Mô hình phái cử Nhật Bản có một đặc trưng hiếm nước nào giống: chuyên gia vẫn thuộc biên chế công ty mẹ tại Nhật, lương được tách làm hai phần — phần “lương tại Nhật” giữ nguyên trong hệ thống Nhật và phần phụ cấp, lương tại Việt Nam. Khi quyết toán tại Việt Nam, câu hỏi khó nhất không phải thuế suất, mà là xác định đúng tổng thu nhập chịu thuế của một người đã trở thành cá nhân cư trú tại Việt Nam trong khi một nửa thu nhập nằm ngoài tầm nhìn của phòng nhân sự Việt Nam. Bài viết này phân tích trường hợp chuyên gia Nhật Bản; khung cư trú dùng chung với các quốc tịch khác nhưng cơ chế lương phái cử và chứng từ Nhật có điểm riêng, còn trường hợp chuyên gia Hàn Quốc và Mỹ được trình bày ở bài kề bên trong cùng chuyên mục.
1. Cư trú và phạm vi thu nhập phải kê khai
Theo Điều 2 Luật Thuế thu nhập cá nhân 109/2025/QH15 (thay thế Luật 04/2007/QH12, áp dụng từ kỳ tính thuế 2026), cá nhân cư trú là người có mặt tại Việt Nam từ 183 ngày trở lên trong năm dương lịch hoặc 12 tháng liên tục kể từ ngày đầu tiên có mặt, hoặc có nơi ở thường xuyên tại Việt Nam theo hợp đồng thuê nhà có thời hạn. Chuyên gia Nhật phái cử dài hạn gần như luôn rơi vào diện cư trú, và cá nhân cư trú phải kê khai thu nhập toàn cầu: phần lương do công ty mẹ tại Nhật trả cho công việc tại Việt Nam cũng thuộc diện kê khai, không phụ thuộc nơi chi trả. Cá nhân cư trú tính thuế theo biểu lũy tiến 5 bậc tại Điều 9, được giảm trừ gia cảnh theo Điều 10 (15,5 triệu đồng/tháng cho bản thân, 6,2 triệu đồng/tháng mỗi người phụ thuộc). Ngược lại, chuyên gia sang công tác ngắn hạn chưa đạt ngưỡng cư trú chỉ nộp 20% trên thu nhập phát sinh tại Việt Nam và không được giảm trừ.
2. Hiệp định Việt Nam – Nhật Bản và bài kiểm tra “bên chịu chi phí”
Hiệp định tránh đánh thuế hai lần giữa Việt Nam và Nhật Bản đang có hiệu lực; điều khoản thu nhập từ việc làm phụ thuộc (Điều 15) cho phép lương của người cư trú Nhật Bản chỉ chịu thuế tại Nhật nếu có mặt tại Việt Nam không quá 183 ngày trong kỳ 12 tháng liên quan, người trả lương không cư trú tại Việt Nam và khoản lương không do cơ sở thường trú tại Việt Nam chịu. Với phái cử dài hạn, điều kiện 183 ngày thường đã không thỏa nên hiệp định không tạo miễn trừ; giá trị thực tế của hiệp định nằm ở hai điểm khác: quy tắc phân định cư trú khi một người đồng thời là cư trú của cả hai nước theo luật nội địa (tie-breaker theo nơi ở thường xuyên, trung tâm lợi ích sống), và cơ chế khấu trừ thuế đã nộp ở nước còn lại khi quyết toán. Điểm cần kiểm tra kỹ là “phí phái cử” mà công ty con Việt Nam trả cho công ty mẹ Nhật: nếu phí này thực chất là hoàn lại chi phí lương của chuyên gia, cơ quan thuế Việt Nam sẽ nhìn xuyên qua hình thức để xác định phần thu nhập của cá nhân và bên chịu chi phí thực sự.
3. Chứng từ Nhật Bản: những giấy tờ quyết định
Hồ sơ quyết toán của chuyên gia Nhật thường gãy ở chứng từ, không gãy ở nguyên tắc. Các tài liệu cần có: giấy chứng nhận cư trú thuế tại Nhật Bản cho đúng năm (do cơ quan thuế Nhật cấp); bảng lương toàn cầu của công ty mẹ thể hiện tổng thu nhập, phần thuế thu nhập và bảo hiểm xã hội đã khấu trừ tại Nhật; hợp đồng phái cử và quyết định cử sang Việt Nam ghi rõ cơ chế chịu chi phí; chứng từ nhà thuê tại Việt Nam làm căn cứ điều kiện nơi ở thường xuyên. Tài liệu tiếng Nhật phải dịch và hợp pháp hóa theo yêu cầu quản lý thuế; bản dịch tóm tắt tự làm của phòng nhân sự thường không được chấp nhận thay cho bản dịch đầy đủ các con số lương. Một điểm thực tiễn: năm tài chính của công ty Nhật kết thúc tháng 3, lệch với năm tính thuế dương lịch của Việt Nam — bảng lương phải được cắt theo năm dương lịch khi quyết toán tại Việt Nam.
4. Rủi ro đặc thù của mô hình lương hai nơi
Rủi ro lớn nhất là kê khai thiếu phần thu nhập tại Nhật của cá nhân cư trú: cơ quan thuế Việt Nam đối chiếu chi phí nhân sự của công ty con với số lượng chuyên gia thực tế làm việc, và khi phát hiện chênh lệch, phần thu nhập chưa kê khai bị truy thu kèm tiền chậm nộp và xử phạt kê khai thiếu. Rủi ro thứ hai là trùng lặp nghĩa vụ: chuyên gia vừa quyết toán tại Việt Nam trên thu nhập toàn cầu vừa bị khấu trừ tại Nhật trên cùng khoản lương phái cử, nhưng không làm thủ tục khấu trừ thuế nước ngoài ở một trong hai đầu. Rủi ro thứ ba là thời điểm: chuyên gia kết thúc phái cử và rời Việt Nam giữa năm nhưng không làm quyết toán khi xuất cảnh, để hồ sơ treo sang kỳ sau. Quản trị đúng cách là xây dựng “bản đồ thu nhập” của từng chuyên gia ngay từ quyết định phái cử: ai trả, ai chịu, kê khai ở đâu, chứng từ nào chứng minh — và cập nhật mỗi khi cơ chế lương thay đổi.