Tình huống: Công ty M. kinh doanh dịch vụ logistics. Kỳ quyết toán thuế năm 2025, cơ quan thuế kiểm tra và loại khỏi chi phí được trừ các khoản chi mua vật tư, thuê nhân công thời vụ — vì tất cả chỉ có phiếu chi nội bộ, không có hóa đơn, chứng từ hợp lệ. Kết quả: công ty bị truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), phạt 20% số thuế khai thiếu và tiền chậm nộp 0,03% mỗi ngày. Giám đốc ngỡ ngàng: “Chi là thật, có người làm chứng, sao vẫn bị truy thu?” Câu trả lời nằm ở ba điều kiện của chi phí được trừ theo pháp luật thuế hiện hành.
1. Chi phí không hóa đơn bị xử lý thế nào?
Theo Điều 9 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025/QH15 (có hiệu lực 01/10/2025, thay thế Luật 14/2008/QH12), một khoản chi chỉ được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế nếu đồng thời đáp ứng đủ ba điều kiện:
- Khoản chi thực tế phát sinh, liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp;
- Khoản chi có đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật;
- Khoản chi nếu có hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ từng lần có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên (giá đã bao gồm thuế giá trị gia tăng) phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Thiếu hóa đơn nghĩa là không đáp ứng điều kiện (b). Hệ quả là cơ quan thuế loại khoản chi ra khỏi chi phí được trừ → lợi nhuận tính thuế tăng → thuế TNDN phải nộp tăng → doanh nghiệp bị truy thu số thuế còn thiếu. Đồng thời, vì hành vi được xác định là khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp (không phải trốn thuế — xem mục 6), doanh nghiệp còn bị:
- Phạt 20% tính trên số tiền thuế khai thiếu (Điều 16 Văn bản hợp nhất 27/2026/VBHN-NĐ-BTC — hợp nhất Nghị định 125/2020/NĐ-CP và các nghị định sửa đổi);
- Buộc nộp đủ số tiền thuế thiếu vào ngân sách nhà nước;
- Buộc nộp tiền chậm nộp 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp;
- Điều chỉnh số lỗ, số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ (nếu có).
2. Sáu trường hợp được “cứu” bằng Bảng kê 01/TNDN
Không phải mọi khoản chi không có hóa đơn đều đương nhiên bị loại. Pháp luật cho phép lập Bảng kê thu mua hàng hóa, dịch vụ mua vào không có hóa đơn (mẫu số 01/TNDN) thay cho hóa đơn trong 6 nhóm trường hợp sau:
- Mua hàng hóa là nông sản, hải sản, thủy sản của người sản xuất, đánh bắt trực tiếp bán ra;
- Mua sản phẩm thủ công làm bằng đay, cói, tre, nứa, lá, song, mây, rơm, vỏ dừa, sọ dừa hoặc nguyên liệu tận dụng từ sản phẩm nông nghiệp của người sản xuất thủ công không kinh doanh trực tiếp bán ra;
- Mua đất, đá, cát, sỏi của hộ gia đình, cá nhân tự khai thác trực tiếp bán ra;
- Mua phế liệu của người trực tiếp thu nhặt;
- Mua đồ dùng, tài sản, dịch vụ của hộ gia đình, cá nhân không kinh doanh trực tiếp bán ra;
- Mua hàng hóa, dịch vụ của hộ gia đình, cá nhân kinh doanh (không bao gồm trường hợp trên) có mức doanh thu dưới ngưỡng doanh thu không phải chịu thuế giá trị gia tăng.
Lưu ý ba điểm: phải lập bảng kê kèm chứng từ thanh toán cho người bán; bảng kê phải ghi đầy đủ thông tin theo mẫu; nếu giá mua ghi trên bảng kê cao hơn giá thị trường tại thời điểm mua thì cơ quan thuế có căn cứ ấn định lại. Bảng kê 01/TNDN không phải “tấm vé miễn phí” cho mọi khoản chi không hóa đơn — nó chỉ cứu được đúng 6 nhóm nêu trên.
3. Hóa đơn hợp lệ từ 01/7/2026: Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC
Từ ngày 01/7/2026, khung pháp lý về hóa đơn đã thay đổi toàn diện:
- Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định về hóa đơn, chứng từ — thay thế toàn bộ Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Nghị định 70/2025/NĐ-CP;
- Thông tư 91/2026/TT-BTC hướng dẫn Nghị định 254/2026/NĐ-CP — thay thế Thông tư 32/2025/TT-BTC.
Đặc biệt, hóa đơn giấy do cơ quan thuế đặt in đã hết giá trị sử dụng từ 01/7/2026. Doanh nghiệp còn lưu giữ hoặc sử dụng hóa đơn giấy loại này cho các giao dịch mới sẽ không được công nhận là chứng từ hợp lệ. Bài viết không trích dẫn Nghị định 123/2020/NĐ-CP làm căn cứ hiện hành vì văn bản này đã hết hiệu lực.
4. Ngưỡng 05 triệu đồng và thanh toán không dùng tiền mặt: quy định mới
Một thay đổi quan trọng mà nhiều doanh nghiệp chưa cập nhật: ngưỡng bắt buộc thanh toán không dùng tiền mặt đã được siết từ 20 triệu đồng xuống còn 05 triệu đồng/lần (cộng dồn trong ngày đối với cùng một nhà cung cấp) theo Luật Thuế TNDN 67/2025/QH15. Ngưỡng 20 triệu đồng cũ (từng quy định tại Điều 6.1 Thông tư 78/2014/TT-BTC) không còn áp dụng.
Thực tế rủi ro: doanh nghiệp thanh toán tiền mặt nhiều lần trong ngày cho cùng một nhà cung cấp, mỗi lần dưới 05 triệu nhưng cộng dồn vượt ngưỡng — vẫn bị loại chi phí. Kế toán cần rà soát lại quy trình thanh toán ngay từ bây giờ.
5. Checklist xử lý khi bị truy thu: rà soát → khai bổ sung đúng thời điểm
Nếu doanh nghiệp phát hiện sổ sách của mình có chi phí không hóa đơn, đây là trình tự xử lý đúng:
- Bước 1 — Rà soát toàn bộ chi phí: phân loại khoản nào có hóa đơn hợp lệ, khoản nào thuộc 6 nhóm được lập Bảng kê 01/TNDN, khoản nào chắc chắn bị loại. Ưu tiên xử lý các khoản có giá trị lớn.
- Bước 2 — Bổ sung chứng từ: lập ngay Bảng kê 01/TNDN cho các khoản thuộc diện được phép; yêu cầu nhà cung cấp xuất hóa đơn điện tử hợp lệ theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP cho các khoản còn lại (nếu còn trong khả năng); thu thập chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho các khoản từ 05 triệu đồng trở lên.
- Bước 3 — Khai bổ sung TRƯỚC khi cơ quan thuế vào cuộc: đây là bước quyết định. Theo khoản 3 Điều 9 Văn bản hợp nhất 27/2026/VBHN-NĐ-BTC, doanh nghiệp không bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế nếu đã tự giác khai bổ sung hồ sơ khai thuế và nộp đủ số tiền thuế thiếu, tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước trước một trong ba mốc: (a) trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế; (b) trước khi cơ quan thuế phát hiện không qua thanh tra, kiểm tra thuế; (c) trước khi cơ quan có thẩm quyền khác phát hiện.
- Bước 4 — Nắm thời hạn khai bổ sung: thời hạn khai bổ sung là 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót (Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15, có hiệu lực 01/7/2026, thay thế Luật 38/2019/QH14 — quy định 10 năm cũ không còn áp dụng).
- Bước 5 — Nắm thời hiệu xử phạt: thời hiệu xử phạt vi phạm hành chính về thuế là 05 năm (điểm b khoản 2 Điều 8 Văn bản hợp nhất 27/2026, được sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP). Hết thời hiệu thì không bị phạt, nhưng doanh nghiệp vẫn phải nộp đủ số thuế thiếu và tiền chậm nộp.
- Bước 6 — Nếu không đồng ý với quyết định truy thu: doanh nghiệp có quyền khiếu nại. Lưu ý: trong thời gian chờ giải quyết khiếu nại, vẫn phải nộp đủ, đúng hạn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt ghi trong thông báo hoặc quyết định của cơ quan thuế — trừ trường hợp có quyết định tạm đình chỉ việc thi hành.
6. Phân biệt khai sai và trốn thuế: đừng tự dọa mình
Chi phí không có hóa đơn trong hoạt động kinh doanh thông thường được xác định là khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp — áp dụng Điều 16 Văn bản hợp nhất 27/2026 (phạt 20%). Đây khác với trốn thuế theo Điều 17 (phạt 1 đến 3 lần số thuế trốn; nếu đủ yếu tố cấu thành tội phạm thì bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo Điều 200 Bộ luật Hình sự). Không phải cứ bị truy thu là bị coi là trốn thuế hay bị truy cứu hình sự — việc gán nhãn sai chỉ làm doanh nghiệp hoảng loạn và xử lý sai hướng.
Câu hỏi thường gặp
Chi không hóa đơn nhưng có phiếu chi, có người làm chứng — có được trừ không?
Không, trừ khi khoản chi thuộc 6 nhóm được lập Bảng kê 01/TNDN và doanh nghiệp đã lập bảng kê đúng mẫu kèm chứng từ thanh toán. Phiếu chi nội bộ và lời khai người làm chứng không thay thế được hóa đơn, chứng từ hợp pháp.
Thanh toán tiền mặt 4,9 triệu đồng nhiều lần trong ngày cho cùng một nhà cung cấp có sao không?
Có rủi ro. Ngưỡng 05 triệu đồng được tính cộng dồn trong ngày đối với cùng một nhà cung cấp. Tổng cộng dồn vượt 05 triệu mà thanh toán bằng tiền mặt thì phần chi tương ứng không đáp ứng điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt.
Đã quá 5 năm kể từ kỳ quyết toán có sai sót thì sao?
Hết thời hiệu xử phạt 05 năm thì không bị phạt vi phạm hành chính, nhưng doanh nghiệp vẫn phải nộp đủ số thuế còn thiếu và tiền chậm nộp nếu cơ quan thuế phát hiện.
Khai bổ sung sau khi cơ quan thuế đã công bố quyết định thanh tra thì còn được miễn phạt không?
Không. “Lá chắn” miễn phạt tại khoản 3 Điều 9 Văn bản hợp nhất 27/2026 chỉ áp dụng khi khai bổ sung và nộp đủ trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở. Sau mốc này, mức phạt 20% vẫn áp dụng.
Nguồn trích dẫn
- Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 67/2025/QH15 (có hiệu lực 01/10/2025, thay thế Luật 14/2008/QH12): Điều 9 (điều kiện chi phí được trừ); ngưỡng thanh toán không dùng tiền mặt 05 triệu đồng/lần (siết từ 20 triệu đồng theo quy định cũ tại Điều 6.1 Thông tư 78/2014/TT-BTC).
- Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15 (có hiệu lực 01/7/2026, thay thế Luật 38/2019/QH14): thời hạn khai bổ sung 05 năm; tiền chậm nộp 0,03%/ngày.
- Nghị định 254/2026/NĐ-CP (có hiệu lực 01/7/2026): quy định về hóa đơn, chứng từ; thay thế toàn bộ Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Nghị định 70/2025/NĐ-CP; hóa đơn giấy do cơ quan thuế đặt in hết giá trị sử dụng.
- Thông tư 91/2026/TT-BTC (có hiệu lực 01/7/2026): hướng dẫn Nghị định 254/2026/NĐ-CP; thay thế Thông tư 32/2025/TT-BTC.
- Văn bản hợp nhất 27/2026/VBHN-NĐ-BTC (ban hành 27/8/2026, hợp nhất Nghị định 125/2020/NĐ-CP và các Nghị định 102/2021/NĐ-CP, 310/2025, 291/2026): Điều 16 (khai sai dẫn đến thiếu thuế — phạt 20%); Điều 17 (trốn thuế); khoản 3 Điều 9 (không bị xử phạt khi tự giác khai bổ sung trước 3 mốc); điểm b khoản 2 Điều 8 (thời hiệu xử phạt 05 năm, sửa đổi bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP).
- Nghị định 320/2025/NĐ-CP (có hiệu lực 15/12/2025): hướng dẫn Luật Thuế TNDN 2025.
Công ty của bạn vừa nhận thông báo truy thu thuế, hoặc đang lo ngại các khoản chi không hóa đơn trong sổ sách? Liên hệ qua trang Liên hệ của FLAT Law Firm để được rà soát chi phí, đánh giá rủi ro và xử lý đúng quy định trước khi cơ quan thuế vào cuộc.
Nội dung pháp lý của bài viết do AI Legal Council của FLAT soát xét và trình chủ sở hữu phê duyệt; đây không phải ý kiến của luật sư người thật và không thay thế tư vấn pháp lý cho từng trường hợp cụ thể.
Thông tin tham khảo, không phải tư vấn pháp lý.