được hoàn đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu
  • Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế GTGT
  • Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử (hiệu lực 01/7/2026; thay thế Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Nghị định 70/2025/NĐ-CP)
  • Luật Quản lý thuế 2025 (108/2025/QH15), hiệu lực 01/7/2026