Tình huống: Một công ty logistics vốn Singapore vừa được cấp IRC cho dự án kho vận trong Khu chế xuất Tân Thuận và ERC cho pháp nhân tại TP. Thủ Đức, TP.HCM. Khác với doanh nghiệp văn phòng thuần túy, công ty này sẽ xuất hóa đơn dịch vụ ngay từ tháng đầu và luân chuyển ngoại tệ thường xuyên. Câu hỏi của họ không phải “có phải làm không” mà là “nộp ở đâu tại TP.HCM, và cái nào làm trước để không tắc dòng tiền”.
Khung pháp lý và đầu mối cơ quan tại TP.HCM
Luật Đầu tư số 143/2025/QH15 (hiệu lực 01/3/2026, thay Luật 61/2020/QH14) cùng Nghị định 96/2026/NĐ-CP (ban hành 31/3/2026) điều chỉnh giai đoạn sau cấp phép; Luật Doanh nghiệp số 59/2020/QH14 (sửa đổi bởi Luật 76/2025/QH15, hiệu lực 01/7/2025) điều chỉnh nghĩa vụ của pháp nhân. Tất cả văn bản chuyên ngành dưới đây còn hiệu lực tại 19/10/2026.
Điểm đặc thù TP.HCM: dự án nằm trong khu chế xuất/khu công nghiệp do Ban Quản lý các khu chế xuất và công nghiệp TP.HCM (HEPZA) cấp IRC và tiếp nhận báo cáo; dự án ngoài khu do cơ quan đăng ký đầu tư thuộc Sở Tài chính TP.HCM (kế thừa Sở Kế hoạch và Đầu tư cũ (sáp nhập từ 01/3/2025)) phụ trách. Về thuế, từ 01/3/2025 theo Quyết định 381/QĐ-BTC, Cục Thuế TP.HCM cũ nay là Chi cục Thuế khu vực II (trụ sở tại TP. Thủ Đức), quản lý địa bàn TP.HCM với các Đội Thuế cấp huyện trực thuộc. Về lao động, giấy phép lao động do Sở Nội vụ TP.HCM cấp theo Nghị định 219/2025/NĐ-CP.
10 thủ tục — sắp xếp theo mức độ “tắc dòng tiền”
1. Mở tài khoản vốn đầu tư nước ngoài tại Việt Nam (ICA) trước mọi giao dịch vốn. Theo Thông tư 38/2026/TT-NHNN (hiệu lực 18/8/2026, thay thế Thông tư 06/2019/TT-NHNN đã hết hiệu lực; thuật ngữ cũ “tài khoản vốn đầu tư trực tiếp (DICA)” nay là “tài khoản vốn đầu tư nước ngoài tại Việt Nam (ICA)”), doanh nghiệp FDI mở tài khoản vốn đầu tư nước ngoài tại Việt Nam (ICA) tại ngân hàng được phép; mọi khoản góp vốn, vay/trả nợ nước ngoài, chuyển lợi nhuận đều qua tài khoản này. Với công ty logistics luân chuyển ngoại tệ lớn, sai lầm phổ biến là dùng tài khoản thanh toán VND để nhận vốn góp từ công ty mẹ — dòng tiền này không được công nhận là vốn đầu tư hợp lệ.
2. Góp đủ vốn trong 90 ngày kể từ ngày cấp ERC. Khoản 2 Điều 47, khoản 2 Điều 75 và khoản 1 Điều 113 Luật Doanh nghiệp 59/2020/QH14 quy định thời hạn 90 ngày cho thành viên/cổ đông góp đủ vốn đã cam kết (không tính thời gian vận chuyển, nhập khẩu tài sản góp vốn và làm thủ tục chuyển quyền sở hữu). Công ty logistics thường góp vốn bằng tiền nên 90 ngày là tuyệt đối — không có lý do “chờ hợp đồng” để trì hoãn.
3. Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử ngay. Nghị định 123/2020/NĐ-CP (hướng dẫn tại Thông tư 78/2021/TT-BTC) bắt buộc hóa đơn điện tử từ 01/7/2022; doanh nghiệp đăng ký với Chi cục Thuế khu vực II và chỉ xuất hóa đơn sau khi được chấp nhận. Công ty dịch vụ xuất hóa đơn từ tháng đầu nên đây là thủ tục “chặn” doanh thu — chưa được chấp nhận thì chưa được xuất hóa đơn hợp lệ.
4. Tờ khai lệ phí môn bài (được miễn năm đầu nhưng vẫn phải khai). Khoản 8 Điều 3 Nghị định 139/2016/NĐ-CP (sửa bởi Nghị định 22/2020/NĐ-CP) miễn lệ phí môn bài năm đầu cho tổ chức thành lập mới; tờ khai nộp chậm nhất ngày 30/01 năm sau (khoản 1 Điều 10 Nghị định 126/2020/NĐ-CP). Từ năm thứ hai: vốn trên 10 tỷ đồng — 3 triệu đồng/năm; từ 10 tỷ đồng trở xuống — 2 triệu đồng/năm.
5. Đăng ký thuế điện tử và chữ ký số. Đăng ký nộp thuế điện tử qua ngân hàng và trang bị chữ ký số để ký tờ khai, hóa đơn. Đội Thuế quản lý trực tiếp (thuộc Chi cục Thuế khu vực II) thường yêu cầu hồ sơ khai thuế ban đầu — doanh nghiệp chủ động liên hệ ngay khi có mã số doanh nghiệp, đừng đợi đến kỳ kê khai đầu tiên.
6. Công bố nội dung đăng ký doanh nghiệp (30 ngày). Điều 32 Luật Doanh nghiệp 59/2020: thông báo công khai trên Cổng thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp, thời hạn công khai 30 ngày kể từ ngày được công khai; thủ tục chi tiết tại Điều 73 Nghị định 168/2025/NĐ-CP (thay Nghị định 01/2021/NĐ-CP).
7. Khắc dấu, ban hành quy chế quản lý dấu. Điều 43 Luật Doanh nghiệp 59/2020: doanh nghiệp tự quyết định loại, số lượng, hình thức, nội dung dấu; quản lý theo Điều lệ hoặc quy chế nội bộ. Từ 01/01/2021 không còn thủ tục thông báo mẫu dấu — nhưng công ty logistics ký nhiều hợp đồng vận chuyển mỗi ngày nên quy chế ai được đóng dấu, đóng vào loại chứng từ nào là bắt buộc về mặt quản trị.
8. Giấy phép lao động cho nhân sự nước ngoài. Nghị định 219/2025/NĐ-CP (hiệu lực 07/8/2025, thay Nghị định 152/2020/NĐ-CP và 70/2023/NĐ-CP): chuyên gia cần bằng đại học trở lên + ít nhất 02 năm kinh nghiệm phù hợp (khoản 3 Điều 3); Sở Nội vụ TP.HCM là cơ quan cấp. Với công ty logistics, vị trí “chuyên gia” phải chứng minh được tính chuyên môn — chức danh quản lý kho chung chung khó được chấp nhận.
9. Bảo hiểm xã hội cho lao động Việt Nam. Luật Bảo hiểm xã hội 41/2024/QH15 (hiệu lực 01/7/2025): ký hợp đồng lao động là phải đăng ký tham gia BHXH bắt buộc. Đăng ký đơn vị lần đầu tại cơ quan BHXH nơi đặt trụ sở (TP. Thủ Đức), báo tăng hằng tháng.
10. Báo cáo hoạt động đầu tư hằng quý, hằng năm. Điều 47 Luật Đầu tư 143/2025/QH15: nhà đầu tư báo cáo cơ quan đăng ký đầu tư và cơ quan thống kê trên địa bàn về vốn thực hiện, kết quả kinh doanh, lao động, nộp ngân sách, môi trường — bằng văn bản và qua Hệ thống thông tin quốc gia về đầu tư. Dự án trong KCX Tân Thuận báo cáo về HEPZA (cơ quan đã cấp IRC) và cơ quan thống kê TP.HCM.
Rủi ro đặc thù của mô hình logistics trong KCX
Ba rủi ro luật sư thường phải gỡ cho khách hàng logistics tại TP.HCM: (i) xuất hóa đơn khi chưa được cơ quan thuế chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử — hóa đơn xuất trong thời gian này không hợp lệ; (ii) thanh toán cước vận chuyển quốc tế qua tài khoản thường thay vì tài khoản vốn khi khoản chi liên quan đến dự án đầu tư — nên phân loại rõ dòng tiền đầu tư và dòng tiền kinh doanh ngay từ đầu với ngân hàng; (iii) quên báo cáo quý cho HEPZA vì nghĩ “đã báo cáo thuế là đủ” — hai chế độ báo cáo hoàn toàn độc lập, thiếu báo cáo đầu tư nhiều kỳ là căn cứ đưa dự án vào diện giám sát.
Câu hỏi thường gặp
Chi cục Thuế khu vực II quản lý địa bàn nào, doanh nghiệp nộp tờ khai ở đâu?
Chi cục Thuế khu vực II quản lý địa bàn TP.HCM (kế thừa Cục Thuế TP.HCM cũ theo Quyết định 381/QĐ-BTC, từ 01/3/2025). Doanh nghiệp nộp tờ khai, đăng ký hóa đơn điện tử và làm việc với Đội Thuế cấp huyện nơi đặt trụ sở (ví dụ: TP. Thủ Đức). Khi tra cứu, dùng đúng tên mới để tránh nộp nhầm đầu mối cũ.
Dự án trong Khu chế xuất Tân Thuận báo cáo đầu tư cho ai?
Báo cáo hằng quý, hằng năm theo Điều 47 Luật Đầu tư 143/2025/QH15 gửi về Ban Quản lý các khu chế xuất và công nghiệp TP.HCM (HEPZA) — cơ quan đã cấp IRC — đồng thời gửi cơ quan thống kê trên địa bàn TP.HCM, bằng văn bản và qua Hệ thống thông tin quốc gia về đầu tư. Nghĩa vụ này độc lập với nghĩa vụ kê khai, nộp thuế.
Công ty logistics có cần “giấy phép con” gì sau khi có IRC/ERC không?
Tùy phạm vi hoạt động: kinh doanh vận tải, kho bãi, đại lý hải quan có thể thuộc ngành nghề kinh doanh có điều kiện với giấy phép chuyên ngành riêng. IRC/ERC không thay thế các giấy phép này. Doanh nghiệp phải rà soát Phụ lục IV Luật Đầu tư 143/2025/QH15 (danh mục ngành nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện) và Nghị định 96/2026/NĐ-CP trước khi triển khai từng mảng dịch vụ.
Được miễn lệ phí môn bài năm đầu thì có cần nộp tờ khai không?
Có. Miễn tiền không miễn nghĩa vụ khai: doanh nghiệp mới thành lập vẫn nộp tờ khai lệ phí môn bài, chậm nhất ngày 30/01 năm sau năm thành lập (khoản 1 Điều 10 Nghị định 126/2020/NĐ-CP). Không nộp tờ khai vẫn có thể bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế dù số tiền phải nộp là 0 đồng.
Bài viết liên quan
- Sau khi có IRC/ERC tại Bà Rịa – Vũng Tàu: 10 thủ tục phải làm ngay (thuế, hóa đơn, lao động, ngân hàng)
- Sau khi có IRC/ERC tại Vĩnh Phúc: 10 thủ tục phải làm ngay (thuế, hóa đơn, lao động, ngân hàng)
- Sau khi có IRC/ERC tại Nghệ An: 10 thủ tục phải làm ngay (thuế, hóa đơn, lao động, ngân hàng)
- Sau khi có IRC/ERC tại Long An: 10 thủ tục phải làm ngay (thuế, hóa đơn, lao động, ngân hàng)
- Sau khi có IRC/ERC tại Quảng Ninh: 10 thủ tục phải làm ngay (thuế, hóa đơn, lao động, ngân hàng)
Nội dung phân tích được đối chiếu trực tiếp với quy định pháp luật Việt Nam hiện hành và thực tiễn giải quyết hồ sơ đầu tư nước ngoài (FDI) tại FLAT LAW FIRM.
