Thuế khi chuyển nhượng dự án đầu tư

Chuyển nhượng dự án đầu tư là gì?

Chuyển nhượng dự án đầu tư là việc nhà đầu tư chuyển nhượng toàn bộ hoặc một phần dự án đầu tư cho nhà đầu tư khác, bao gồm việc chuyển giao tài sản gắn liền với dự án (nhà xưởng, máy móc thiết bị), quyền sử dụng đất, và toàn bộ quyền, nghĩa vụ của nhà đầu tư theo giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Sau chuyển nhượng, bên nhận chuyển nhượng trở thành nhà đầu tư của dự án, kế thừa vị trí pháp lý của bên chuyển nhượng đối với dự án đó.

Điểm phân biệt với chuyển nhượng vốn: trong chuyển nhượng vốn, công ty chủ dự án không thay đổi — chỉ có chủ sở hữu của công ty thay đổi. Trong chuyển nhượng dự án, chính dự án (với tư cách một “gói” tài sản và quyền) được chuyển giao; công ty cũ có thể tiếp tục tồn tại với các hoạt động khác, hoặc chấm dứt sau khi chuyển nhượng xong dự án duy nhất của mình.

Trên thực tế, lựa chọn giữa hai cấu trúc này phụ thuộc vào nhiều yếu tố: bên mua có muốn kế thừa toàn bộ lịch sử pháp lý, nợ thuế, tranh chấp tiềm ẩn của công ty chủ dự án hay không (share deal thì có, asset deal thì hạn chế hơn); thủ tục hành chính nào đơn giản hơn; và — quan trọng không kém — tổng nghĩa vụ thuế của giao dịch theo từng cấu trúc.

Thu nhập từ chuyển nhượng dự án có chịu thuế?

Có. Điểm c khoản 2 Điều 3 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 quy định rõ “thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản” thuộc diện thu nhập chịu thuế TNDN. Quy định này có hiệu lực từ ngày 01/10/2025 và áp dụng từ kỳ tính thuế TNDN năm 2025.

Phạm vi điều chỉnh bao gồm cả chuyển nhượng toàn bộ dự án và chuyển nhượng một phần dự án (ví dụ chuyển nhượng một giai đoạn, một hạng mục), cũng như chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư trong trường hợp dự án có nhiều nhà đầu tư cùng tham gia.

Cách tính thuế

Thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư được tính vào thu nhập chịu thuế TNDN của doanh nghiệp theo công thức chung tại Điều 7 Luật 67/2025/QH15:

Thu nhập chịu thuế = Doanh thu − Các khoản chi được trừ + Các khoản thu nhập khác

Trong đó, đối với hoạt động chuyển nhượng dự án đầu tư:

• Doanh thu là tổng giá trị chuyển nhượng dự án theo hợp đồng — bao gồm giá trị tài sản, quyền sử dụng đất và các quyền gắn liền với dự án được chuyển giao;
• Các khoản chi được trừ là giá trị còn lại của tài sản chuyển nhượng, chi phí đầu tư đã thực hiện vào dự án và các chi phí chuyển nhượng hợp lý khác có đầy đủ hóa đơn, chứng từ;
• Phần chênh lệch dương là thu nhập chịu thuế, áp dụng thuế suất TNDN phổ thông.

Khác với cơ chế 2% trên giá chuyển nhượng áp dụng cho doanh nghiệp nước ngoài chuyển nhượng vốn, thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư được tính theo công thức thu nhập (doanh thu trừ chi phí) nêu trên. Đây là một trong những lý do việc lựa chọn cấu trúc share deal hay asset deal ảnh hưởng trực tiếp đến số thuế phải nộp — đặc biệt khi dự án đã được đầu tư lớn (giá vốn cao) thì thuế trên thu nhập có thể thấp hơn đáng kể so với thuế trên tổng giá trị.

Quy tắc bù trừ lỗ đặc biệt

Đây là điểm kỹ thuật quan trọng nhất của chế độ thuế chuyển nhượng dự án đầu tư, và cũng là điểm doanh nghiệp hay tính sai nhất.

Theo Điều 6 Nghị định 320/2025/NĐ-CP (hướng dẫn thi hành Luật Thuế TNDN 2025): trường hợp doanh nghiệp có hoạt động chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư bị lỗ thì không được bù trừ với thu nhập chịu thuế của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang được hưởng ưu đãi thuế có thu nhập. Ngược lại, thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư cũng không được bù trừ với thu nhập của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang hưởng ưu đãi thuế.

Nói cách khác, hoạt động chuyển nhượng dự án đầu tư bị “cô lập” khỏi cơ chế bù trừ lỗ, lãi thông thường khi doanh nghiệp đang có hoạt động hưởng ưu đãi thuế. Doanh nghiệp có dự án đang hưởng ưu đãi thuế TNDN (ví dụ dự án trong khu công nghiệp, dự án công nghệ cao) cần tính toán riêng dòng thuế của hoạt động chuyển nhượng, không gộp chung với hoạt động sản xuất kinh doanh.

Riêng đối với chuyển nhượng dự án đầu tư thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản (và quyền tham gia, quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản): thu nhập chịu thuế phải xác định riêng để kê khai nộp thuế, không được bù trừ lỗ, lãi với hoạt động sản xuất, kinh doanh trong kỳ tính thuế.

Ưu đãi thuế có được chuyển giao?

Hai vấn đề ưu đãi cần tách bạch:

Thứ nhất, thu nhập từ chuyển nhượng dự án có được hưởng thuế suất ưu đãi không? Không. Luật 67/2025/QH15 quy định các mức thuế suất ưu đãi 15% và 17% không áp dụng đối với thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư (trừ chuyển nhượng dự án chế biến khoáng sản), chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản. Khoản lãi từ việc bán dự án luôn chịu thuế suất phổ thông, dù bản thân dự án đang được hưởng ưu đãi.

Thứ hai, bên nhận chuyển nhượng có được kế thừa ưu đãi thuế của dự án không? Đây là câu hỏi có giá trị thương mại rất lớn — một dự án đang hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế TNDN có thời hạn sẽ kém hấp dẫn hơn nhiều nếu ưu đãi “mất” khi đổi chủ. Về nguyên tắc, ưu đãi thuế gắn với dự án đầu tư đáp ứng điều kiện ưu đãi; khi dự án được chuyển nhượng và tiếp tục đáp ứng các điều kiện (ngành nghề, địa bàn, quy mô), bên nhận chuyển nhượng có cơ sở để tiếp tục hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại. Tuy nhiên, việc chuyển giao ưu đãi phụ thuộc vào quyết định của cơ quan có thẩm quyền trong quá trình điều chỉnh giấy chứng nhận đăng ký đầu tư — đây là nội dung phải được làm rõ trước khi ký hợp đồng, không phải sau khi đã thanh toán.

Thủ tục pháp lý song hành: chuyển nhượng dự án theo Luật Đầu tư

Nghĩa vụ thuế chỉ là một nửa của giao dịch. Về mặt pháp lý đầu tư, chuyển nhượng dự án đầu tư phải thực hiện thủ tục điều chỉnh giấy chứng nhận đăng ký đầu tư theo Luật Đầu tư số 143/2025/QH15 — nhà đầu tư nhận chuyển nhượng phải đáp ứng các điều kiện đầu tư áp dụng cho dự án (điều kiện tiếp cận thị trường, điều kiện về năng lực tài chính, ký quỹ…).

Trình tự thực tế của một giao dịch chuyển nhượng dự án thường gồm: thẩm định pháp lý dự án (tình trạng pháp lý đất đai, giấy phép, nghĩa vụ tài chính với Nhà nước, tranh chấp) → đàm phán và ký hợp đồng chuyển nhượng → thực hiện thủ tục điều chỉnh giấy chứng nhận đăng ký đầu tư → chuyển giao tài sản, thanh toán → kê khai, nộp thuế. Các bước pháp lý và thuế đan xen nhau — ví dụ nghĩa vụ tài chính về đất đai chưa hoàn thành của bên chuyển nhượng có thể trở thành điều kiện tiên quyết của bên nhận, và ảnh hưởng đến giá chuyển nhượng cũng như căn cứ tính thuế.

Xem thêm thẩm định thuế trong giao dịch M&A về cách rà soát nghĩa vụ thuế của dự án trước khi quyết định mua.

Rủi ro thường gặp

Nhầm lẫn giữa chuyển nhượng vốn và chuyển nhượng dự án. Hai giao dịch áp dụng hai chế độ thuế khác nhau hoàn toàn (2% trên giá đối với DN nước ngoài chuyển nhượng vốn; thuế trên thu nhập đối với chuyển nhượng dự án). Xác định sai bản chất giao dịch dẫn đến kê khai sai và bị truy thu, xử phạt.

Bù trừ lỗ sai quy tắc. Lấy lỗ từ chuyển nhượng dự án để bù trừ vào thu nhập của hoạt động đang hưởng ưu đãi thuế là sai phạm phổ biến, bị cơ quan thuế loại trừ khi quyết toán.

Không làm rõ số phận ưu đãi thuế của dự án. Bên mua trả giá trên giả định dự án tiếp tục được hưởng ưu đãi, nhưng sau chuyển nhượng cơ quan có thẩm quyền không chấp thuận chuyển giao — giá trị thương vụ bị ảnh hưởng nghiêm trọng mà hợp đồng không có điều khoản bảo vệ.

Nghĩa vụ tài chính về đất đai chưa xử lý. Tiền sử dụng đất, tiền thuê đất còn nợ của dự án có thể rất lớn và thường là nghĩa vụ của nhà đầu tư (dự án). Không rà soát kỹ khoản này trong thẩm định đồng nghĩa với việc mua cả khoản nợ vào giá chuyển nhượng.

Khi nào nên liên hệ luật sư

• Trước khi lựa chọn cấu trúc giao dịch: so sánh tổng nghĩa vụ thuế và rủi ro pháp lý giữa share deal và asset deal;
• Cần thẩm định pháp lý toàn diện dự án: đất đai, giấy phép, nghĩa vụ tài chính, tranh chấp, tuân thủ điều kiện đầu tư;
• Đàm phán hợp đồng chuyển nhượng dự án: điều khoản về ưu đãi thuế, nghĩa vụ tài chính tồn đọng, bảo đảm và bồi hoàn;
• Thực hiện thủ tục điều chỉnh giấy chứng nhận đăng ký đầu tư cho bên nhận chuyển nhượng;
• Kê khai thuế chuyển nhượng dự án, xử lý các vấn đề bù trừ lỗ và ưu đãi thuế;
• Giải quyết tranh chấp phát sinh sau chuyển nhượng dự án.

FLAT LAW FIRM hỗ trợ gì

• Tư vấn lựa chọn cấu trúc giao dịch (chuyển nhượng vốn / chuyển nhượng dự án) dưới góc độ thuế và pháp lý tổng thể;
• Thẩm định pháp lý dự án đầu tư: đất đai, giấy phép, nghĩa vụ tài chính với Nhà nước, tranh chấp tiềm ẩn;
• Soạn thảo, đàm phán hợp đồng chuyển nhượng dự án đầu tư;
• Thực hiện thủ tục điều chỉnh giấy chứng nhận đăng ký đầu tư theo Luật Đầu tư;
• Tính toán nghĩa vụ thuế chuyển nhượng dự án, tư vấn xử lý ưu đãi thuế khi chuyển giao — phối hợp với dịch vụ tư vấn thuế cho doanh nghiệp FDI của FLAT.

Câu hỏi thường gặp

Liên kết hữu ích