Hóa đơn điện tử cho doanh nghiệp FDI mới

Vấn đề pháp lý chính: hóa đơn điện tử của doanh nghiệp FDI mới

Nghĩa vụ dùng hóa đơn điện tử là tuyệt đối. Doanh nghiệp FDI mới thành lập phải đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử với cơ quan thuế trước khi xuất hóa đơn lần đầu; không còn hình thức hóa đơn giấy hay hóa đơn tự in như trước đây. Hồ sơ đăng ký nộp qua Cổng thông tin điện tử của cơ quan thuế, và doanh nghiệp chỉ được xuất hóa đơn sau khi cơ quan thuế chấp nhận đăng ký.

Phân biệt hai loại hóa đơn điện tử. Hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế (cơ quan thuế cấp mã trước khi gửi cho người mua) áp dụng bắt buộc với một số nhóm đối tượng theo quy định; các doanh nghiệp còn lại dùng hóa đơn điện tử không có mã, gửi dữ liệu đến cơ quan thuế theo phương thức truyền nhận đã đăng ký. FDI mới cần xác định đúng loại mình thuộc để đăng ký một lần, tránh phải chuyển đổi giữa chừng.

Đặc thù FDI: hóa đơn cho giao dịch xuyên biên giới. Khi bán hàng cho công ty mẹ hoặc công ty liên kết ở nước ngoài, doanh nghiệp áp dụng hóa đơn GTGT với thuế suất 0% nếu đáp ứng đủ điều kiện xuất khẩu (hợp đồng, tờ khai hải quan, thanh toán qua ngân hàng). Hóa đơn thương mại (commercial invoice) dùng trong thủ tục hải quan không thay thế hóa đơn điện tử GTGT cho mục đích kê khai thuế trong nước — nhiều FDI nhầm lẫn hai loại chứng từ này.

Xử lý hóa đơn sai sót có quy trình riêng. Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định chi tiết các trường hợp lập hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế và hủy hóa đơn điện tử đã lập, kèm nghĩa vụ thông báo với cơ quan thuế theo mẫu quy định. Tự ý xóa/hủy hóa đơn trên phần mềm mà không thực hiện thủ tục thông báo là vi phạm.

Căn cứ pháp lý và nguồn kiểm tra

• Nghị định 254/2026/NĐ-CP: quy định về hóa đơn, chứng từ (khung pháp lý về hóa đơn điện tử)
• Thông tư 91/2026/TT-BTC: hướng dẫn thực hiện Nghị định 254/2026/NĐ-CP — đăng ký sử dụng, xử lý sai sót, truyền nhận dữ liệu
• Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 (hiệu lực 01/7/2026, thay thế Luật Quản lý thuế 38/2019/QH14): nghĩa vụ về hóa đơn, chứng từ trong quản lý thuế
• Nghị định 125/2020/NĐ-CP: xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn (mức phạt không lập hóa đơn, lập hóa đơn sai thời điểm…)
• Luật Thuế giá trị gia tăng và văn bản hướng dẫn: điều kiện áp dụng thuế suất 0% với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu

Nguồn kiểm tra: Cổng thông tin điện tử của cơ quan thuế (gdt.gov.vn) để đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử và tra cứu văn bản hướng dẫn còn hiệu lực.

Quy trình đăng ký và sử dụng hóa đơn điện tử

Bước 1 — Chuẩn bị chữ ký số và phần mềm. Mua chữ ký số (USB token) đứng tên doanh nghiệp; lựa chọn tổ chức cung cấp giải pháp hóa đơn điện tử (hoặc dùng cổng của cơ quan thuế). Người đại diện theo pháp luật ký các văn bản đăng ký.

Bước 2 — Đăng ký sử dụng với cơ quan thuế. Nộp tờ khai đăng ký/thay đổi thông tin sử dụng hóa đơn điện tử qua Cổng thông tin điện tử của cơ quan thuế, khai rõ loại hóa đơn (có mã/không mã), phương thức truyền nhận dữ liệu. Chỉ xuất hóa đơn sau khi có thông báo chấp nhận của cơ quan thuế.

Bước 3 — Thiết lập mẫu và ký hiệu hóa đơn. Đăng ký ký hiệu mẫu số, ký hiệu hóa đơn theo quy định; thiết lập thông tin bắt buộc trên hóa đơn (tên, địa chỉ, mã số thuế hai bên; tên hàng hóa, dịch vụ; đơn giá, thuế suất…). Với FDI xuất khẩu, chuẩn bị quy trình lập hóa đơn GTGT 0% kèm bộ chứng từ xuất khẩu.

Bước 4 — Vận hành và lưu trữ. Xuất hóa đơn đúng thời điểm theo quy định (thời điểm chuyển giao hàng hóa/hoàn thành dịch vụ, không được lập lùi ngày); lưu trữ hóa đơn điện tử theo thời hạn lưu trữ chứng từ kế toán; định kỳ đối chiếu dữ liệu đã truyền với cơ quan thuế.

Bước 5 — Xử lý sai sót theo Thông tư 91/2026/TT-BTC. Khi phát hiện hóa đơn đã lập có sai sót: lập hóa đơn điều chỉnh (sai nội dung có thể điều chỉnh), hóa đơn thay thế (sai không thể điều chỉnh), hoặc hủy theo đúng trình tự và gửi thông báo đến cơ quan thuế. Mọi thao tác đều phải thể hiện trên hệ thống, không tự ý xóa dữ liệu.

Rủi ro thường gặp

Rủi ro 1 — Xuất hóa đơn trước khi được chấp nhận đăng ký. Doanh nghiệp ký hợp đồng, giao hàng ngay sau thành lập nhưng chưa hoàn tất đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử; hóa đơn xuất trong thời gian này không hợp lệ và bị xử phạt.

Rủi ro 2 — Nhầm hóa đơn thương mại với hóa đơn GTGT. Dùng commercial invoice cho thủ tục hải quan rồi cho rằng đã đủ chứng từ kê khai thuế trong nước; khi quyết toán, doanh thu xuất khẩu thiếu hóa đơn GTGT 0% hợp lệ.

Rủi ro 3 — Không đủ điều kiện thuế suất 0%. Xuất hóa đơn 0% cho giao dịch với công ty mẹ ở nước ngoài nhưng thiếu tờ khai hải quan hoặc thanh toán không qua ngân hàng; bị truy thu thuế GTGT và phạt.

Rủi ro 4 — Tự ý hủy hóa đơn sai quy trình. Phát hiện sai sót, kế toán tự xóa hóa đơn trên phần mềm mà không lập hóa đơn điều chỉnh/thay thế và không thông báo cơ quan thuế — vi phạm quy định về quản lý, sử dụng hóa đơn.

Rủi ro 5 — Chữ ký số hết hạn giữa chừng. Token hết hiệu lực mà không gia hạn kịp, làm gián đoạn việc ký và truyền hóa đơn; hóa đơn ký bằng chữ ký số hết hạn không có giá trị.

Rủi ro 6 — Không cập nhật khi thay đổi thông tin. Sau thành lập, doanh nghiệp thay đổi địa chỉ, tên, người đại diện nhưng không cập nhật thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử; hóa đơn xuất ra mang thông tin cũ không hợp lệ.

Thẩm quyền giải quyết và cơ quan tiếp nhận hồ sơ

Đăng ký, thay đổi, ngừng sử dụng hóa đơn điện tử thực hiện với cơ quan thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp, chủ yếu qua Cổng thông tin điện tử của cơ quan thuế. Việc cấp mã cho hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế và tiếp nhận dữ liệu hóa đơn không có mã đều thực hiện trên hệ thống của cơ quan thuế.

Khi có vướng mắc về việc áp dụng thuế suất, thời điểm lập hóa đơn cho giao dịch đặc thù (xuất khẩu tại chỗ, gia công…), doanh nghiệp có thể gửi văn bản hỏi đáp đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp để được hướng dẫn bằng văn bản trước khi thực hiện.

Khi nào nên liên hệ luật sư

Nên có luật sư tham gia khi: (1) mô hình giao dịch xuyên biên giới phức tạp — bán hàng cho công ty mẹ, xuất khẩu tại chỗ, gia công cho nước ngoài — cần xác định đúng loại hóa đơn và thuế suất ngay từ hợp đồng mẫu; (2) phát hiện sai sót hóa đơn với số lượng lớn hoặc liên quan đến kỳ đã quyết toán thuế, cần phương án xử lý giảm thiểu phạt; (3) bị cơ quan thuế xử phạt về hóa đơn và cần đánh giá tính đúng đắn của quyết định xử phạt để khiếu nại.

FLAT LAW FIRM hỗ trợ gì

FLAT LAW FIRM hỗ trợ doanh nghiệp FDI rà soát nghĩa vụ hóa đơn — chứng từ ngay từ giai đoạn sau thành lập: kiểm tra hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, tư vấn loại hóa đơn và phương thức truyền nhận phù hợp với mô hình kinh doanh, rà soát điều kiện áp dụng thuế suất 0% cho giao dịch xuất khẩu và giao dịch với công ty liên kết ở nước ngoài, và xây dựng quy trình nội bộ xử lý hóa đơn sai sót theo Thông tư 91/2026/TT-BTC. Chúng tôi làm việc bằng tiếng Việt, tiếng Anh và tiếng Trung.

Xem thêm các trang liên quan: Thiết lập kế toán cho doanh nghiệp FDI mới thành lập | Tuân thủ sau cấp phép của doanh nghiệp FDI | Lộ trình thành lập công ty FDI tại Việt Nam

FAQ