Doanh nghiệp chế xuất (EPE) nằm trong khu phi thuế quan, được hưởng chính sách thuế riêng cho hoạt động chế xuất. Nhưng khi EPE bán hàng vào thị trường nội địa — giao dịch này có còn “miễn thuế” như nhiều người lầm tưởng? Pháp luật trả lời rõ: EPE được bán vào nội địa, nhưng hàng hóa vào nội địa thuộc đối tượng chịu thuế, và phải làm thủ tục hải quan xuất nhập khẩu tại chỗ.
EPE là gì và vì sao bán vào nội địa được coi là nhập khẩu
EPE là doanh nghiệp hoạt động trong khu phi thuế quan (khái niệm theo Điều 4 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu). Theo khoản 4 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP, quan hệ trao đổi hàng hóa giữa EPE với các khu vực khác trên lãnh thổ Việt Nam (không phải khu phi thuế quan) là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu (trừ trường hợp điểm c khoản 4 và trường hợp không phải làm thủ tục hải quan). Vì vậy, hàng EPE bán vào nội địa được đối xử như hàng nhập khẩu vào Việt Nam.
Lưu ý kỹ thuật pháp lý: Luật Đầu tư 143/2025 (khoản 15–16 Điều 3) chỉ định nghĩa khu chế xuất, khu công nghiệp — không định nghĩa “doanh nghiệp chế xuất”; khái niệm EPE/khu phi thuế quan được dẫn chiếu từ Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và Nghị định 35/2022/NĐ-CP.
EPE có được bán vào nội địa không? — Được, nhưng chịu thuế
Khoản 11 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP quy định rõ: hàng hóa nhập khẩu từ EPE, khu chế xuất vào thị trường trong nước thuộc đối tượng chịu thuế theo pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (cùng xem khoản 2 Điều 2 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và khoản 2 Điều 2 Nghị định 134/2016/NĐ-CP).
Đây là điểm then chốt: bẫy thường gặp là cho rằng “hàng EPE thì miễn thuế”. Sai khi bán vào nội địa — miễn thuế chỉ áp dụng cho hoạt động chế xuất trong khu phi thuế quan; một khi hàng vào nội địa, nghĩa vụ thuế phát sinh đầy đủ.
Thủ tục hải quan: xuất nhập khẩu tại chỗ
Hàng hóa mua, bán giữa doanh nghiệp chế xuất với doanh nghiệp nội địa được làm thủ tục xuất nhập khẩu tại chỗ:
- EPE (bên bán) làm thủ tục xuất khẩu tại chỗ — mã loại hình E42 (xuất khẩu sản phẩm của doanh nghiệp chế xuất, áp dụng cả xuất ra nước ngoài và xuất vào nội địa theo Bảng mã loại hình ban hành kèm Quyết định 1357/QĐ-TCHQ);
- Doanh nghiệp nội địa (bên mua) mở tờ khai nhập khẩu tại chỗ theo loại hình tương ứng (khoản 3 Điều 75 và Điều 86 Thông tư 38/2015/TT-BTC);
- Thời hạn: trong 15 ngày làm việc kể từ ngày thông quan hàng hóa xuất khẩu, người nhập khẩu tại chỗ phải làm thủ tục hải quan (khoản 4 Điều 86 Thông tư 38/2015/TT-BTC đã sửa đổi).
Cơ sở pháp lý của chế độ xuất nhập khẩu tại chỗ: khoản 3 Điều 3 Luật 90/2025/QH15 (hiệu lực 01/7/2025); Điều 35 Nghị định 08/2015/NĐ-CP đã được sửa đổi bởi Nghị định 167/2025/NĐ-CP (khoản 19 Điều 1, hiệu lực 01/7/2025).
Nghĩa vụ thuế: ai nộp, tính trên trị giá nào?
- Người nộp thuế là doanh nghiệp nội địa (bên nhập khẩu tại chỗ) — không phải EPE;
- Nộp thuế nhập khẩu theo thuế suất và trị giá tính thuế của sản phẩm nhập khẩu vào nội địa;
- Nộp thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu theo Luật Thuế giá trị gia tăng 48/2024/QH15 (ngày 26/11/2024, hiệu lực 01/7/2025, thay thế Luật 13/2008/QH12).
Các trường hợp đặc biệt
- Phế liệu, phế phẩm của doanh nghiệp chế xuất được phép bán vào thị trường nội địa: doanh nghiệp chế xuất làm thủ tục xuất khẩu, doanh nghiệp nội địa mở tờ khai nhập khẩu theo loại hình tương ứng (khoản 5 Điều 75 Thông tư 38/2015/TT-BTC);
- Bán, thanh lý tài sản đã qua sử dụng vào nội địa: EPE được bán, thanh lý vào nội địa tài sản đã qua sử dụng và hàng hóa theo pháp luật về đầu tư; tại thời điểm bán không áp dụng chính sách quản lý hàng hóa xuất nhập khẩu, trừ hàng thuộc diện quản lý theo điều kiện/tiêu chuẩn/kiểm tra chuyên ngành chưa thực hiện khi nhập khẩu, và hàng quản lý bằng giấy phép phải được cơ quan cấp phép nhập khẩu đồng ý bằng văn bản (điểm c khoản 4 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP);
- EPE có hoạt động kinh doanh khác ngoài chế xuất phải đáp ứng điều kiện: khu vực lưu giữ hàng hóa tách biệt, hạch toán riêng doanh thu, chi phí liên quan đến hoạt động chế xuất và hoạt động kinh doanh khác (khoản 6 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP).
Điều kiện để EPE hưởng chính sách thuế khu phi thuế quan
EPE được hưởng ưu đãi đầu tư và chính sách thuế đối với khu phi thuế quan kể từ thời điểm mục tiêu đầu tư thành lập EPE ghi tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, nhưng phải được cơ quan hải quan xác nhận đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan trước khi chính thức hoạt động — nếu không đáp ứng thì không được hưởng chính sách thuế khu phi thuế quan (khoản 3 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP).
Checklist nhanh
- Xác định giao dịch là xuất nhập khẩu tại chỗ (EPE khai E42, doanh nghiệp nội địa khai nhập khẩu tại chỗ trong 15 ngày làm việc);
- Người nộp thuế nhập khẩu + GTGT là doanh nghiệp nội địa, tính trên trị giá sản phẩm nhập khẩu vào nội địa;
- Phế liệu/phế phẩm, tài sản thanh lý: đối chiếu thủ tục riêng (Điều 75 Thông tư 38/2015/TT-BTC; điểm c khoản 4 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP);
- Không áp dụng tư duy “hàng EPE thì miễn thuế” cho hàng bán vào nội địa.
Doanh nghiệp cần rà soát điều kiện hưởng ưu đãi thuế xuất nhập khẩu cho dự án đầu tư? Liên hệ qua trang Liên hệ của FLAT Law Firm để được tư vấn.
Thông tin trên chỉ mang tính tham khảo, không phải tư vấn pháp lý.
Thông tin mang tính tham khảo, không phải tư vấn pháp lý. Nội dung do AI Legal Council kiểm tra chất lượng, chưa được luật sư người thật duyệt.