Điều khoản bồi hoàn thuế trong hợp đồng

Vì sao điều khoản thuế trong hợp đồng lại quan trọng

Trong giao dịch thuần nội địa, mỗi bên tự kê khai, nộp thuế của mình nên điều khoản thuế trong hợp đồng thường chỉ dừng ở câu “giá đã bao gồm thuế GTGT”. Nhưng khi hợp đồng có đối tác nước ngoài, pháp luật Việt Nam đặt nghĩa vụ khấu trừ, nộp thay lên bên Việt Nam. Lúc này, điều khoản thuế quyết định trực tiếp chi phí thực tế của giao dịch.

Tình huống điển hình: doanh nghiệp Việt Nam thuê nhà thầu nước ngoài cung cấp dịch vụ. Nếu nhà thầu nước ngoài không tự kê khai, nộp thuế tại Việt Nam — thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ và thuế TNDN trên cơ sở kê khai doanh thu, chi phí (khoản 1 Điều 30 Thông tư 89/2026/TT-BTC) — bên Việt Nam phải khấu trừ, nộp thay thuế GTGT và thuế TNDN cho nhà thầu nước ngoài theo khoản 2 Điều 30 Thông tư 89/2026/TT-BTC: thuế GTGT tính trực tiếp trên doanh thu (khoản 4 Điều 9 Thông tư 69/2025/TT-BTC), thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu (Điều 7 Thông tư 20/2026/TT-BTC). Nếu hợp đồng ghi giá “net” (chưa bao gồm thuế) mà không có điều khoản gross-up, bên Việt Nam sẽ phải tự gánh thêm khoản thuế nộp thay — hoặc tranh cãi với đối tác về việc ai chịu.

Một tình huống khác: cơ quan thuế sau này ấn định lại giá chuyển nhượng, truy thu thuế và tính tiền chậm nộp. Nếu hợp đồng M&A không có điều khoản bồi hoàn thuế, bên mua sẽ phải tự chịu toàn bộ khoản truy thu phát sinh từ giai đoạn trước khi mình sở hữu công ty mục tiêu. Xem thêm bài thẩm định thuế trong giao dịch M&A.

Khung pháp lý: bên nào chịu thuế khi làm việc với đối tác nước ngoài

Trước khi soạn điều khoản, cần xác định đúng nghĩa vụ thuế theo pháp luật, vì điều khoản hợp đồng không thể làm thay đổi nghĩa vụ đối với cơ quan thuế — nó chỉ phân bổ chi phí giữa các bên với nhau.

Thuế nhà thầu. Thông tư 103/2014/TT-BTC (bao gồm ‘ba điều kiện’ tự kê khai tại Điều 8 và cơ chế nộp thay tại Điều 11) đã hết hiệu lực. Theo khung pháp lý hiện hành, nhà thầu nước ngoài tự kê khai, nộp thuế — thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ (Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC), thuế TNDN trên cơ sở kê khai doanh thu, chi phí (Điều 21 Thông tư 89/2026/TT-BTC) — với hồ sơ khai thuế theo khoản 1 Điều 30 Thông tư 89/2026/TT-BTC; trên thực tế cơ chế này đòi hỏi nhà thầu phải được cấp mã số thuế tại Việt Nam và thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định Việt Nam. Phần lớn nhà thầu nước ngoài cung cấp dịch vụ xuyên biên giới không đáp ứng được trên thực tế. Khi đó, bên Việt Nam có trách nhiệm khấu trừ, nộp thay thuế GTGT và thuế TNDN cho nhà thầu nước ngoài theo khoản 2 Điều 30 Thông tư 89/2026/TT-BTC: thuế GTGT tính trực tiếp trên doanh thu theo tỷ lệ % quy định tại khoản 4 Điều 9 Thông tư 69/2025/TT-BTC, thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu quy định tại Điều 7 Thông tư 20/2026/TT-BTC (căn cứ khoản 3 Điều 12 Nghị định 320/2025/NĐ-CP).

Giá chưa bao gồm thuế và công thức gross-up. Khi hợp đồng thỏa thuận giá thanh toán cho nhà thầu nước ngoài không bao gồm thuế phải nộp, doanh thu tính thuế phải được quy đổi (gross-up) theo công thức tại khoản 4 Điều 7 Thông tư 20/2026/TT-BTC: lấy giá chưa bao gồm thuế chia cho (1 − tỷ lệ % thuế). Nói cách khác, số thuế nộp thay thực tế cao hơn con số tính trực tiếp trên giá hợp đồng — đây là điểm mà nhiều doanh nghiệp bất ngờ khi lần đầu làm việc với đối tác nước ngoài.

Hiệp định tránh đánh thuế hai lần (DTA). Nếu nhà thầu nước ngoài là đối tượng cư trú của quốc gia đã ký hiệp định tránh đánh thuế hai lần với Việt Nam, họ có thể được miễn hoặc giảm thuế theo hiệp định. Việc áp dụng DTA hiện được hướng dẫn tại Thông tư 95/2026/TT-BTC (ban hành ngày 01/7/2026, thay thế Thông tư 205/2013/TT-BTC). Điều khoản hợp đồng nên yêu cầu bên nước ngoài cung cấp giấy chứng nhận cư trú (Certificate of Residence) và phối hợp làm thủ tục thông báo miễn, giảm thuế — nếu không, bên Việt Nam vẫn phải khấu trừ, nộp thay đầy đủ rồi mới xử lý hoàn thuế sau, rất tốn thời gian.

Thuế của giao dịch chuyển nhượng. Thu nhập từ chuyển nhượng vốn là thu nhập chịu thuế TNDN theo Điều 3 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 (Luật số 67/2025/QH15, có hiệu lực từ 01/10/2025). Đối với doanh nghiệp nước ngoài chuyển nhượng vốn tại Việt Nam, thuế được tính 2% trên giá chuyển nhượng theo điểm i khoản 3 Điều 12 Nghị định 320/2025/NĐ-CP. Nghĩa vụ này cần được phản ánh trong hợp đồng chuyển nhượng vốn (SPA) — xem bài thuế khi chuyển nhượng vốn tại Việt Nam.

Ba nhóm điều khoản thuế cần soạn

Nhóm 1 — Phân bổ nghĩa vụ thuế hiện hành. Điều khoản cần trả lời rõ: giá hợp đồng đã bao gồm hay chưa bao gồm các loại thuế; bên nào chịu trách nhiệm kê khai, nộp thuế; bên nào chịu chi phí khi mức thuế thực tế khác với dự tính. Nguyên tắc: nghĩa vụ đối với cơ quan thuế do pháp luật quyết định (ví dụ bên Việt Nam khấu trừ, nộp thay thuế nhà thầu), còn điều khoản hợp đồng quyết định bên nào cuối cùng gánh chi phí đó.

Nhóm 2 — Gross-up. Điều khoản gross-up cam kết bên thanh toán sẽ “gross-up” khoản thanh toán sao cho bên nhận thực nhận đủ số tiền đã thỏa thuận sau khi trừ các khoản thuế phải khấu trừ. Điều khoản này đặc biệt quan trọng khi đối tác nước ngoài yêu cầu nhận đủ số tiền net, và khi áp dụng DTA không thành công hoặc giấy chứng nhận cư trú chưa kịp cung cấp.

Nhóm 3 — Bồi hoàn thuế (tax indemnity). Điều khoản bồi hoàn xử lý rủi ro tương lai: nếu cơ quan thuế truy thu, ấn định thuế hoặc áp phạt đối với một bên do hành vi, kê khai của bên kia trong quá khứ, bên có lỗi phải bồi hoàn toàn bộ số thuế bị truy thu cộng tiền phạt và tiền chậm nộp. Trong hợp đồng M&A, điều khoản này bảo vệ bên mua khỏi nghĩa vụ thuế phát sinh từ giai đoạn trước khi chuyển nhượng — xem mục 5 dưới đây.

Điều khoản mẫu: gross-up và bồi hoàn thuế

Dưới đây là khung điều khoản tham khảo — cần được luật sư điều chỉnh cho phù hợp từng giao dịch cụ thể, không nên sao chép nguyên văn.

Mẫu điều khoản gross-up (hợp đồng dịch vụ với nhà thầu nước ngoài): “Mọi khoản thanh toán cho Bên B theo Hợp đồng này được thực hiện sau khi khấu trừ các khoản thuế mà Bên A có nghĩa vụ khấu trừ, nộp thay theo pháp luật Việt Nam. Trường hợp Bên B yêu cầu nhận đủ số tiền đã thỏa thuận (giá net), Bên A sẽ cộng thêm (gross-up) vào khoản thanh toán một số tiền tương ứng với số thuế phải khấu trừ, nộp thay, sao cho số tiền Bên B thực nhận sau khi trừ thuế bằng đúng số tiền các bên đã thỏa thuận.”

Mẫu điều khoản bồi hoàn thuế: “Bên vi phạm cam kết bồi hoàn cho bên còn lại toàn bộ số thuế bị truy thu, số tiền phạt vi phạm hành chính về thuế và tiền chậm nộp phát sinh do hành vi kê khai không đúng, không đầy đủ hoặc vi phạm nghĩa vụ thuế của bên vi phạm trong thời gian thực hiện Hợp đồng. Nghĩa vụ bồi hoàn này tồn tại độc lập và tiếp tục có hiệu lực sau khi Hợp đồng chấm dứt trong thời hạn [__] năm.”

Lưu ý khi dùng mẫu: xác định rõ phạm vi thời gian bồi hoàn (nên gắn với thời hiệu xử lý vi phạm về thuế), loại trừ trường hợp truy thu do thay đổi chính sách pháp luật sau khi ký hợp đồng (nếu các bên thỏa thuận), và quy định thủ tục thông báo — bên bị truy thu phải thông báo kịp thời để bên bồi hoàn có cơ hội tham gia giải trình với cơ quan thuế.

Điều khoản thuế trong hợp đồng M&A

Trong hợp đồng mua bán doanh nghiệp (SPA), điều khoản thuế có cấu trúc riêng gồm ba lớp:

Cam đoan về thuế (tax warranties). Bên bán cam đoan công ty mục tiêu đã kê khai, nộp đầy đủ các loại thuế đến thời điểm chuyển nhượng; đang được hưởng ưu đãi thuế nào và vẫn đáp ứng điều kiện hưởng ưu đãi; không có tranh chấp thuế đang treo; hồ sơ giao dịch liên kết đã được lập đầy đủ. Nếu cam đoan sai, bên mua có quyền yêu cầu bồi thường. Các điểm cần thẩm định trước khi đưa vào cam đoan được trình bày tại bài thẩm định thuế trong giao dịch M&A.

Bồi hoàn thuế (tax indemnity). Bên bán bồi hoàn cho bên mua mọi nghĩa vụ thuế (kèm phạt và tiền chậm nộp) phát sinh từ giai đoạn trước ngày hoàn tất giao dịch, kể cả khi cơ quan thuế ra quyết định truy thu sau ngày chuyển nhượng. Đây là điều khoản quan trọng nhất vì rủi ro thuế thường chỉ lộ ra khi cơ quan thuế thanh tra nhiều năm sau.

Giới hạn và thời hạn. Thông lệ đàm phán gồm: thời hạn khiếu nại (survival period) thường gắn với thời hiệu xử lý vi phạm về thuế; mức bồi hoàn tối thiểu cho từng vụ việc (de minimis) và mức trần bồi hoàn (cap); cơ chế giữ lại một phần giá mua hoặc ký quỹ (escrow) để đảm bảo khả năng bồi hoàn. Bên mua cũng nên cân nhắc điều khoản cho phép điều chỉnh giá mua sau khi có kết quả quyết toán thuế cuối cùng của năm chuyển nhượng.

Rủi ro khi bỏ sót điều khoản thuế

Thực tiễn cho thấy bốn rủi ro lặp lại nhiều nhất. Thứ nhất, không quy định giá đã hay chưa bao gồm thuế — tranh chấp gần như chắc chắn phát sinh khi bên Việt Nam khấu trừ thuế nhà thầu. Thứ hai, không có điều khoản gross-up trong khi đối tác nước ngoài đòi nhận đủ tiền net — bên Việt Nam tự gánh chi phí thuế nộp thay. Thứ ba, không yêu cầu đối tác nước ngoài cung cấp giấy chứng nhận cư trú để áp dụng DTA — mất cơ hội miễn, giảm thuế mà hiệp định cho phép. Thứ tư, trong M&A, không có tax indemnity — bên mua ôm trọn rủi ro truy thu từ giai đoạn trước khi mình sở hữu doanh nghiệp.

Điểm chung của các rủi ro này: chi phí khắc phục sau khi tranh chấp phát sinh luôn lớn hơn nhiều chi phí soạn điều khoản cẩn thận từ đầu. Với các giao dịch có yếu tố nước ngoài hoặc giá trị lớn, việc rà soát điều khoản thuế nên là một hạng mục riêng trong checklist đàm phán hợp đồng, không nên gộp chung vào điều khoản thanh toán.

Để được tư vấn tổng thể về rủi ro thuế của doanh nghiệp FDI, xem trang tư vấn thuế cho doanh nghiệp FDI.

FLAT LAW FIRM hỗ trợ gì

FLAT LAW FIRM hỗ trợ khách hàng rà soát và soạn thảo điều khoản thuế trong hợp đồng thương mại, hợp đồng dịch vụ xuyên biên giới và hợp đồng M&A: xác định nghĩa vụ khấu trừ, nộp thay thuế nhà thầu; thiết kế điều khoản gross-up và bồi hoàn thuế phù hợp với cấu trúc giao dịch; đánh giá khả năng áp dụng hiệp định tránh đánh thuế hai lần; và rà soát cụm cam đoan, bồi hoàn thuế trong hợp đồng mua bán doanh nghiệp. Chúng tôi làm việc bằng tiếng Việt, tiếng Trung và tiếng Anh — phù hợp với các giao dịch có đối tác nước ngoài.

Xem thêm: Tư vấn thuế cho doanh nghiệp FDI | Thuế nhà thầu trong hợp đồng với đối tác nước ngoài | Thẩm định thuế trong giao dịch M&A | Liên hệ

FAQ